[發(fā)明專利]液滴單細胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)降噪方法、裝置和存儲介質(zhì)有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201910537037.0 | 申請日： | 2019-06-20 |
| 公開（公告）號： | CN110415767B | 公開（公告）日： | 2022-04-22 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 古槿;郭文博;王東方;王事成;劉昌毅 | 申請（專利權(quán)）人： | 清華大學(xué) |
| 主分類號： | G16B30/00 | 分類號： | G16B30/00;G16B45/00 |
| 代理公司： | 北京華進京聯(lián)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11606 | 代理人： | 黃易 |
| 地址： | 100084*** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 單細胞 轉(zhuǎn)錄 序數(shù) 據(jù)降噪 方法 裝置 存儲 介質(zhì) | ||
1.一種液滴單細胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)降噪方法，其特征在于，所述方法包括：
通過Cell Ranger對液滴進行估計，得到待過濾液滴集合，其中，所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，是Cell Ranger的估計結(jié)果為包含細胞的液滴；
根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，其中，所述預(yù)設(shè)過濾閾值根據(jù)分析所述待過濾液滴的UMI數(shù)目、所述待過濾液滴的基因數(shù)目、所述待過濾液滴的線粒體基因占比、所述待過濾液滴的核糖體基因占比以及受細胞分離影響基因占比中的一個或多個的分析結(jié)果設(shè)置；
根據(jù)液滴的mRNAs分子的污染分析結(jié)果對待規(guī)范液滴集合中待規(guī)范液滴進行基因過濾，得到規(guī)范化的液滴集合，其中，所述規(guī)范化的液滴集合用于數(shù)據(jù)分析；
所述根據(jù)液滴的mRNAs分子的污染分析結(jié)果對待規(guī)范液滴集合進行基因過濾，得到規(guī)范化的液滴集合，包括：
根據(jù)液滴的mRNAs分子的污染分析結(jié)果，確定測序影響基因，其中，所述測序影響基因包括線粒體基因、核糖體基因、受細胞分離影響基因以及所有基因中基因表達的細胞占總細胞的比例大于預(yù)設(shè)閾值的基因中的一種或幾種；
去除所述待規(guī)范液滴集合中待規(guī)范液滴的測序影響基因，得到規(guī)范化的液滴集合。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，包括：
根據(jù)待過濾液滴的單一分子標識符UMI數(shù)目的箱線圖異常值截斷點確定UMI數(shù)目的過濾上閾值；
使用所述UMI數(shù)目的過濾上閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，包括：
根據(jù)待過濾液滴的基因數(shù)目的箱線圖異常值截斷點確定基因數(shù)目過濾的上閾值；
使用預(yù)設(shè)的基因數(shù)目的過濾下閾值和所述基因數(shù)目過濾的上閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，包括：
根據(jù)待過濾液滴的線粒體基因占比的箱線圖異常值截斷點確定線粒體基因占比的過濾上閾值；
使用所述線粒體基因占比的過濾上閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，包括：
根據(jù)待過濾液滴的核糖體基因占比的箱線圖異常值截斷點確定核糖體基因占比的過濾上閾值；
使用所述核糖體基因占比的過濾上閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據(jù)預(yù)設(shè)過濾閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴，得到待規(guī)范液滴集合，包括：
根據(jù)受細胞分離影響基因占比的箱線圖異常值截斷點確定受細胞分離影響基因占比的過濾上閾值；
使用所述受細胞分離影響基因占比的過濾上閾值過濾所述待過濾液滴集合中的待過濾液滴。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：
可視化輸出所述Cell Ranger的估計結(jié)果；和/或，
可視化輸出所述待過濾液滴的UMI數(shù)目、待過濾液滴的基因數(shù)目、待過濾液滴的線粒體基因、待過濾液滴的核糖體基因以及受細胞分離影響基因占比中的一個或多個的分析結(jié)果；和/或，
可視化輸出所述液滴的mRNAs分子的污染分析結(jié)果。
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