[發(fā)明專利]一種獲得中國人群個體年齡的方法、系統(tǒng)及擴增檢測體系

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910657403.6
• 申請日: 2019-07-19
• 公開（公告）號: CN110257494B
• 公開（公告）日: 2020-08-11
• 發(fā)明（設計）人: 黃代新;肖超;易少華;黃鈺潔;陳曉英
• 申請（專利權）人: 華中科技大學
• 主分類號: C12Q1/6876
• 分類號: C12Q1/6876;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京金智普華知識產權代理有限公司 11401
• 代理人: 楊采良

1.一種獲得中國人群個體年齡的方法，其特征在于，包括以下步驟：

S1：提取所述個體的基因組DNA；

S2：對所述DNA進行亞硫酸氫鹽處理；

S3：獲得所述DNA中一組CpG位點的甲基化率，所述CpG位點為：

CpG位點組合一，包括cg18738190、cg17675043、cg03372207、cg17740900、chr20:11777887、cg19283806、chr1:207823715、chr2:105399291和chr6:11044640共9個CpG位點；

或CpG位點組合二，包括cg17740900、chr20:11777887、cg19283806、chr1:207823715、chr2:105399291和chr6:11044640共6個CpG位點；

或CpG位點組合三，包括chr1:207823681、chr2:105399288、chr6:11044634、chr16:67150233、chr20:46029595、cg27030854、cg11584042和cg26947034共8個CpG位點；

或CpG位點組合四，包括chr1:207823681、chr2:105399288、chr6:11044634和chr16:67150233共4個CpG位點；

或CpG位點組合五，包括chr1:207823715、chr2:105399288和chr6:11044634共3個CpG位點；

S4：利用R軟件對所述CpG位點的甲基化率與所述個體的年齡進行回歸分析，構建回歸模型，用于推斷所述個體的年齡；

所述CpG位點組合一適用于推斷所述中國人群男性個體的年齡，所述回歸模型為：

Age＝19.5959022-0.0241651×β_cg18738190+0.0048342×β_cg17675043+0.0006142×β_cg03372207-0.1867006×β_cg17740900+0.0578433×β_{chr20:11777887}-0.2657487×β_cg19283806-0.2802704×β_{chr1:207823715}+0.5139795×β_{chr2:105399291}+0.4560639×β_{chr6:11044640}，其中β_cg18738190、β_cg17675043、β_cg03372207、β_cg17740900、β_{chr20:11777887}、β_cg19283806、β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399291}和β_{chr6:11044640}分別為對應CpG位點的甲基化率；

所述CpG位點組合二適用于推斷所述中國人群男性個體的年齡，所述回歸模型為：

Age＝18.96746468-0.19799499×β_cg17740900+0.05181609×β_{chr20:11777887}-0.26232027×β_cg19283806-0.28160744×β_{chr1:207823715}+0.51342604×β_{chr2:105399291}+0.45890553×β_{chr6:11044640}，其中β_cg17740900、β_{chr20:11777887}、β_cg19283806、β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399291}和β_{chr6:11044640}分別為對應CpG位點的甲基化率；

所述CpG位點組合三適用于推斷所述中國人群女性個體的年齡，所述回歸模型為：

Age＝27.53535-0.41903×β_{chr1:207823681}+0.29658×β_{chr2:105399288}+0.40020×β_{chr6:11044634}+0.18995×β_{chr16:67150233}+0.26483×β_{chr20:46029595}-0.14605×β_cg27030854-0.08502×β_cg11584042+0.01115×β_cg26947034，其中β_{chr1:207823681}、β_{chr2:105399288}、β_{chr6:11044634}、β_{chr16:67150233}、β_{chr20:46029595}、β_cg27030854、β_cg11584042和β_cg26947034分別為對應CpG位點的甲基化率。

所述CpG位點組合四適用于推斷所述中國人群女性個體的年齡，所述回歸模型為：

Age＝11.00994-0.42728×β_{chr1:207823681}+0.42145×β_{chr2:105399288}+0.48635×β_{chr6:11044634}+0.25020×β_{chr16:67150233}，其中β_{chr1:207823681}、β_{chr2:105399288}、β_{chr6:11044634}和β_{chr16:67150233}分別為對應CpG位點的甲基化率；

所述CpG位點組合五適用于推斷所述中國人群個體的年齡，不考慮性別時，所述回歸模型為：

Age＝10.6946-0.44542×β_{chr1:207823715}+0.56508×β_{chr2:105399288}+0.47227×β_{chr6:11044634}，其中β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399288}和β_{chr6:11044634}分別為對應CpG位點的甲基化率；

所述CpG位點組合五適用于推斷所述中國人群個體的年齡，考慮性別時，所述回歸模型為：

Age＝7.08406-1.30655×Sex-0.40781×β_{chr1:207823715}+0.55111×β_{chr2:105399288}+0.52066×β_{chr6:11044634}，其中Sex為性別二分類變量，所述中國人群男性個體取值為1，所述中國人群女性個體取值為2，β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399288}和β_{chr6:11044634}分別為對應CpG位點的甲基化率；

步驟S3包括在獲得經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后的轉化DNA模板后，使用與所述CpG位點對應的擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物的步驟；所述CpG位點組合一的擴增引物為序列表中SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:18的核苷酸序列，所述CpG位點組合二的擴增引物為序列表中SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:18的核苷酸序列，所述CpG位點組合三的擴增引物為序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:28的核苷酸序列，所述CpG位點組合四的擴增引物為序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:20的核苷酸序列，所述CpG位點組合五的擴增引物為序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:18的核苷酸序列；每個CpG位點所對應的擴增引物對中，正向引物或反向引物在5′端標記生物素；

步驟S3還包括在獲得擴增產物后，使用與所述CpG位點對應的測序引物對擴增產物進行焦磷酸測序以獲得所述CpG位點的甲基化率的步驟；所述CpG位點組合一的測序引物為序列表中SEQ ID NO:29至SEQ ID NO:37的核苷酸序列，所述CpG位點組合二的測序引物為序列表中SEQ ID NO:32至SEQ ID NO:37的核苷酸序列，所述CpG位點組合三的測序引物為序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:42的核苷酸序列，所述CpG位點組合四的測序引物為序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:38的核苷酸序列，所述CpG位點組合五的測序引物為序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:37的核苷酸序列。