[發明專利]基于葉綠體基因組序列開發的苦蘵cpSSR標記引物及其應用

有效

• 申請號: 201910536900.0
• 申請日: 2019-06-20
• 公開（公告）號: CN110195123B
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發明（設計）人: 馮尚國;焦凱麗;王慧中
• 申請（專利權）人: 杭州師范大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6806;C12N15/11
• 代理公司: 杭州君度專利代理事務所(特殊普通合伙) 33240
• 代理人: 朱亞冠

本發明公開了基于葉綠體基因組序列開發的苦蘵cpSSR標記引物及其應用。該引物對SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.60是基于苦蘵葉綠體基因組序列開發獲得的，在葉綠體基因組測序的基礎上，對大量序列信息進行分析，進而開展cpSSR位點篩選和cpSSR標記引物設計。本專利克服了傳統SSR標記開發效率低、周期長、費用高的問題，同時填補了苦蘵目前cpSSR標記信息的空白。通過cpSSR引物的篩選與遺傳多樣性分析，評價了cpSSR標記引物的多態性和適用性。本專利提供的cpSSR多態性標記引物為苦蘵的遺傳多樣性評價、種質鑒定、重要性狀基因定位及分子標記輔助育種等研究奠定了基礎。

技術領域

本發明屬于植物生物技術領域，具體涉及基于葉綠體基因組序列開發的苦蘵cpSSR標記引物及其應用。

背景技術

苦蘵(Physalis angulata L.)，為茄科(Solanaceae)酸漿屬(Physalis)一年生草本植物，別名炮仔燈、燈籠草、天泡子、天泡草、小酸漿、樸樸草等，分布于世界熱帶與亞熱帶地區，常生于海拔500～1500米。在我國主要分布于華東、華中、華南及西南等地。作為傳統中藥材，蘵以果、根或全草入藥，具有清熱解毒，利咽化痰，利尿通淋之功效，用于治療肝炎、哮喘、瘧疾、風濕、癌癥等疾病。現代醫學研究發現苦蘵中的酸漿苦素類(Physalin)和睡茄內酯類(Physagulin)化合物具有很強的醌還原酶誘導、抗炎、免疫調節或抗腫瘤活性。另外，苦蘵果實中的多糖對超氧陰離子自由基和二苯代苦味自由基起抗氧化作用，苦蘵提取液具有抗菌消炎、降血糖、降血脂等療效。此外，苦蘵果實還被譽為高檔的“本草水果”，可以做罐頭、蜜餞和沙拉醬汁，不但風味獨特，而且具有提高人體肌體免疫力、美容養顏、預防心腦血管病、延緩衰老等效果。由此可見，苦蘵是新型“藥食兩用”植物資源，具有很高的研究價值和廣闊的開發前景。

微衛星分子標記(Microsatellite marker)是根據簡單重復序列(simplesequence repeats,SSRs)開發的分子標記，根據簡單重復序列兩側的保守序列設計引物，通過檢測重復數目的差異反映等位基因間的多態性，該標記類型廣泛分布于真核生物的核基因組和細胞器基因組中的不同位置。目前，SSR分子標記被認為是最理想的分子標記之一，在生物的種質鑒定、遺傳多樣性評價和親緣關系分析研究中已經有了廣泛應用。高等植物葉綠體微衛星(chloroplast microsatellite,cpSSR)是SSR標記的一種，廣泛分布于植物葉綠體基因組中，是以單核苷酸A或T為主要重復單元組成的多核苷酸重復串聯序列。cpSSR不但具有和基因組SSR標記的共顯性、多態性高、等位點多等優點，同時還具備葉綠體基因組的進化速度慢、分子量小、相對保守、結構簡單和單親遺傳等特點。迄今為止，尚未有關于苦蘵cpSSR標記開發及應用的研究報道。本發明以通過高通量測序技術獲得的苦蘵葉綠體基因組序列信息，開發獲得一批苦蘵cpSSR標記引物，將為苦蘵的遺傳多樣性分析、種質資源鑒定、重要性狀基因定位及分子標記輔助育種等研究起到重要的推動作用。

發明內容

本發明的目的是針對目前缺乏苦蘵cpSSR標記引物的不足，提取基于葉綠體基因組序列開發的苦蘵cpSSR標記引物及其應用。

為了實現上述發明目的，本發明采用的技術方案為：

基于葉綠體基因組序列開發獲得苦蘵多態性cpSSR標記引物，包括30對引物，其引物核苷酸序列如下所示：

cpSSR2正向引物如序列表中SEQ ID NO.1所示；

cpSSR2反向引物如序列表中SEQ ID NO.2所示；

cpSSR4正向引物如序列表中SEQ ID NO.3所示；

cpSSR4反向引物如序列表中SEQ ID NO.4所示；

cpSSR17正向引物如序列表中SEQ ID NO.5所示；

cpSSR17反向引物如序列表中SEQ ID NO.6所示；