[發(fā)明專利]一種表觀遺傳修飾的檢測方法、試劑和應用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910585318.3
• 申請日: 2019-07-01
• 公開（公告）號: CN112176041A
• 公開（公告）日: 2021-01-05
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陳丹丹;羅慧娟;徐禮欽
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6809
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 李小焦;彭家恩

1.一種表觀遺傳修飾的檢測方法，包括染色體狀態(tài)檢測和染色體甲基化檢測，其特征在于：所述染色體狀態(tài)檢測包括，采用包埋有已知核酸序列的轉(zhuǎn)座酶對染色體的開放區(qū)域進行攻擊，然后，去除核小體，將染色體序列隨機打斷，形成文庫，通過檢測文庫中是否帶有包埋的已知核酸序列信息來區(qū)分染色體的狀態(tài)為開放區(qū)域或非開放區(qū)域；

所述染色體甲基化檢測包括，在將染色體序列隨機打斷時，采用包埋條形碼序列的TN5酶將染色體序列隨機打斷，然后對隨機打斷的片段進行甲基化處理，通過高通量測序獲得染色體的甲基化信息；并通過TN5酶包埋的條形碼序列區(qū)分不同的細胞，實現(xiàn)多個細胞的染色體狀態(tài)和甲基化信息的同時檢測。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于：所述包埋有已知核酸序列的轉(zhuǎn)座酶為MuA酶。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的檢測方法，其特征在于：所述TN5酶中還包埋有條形碼序列之外的功能序列，所述功能序列包括高通量測序平臺的特異性接頭序列。

4.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項所述的檢測方法，其特征在于：所述甲基化處理采用亞硫酸氫鹽。

5.一種用于表觀遺傳修飾檢測的試劑，其特征在于：包括包埋有已知核酸序列的MuA酶，包埋有條形碼序列和高通量測序平臺的特異性接頭序列的TN5酶，以及線性擴增引物和建庫引物；

所述MuA酶用于檢測染色體狀態(tài)；

所述TN5酶用于隨機打斷染色體序列；

所述線性擴增引物和建庫引物用于高通量測序甲基化檢測的測序文庫構(gòu)建，線性擴增引物用于對TN5酶打斷后并經(jīng)過甲基化處理的核酸片段進行預擴增，建庫引物用于對預擴增產(chǎn)物進行PCR擴增，以用于后續(xù)高通量測序。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑，其特征在于：所述線性擴增引物為Seq ID No.1所示序列，所述建庫引物的正反向引物分別為Seq ID No.2和Seq ID No.3所示序列。

7.根據(jù)權(quán)利要求5或6所述的試劑，其特征在于：還包括甲基化處理試劑、測序文庫構(gòu)建試劑、高通量測序試劑和核酸純化試劑中的至少一種。

8.根據(jù)權(quán)利要求1-4任一項所述的檢測方法或權(quán)利要求5-7任一項所述的試劑在染色體開放性圖譜繪制、作物表觀修飾差異研究、胚胎發(fā)育表觀遺傳修飾研究、腫瘤發(fā)生表觀機制研究、疾病潛在標志物預測或腫瘤異質(zhì)性或分型研究中的應用。

9.一種檢測染色體狀態(tài)的方法，其特征在于：包括采用包埋有已知核酸序列的轉(zhuǎn)座酶對染色體的開放區(qū)域進行攻擊，然后，去除核小體，將染色體序列隨機打斷，形成文庫，通過檢測文庫中是否帶有包埋的已知核酸序列信息來區(qū)分染色體的狀態(tài)為開放區(qū)域或非開放區(qū)域。

10.根據(jù)權(quán)利要求9所述的方法，其特征在于：所述包埋有已知核酸序列的轉(zhuǎn)座酶為MuA酶。