[發明專利]與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記、檢測方法及應用

有效

• 申請號: 201910731563.0
• 申請日: 2019-08-08
• 公開（公告）號: CN112342298B
• 公開（公告）日: 2022-05-13
• 發明（設計）人: 唐中林;劉思遠;楊亞嵐;姚一龍
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院深圳農業基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達知識產權代理事務所(普通合伙) 11426
• 代理人: 路永斌;范國鋒

本發明公開了一種與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記，其中，所述SNP標記位于MYO18B基因內，包括位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr 14：46299640處的SNP標記，具有G/A多態性，該標記的基因型為GG的豬具有較低的達100kg體重日齡；和位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr 14：46512175處的SNP標記，具有T/C多態性，該標記的基因型為TT的豬具有較低的達100kg體重日齡。本發明所述與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記的確定，可用于輔助選擇達100kg體重日齡低的豬優勢品種，縮短了育種周期，提高了育種效率和育種精度。

技術領域

本發明屬于豬育種技術領域，具體涉及與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記、檢測方法及應用。

背景技術

我國是養豬大國，也是豬肉的主要消費國家，養豬業是國民經濟的基礎產業和農村經濟的支柱產業，是我國畜牧業生產的重中之重。豬的生長是飼養以及生產過程中的關鍵，影響整個養豬業的經濟效益。

豬的生產性能一直是飼養過程中的重要影響因素，直接關系到經濟效益。豬達100kg體重日齡是一個重要的生產性狀，該性狀代表了豬飼養過程中的生長速度。為了提升豬的生產性能，加快豬遺傳改良的速度，基因組選擇技術愈來愈廣泛應用到豬的育種中。1980-1996年間，通過遺傳育種評估大白豬生長到100kg體重所需要的時間減少了大約23天，這大大降低了飼養和管理成本，間接提高了經濟效益。

單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)標記是第三代分子標記，是指在基因組DNA序列上由單個堿基的突變而產生的一種多態性，這種突變包括單堿基的顛換、轉換、插入和缺失。隨著組學時代的到來，遺傳學得到了巨大的發展和推進，發現了許多影響豬100kg體重背膘厚、30-100kg體重日增重和平均日采食量等豬生長性狀相關的SNPs，還報道了大量的候選基因。為了提高育種效率，T.H,Meuwissen等利用第三代分子標記SNP估算每個QTL的效應，從而獲得個體的全基因組估計育種值，并提出了全基因組選擇育種(Genomic selection,GS)概念。但是，目前缺少功能明確、效應顯著且可直接用于育種的與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記。

因此，發掘一種與豬達100kg體重日齡相關的基因，并提供與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記、該分子標記的鑒定及應用，對豬生產和育種具有重要意義。

發明內容

為了克服上述問題，本發明人進行了銳意研究，首次在豬MYO18B基因中發現了與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記，豐富了影響豬生產性狀的SNP位點，所述SNP標記用于輔助選擇達100kg體重日齡低的豬優勢品種，縮短了育種周期，提高了育種效率和育種精度，從而完成了本發明。

具體來說，本發明的目的在于提供以下方面：

第一方面，提供一種與豬達100kg體重日齡相關的SNP標記，其中，所述SNP標記位于MYO18B基因內，包括位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr 14：46299640處的SNP標記，具有G/A多態性；和

位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr 14：46512175處的SNP標記，具有T/C多態性。

第二方面，提供一種第一方面所述SNP標記的獲取方法，其中，所述方法包括以下步驟:

步驟1，獲取豬的基因組DNA；

步驟2，以步驟1獲得的基因組DNA為模板，擴增含SNP標記的核苷酸片段；

步驟3，獲得SNP標記并進行基因型判定；

步驟4，將SNP標記的基因型數據與豬達100kg體重日齡的表型數據進行關聯分析，判定基因型對表型的影響效應。