[發明專利]霞櫻葉綠體基因組及其應用有效
| 申請號： | 201910687040.0 | 申請日： | 2019-07-29 |
| 公開（公告）號： | CN110305877B | 公開（公告）日： | 2021-03-09 |
| 發明（設計）人： | 沈鑫;蔣冬月;柳新紅 | 申請（專利權）人： | 浙江省林業科學研究院 |
| 主分類號： | C12N15/29 | 分類號： | C12N15/29;C12Q1/6895;G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京惠智天成知識產權代理事務所(特殊普通合伙) 11681 | 代理人： | 袁瑞紅 |
| 地址： | 310023 浙*** | 國省代碼： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 葉綠體 基因組 及其 應用 | ||
1.霞櫻(Prunus verecunda)葉綠體基因組在鑒定霞櫻品種中的應用，其特征在于，霞櫻葉綠體基因組的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.權利要求1中所述的霞櫻葉綠體基因組在重建李屬系統發育樹中的應用。
3.一種霞櫻品種鑒定方法，其特征在于，所述鑒定方法包括：
(1)采用mCTAB法提取樣品總DNA提??；
(2)對提取的總DNA進行雙末端測序；
(3)葉綠體基因組拼接和組裝；
(4)將組裝好的樣品葉綠體基因組核苷酸序列與霞櫻的葉綠體基因組核苷酸序列SEQID NO.1進行比對，當其相似指數達到99.99％以上時，才確定為霞櫻。
4.根據權利要求3所述的霞櫻品種鑒定方法，其特征在于，步驟(3)所述葉綠體基因組拼接和組裝的方法具體為：
(1)利用SPAdes 3.6.1軟件對高通量測序數據進行de novo組裝，k-mer參數設置為95；
(2)基于已經公開發表的櫻花葉綠體基因組序列作為參考序列，利用Sequencher軟件從組裝的數據中挑選出屬于葉綠體基因組的片段，進行初步組裝；
(3)利用Geneious軟件，將初步組裝的結果與原始序列進行比對，確定序列的位置，完成葉綠體基因組的拼接和組裝，并進行人工校對；
(4)使用Plann和Sequin軟件完成葉綠體基因組的注釋和校對，從而獲得完整的霞櫻葉綠體基因組，利用在線軟件DOGMA繪制葉綠體基因組注釋圖。
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