[發明專利]甘蔗屬割手密特異序列及其鑒定方法

有效

• 申請號: 201910533250.4
• 申請日: 2019-06-19
• 公開（公告）號: CN110205329B
• 公開（公告）日: 2021-04-06
• 發明（設計）人: 王凱;刀乙航
• 申請（專利權）人: 福建農林大學
• 主分類號: C12N15/29
• 分類號: C12N15/29;C12Q1/6895;C12Q1/686
• 代理公司: 福州元創專利商標代理有限公司 35100
• 代理人: 蔡學俊

本發明提供了甘蔗割手密特異序列及其分子標記，利用軟件blast將甘蔗熱帶種LA Purple與割手密AP85?441的DNA序列進行對比，得到6條割手密特異DNA序列，根據這6條序列分別設計引物，并用CTAB法提取2個熱帶種和15個割手密的基因組DNA，并用6對引物分別對基因組DNA進行PCR擴增，結果顯示，這6對引物能夠區分出熱帶種與割手密，且條帶清晰明亮，本發明有利于甘蔗雜交品種鑒定研究。

技術領域

本發明涉及生物信息學與分子生物學領域，具體涉及甘蔗屬割手密特異序列及其鑒定方法。

背景技術

割手密是甘蔗細莖野生種，其種類豐富，分布廣泛，宿根性、抗逆性強，是甘蔗育種中貢獻最大的資源之一。在甘蔗育種中，種質資源基因庫的基因型及有用基因的高效利用與科學管理非常關鍵，在提高甘蔗基因庫的遺傳多樣性的同時，擬定針對具有不同基因型遺傳背景甘蔗親本的雜交育種計劃，這對拓寬甘蔗遺傳基礎、擴大雜種優勢有重大的現實意義。因此，割手密遺傳多樣性的研究對甘蔗優良品種的選育具有重要意義。

分子標記是以個體間遺傳物質內核苷酸序列變異為基礎的遺傳標記，是DNA水平遺傳多態性的直接的反映。DNA分子標記的優越性在于在生物發育的不同階段，不同組織的DNA都可用于標記分析，表現為中性，不影響目標性狀的表達，與不良性狀無連鎖，檢測手段簡單、迅速。隨著分子生物學技術的發展，DNA分子標記技術已有數十種，廣泛應用于遺傳育種、基因組作圖、基因定位、物種親緣關系鑒別、基因庫構建、基因克隆等方面。

目前大部分甘蔗品種都是近親繁殖，血緣相近，后代優良率極低，所選育的新品種不論在產量、糖分，還是在抗性方面都難有突破。將甘蔗近緣屬的抗逆耐瘠性強、適應性廣等優良性狀，通過近緣屬、遠緣屬間進行雜交應用到高貴化育種中已經勢在必行。由于雜交種種類很多，其中種間雜交就包括有熱帶種、割手密、中國種、印度種和大莖野生種。但是現在目前還沒有的方法可以快速鑒別雜交種是否含有割手密血緣，因此有必要開發快速鑒定割手密血緣的特異分子標記，將有利于割手密種質資源的開發利用。本發明利用割手密和熱帶種基因組數據進行對比分析得到了6條割手密特異序列，且根據這6條序列設計了引物，通過PCR擴增及瓊脂糖凝膠電泳驗證，明確了這些引物僅在割手密基因組DNA中可擴增出明亮清晰的條帶。

發明內容

本發明的目的是發掘甘蔗屬割手密特異序列，并用于鑒別雜交種中是否含有割手密血緣，將為甘蔗等復雜多倍體植物染色體研究提供一種經濟而高效的鑒定方法。

為實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

甘蔗屬割手密特異序列，所述序列根據割手密和熱帶種基因組對比數據分析得到，名稱分別為：序列1C、序列2C-1、序列2C-2、序列5D、序列6D、序列7C，其核苷酸序列分別為SEQ ID NO.1-7所示。

所述序列1C的引物序列為：

上游引物：5' GCGGATGGTTTCTCTTAGGTTC 3'；

下游引物：5' TAATGGCGTTAGGGAGTGGTTG 3'；

所述序列2C-1的引物序列為：

上游引物：5' ATCACGAGAATCGGAAAGGAAT 3'；

下游引物：5' AGGAAGAGTGGAAGATGAAAGC 3'；

所述序列2C-2的引物序列為：

上游引物：5' TCCAAGCCAAACCAGACAGAGC 3'；

下游引物：5' TAAACGCCAGCCAACTAAAACA 3'；

所述序列5D的引物序列為：

上游引物：5' AGTTGACCTCTCGGAATCCATCG 3'；