[發明專利]核酸序列裝配的方法和系統有效
| 申請號： | 201910418296.1 | 申請日： | 2015-06-26 |
| 公開（公告）號： | CN110211637B | 公開（公告）日： | 2023-10-27 |
| 發明（設計）人： | M·史諾-萊文;I·麥克卡倫 | 申請（專利權）人： | 10X基因組學有限公司 |
| 主分類號： | G16B30/00 | 分類號： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 深圳市百瑞專利商標事務所(普通合伙) 44240 | 代理人： | 金輝 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 核酸 序列 裝配 方法 系統 | ||
1.一種裝配核酸序列讀段的測序方法，所述測序方法包括：
在計算機系統上，所述計算機系統具有一個或多個處理器，以及存儲用于由所述一個或多個處理器執行的一個或多個程序的存儲器：
獲得源自較大的連續核酸的多個序列讀段，其中源自所述較大的連續核酸的共同片段的兩個或更多個序列讀段包括共同條形碼序列，
鑒定所述多個序列讀段中包含重疊序列和共同條形碼序列兩者的序列讀段的第一子集；并且
比對序列讀段的所述第一子集以提供連續的線性核酸序列。
2.根據權利要求1所述的方法，所述方法還包括用序列讀段的多個不同子集重復所述鑒定和比對步驟，以提供多個連續的線性核酸序列。
3.根據權利要求2所述的方法，所述方法還包括在所述較大的連續核酸內的序列背景中將所述多個不同的連續線性核酸序列排序。
4.根據權利要求3所述的方法，其中所述排序包括相對于參考序列定位所述多個不同的連續線性核酸序列。
5.根據權利要求3所述的方法，其中所述排序包括：
鑒定一個或多個序列讀段，所述序列讀段包含與第一連續線性核酸序列共同的條形碼序列，但是包括與第二連續線性核酸序列的重疊序列；并且
將所述第一和第二連續線性核酸鑒定為結構連接的。
6.一種將核酸序列讀段裝配成較大的連續序列的方法，所述方法包括：
在計算機系統上，所述計算機系統具有一個或多個處理器，以及存儲用于由所述一個或多個處理器執行的一個或多個程序的存儲器：
獲得源自較大的連續核酸的多個序列讀段，
從所述多個序列讀段中的重疊序列讀段集合中鑒定第一子序列；
基于在相鄰序列上與所述第一子序列共同的條形碼序列的存在，將所述第一子序列延伸至一個或多個相鄰或重疊序列；并且
提供包含所述第一子序列和所述一個或多個相鄰序列的線性核酸序列。
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