[發明專利]一種基于比較基因組學的轉座子插入多態TIP分子標記的挖掘方法

有效

• 申請號: 201910384029.7
• 申請日: 2019-05-09
• 公開（公告）號: CN110257481B
• 公開（公告）日: 2023-07-28
• 發明（設計）人: 陳才;宋成義;王宵燕;高波;沈丹;王賽賽;王亞麗;李奎
• 申請（專利權）人: 揚州大學
• 主分類號: C12Q1/6809
• 分類號: C12Q1/6809
• 代理公司: 南京縱橫知識產權代理有限公司 32224
• 代理人: 薛海霞;董建林

1.?一種基于比較基因組學的轉座子插入多態TIP分子標記的挖掘方法，其特征是，所述方法應用于豬GHR?基因中TIP?分子標記的挖掘，所述方法包括以下步驟：一、序列獲取：從NCBI?數據庫中獲取GHR?基因Gene?ID:397488?的參考序列；利用參考序列與NCBI?的WGS數據庫中不同品種豬的基因組測序數據進行比對，獲取到15?個測序基因組中GHR?基因的序列，其中部分品種的GHR?序列由于數據庫中基因組測序數據拼接長度不夠，需要手動拼接；

二、轉座子注釋：使用RepeatMaske?結合豬轉座子數據庫對GHR?基因序列進行轉錄轉座子注釋；僅保留比對得分超過1000?且標記長度超過100bp?的位點進行后續分析；

三、多序列比對：將15?個GHR?基因序列使用Clustalx?軟件進行多序列比對以鑒定結構突變；

四、候選TIP?位點篩選：當多序列比對結果中長度大于100bp?的結構變異位點與二、轉座子注釋中轉座子注釋位點相互對應，當結構變異位點中超過60％長度對應轉座子，則該結構變異位點被認定為轉座子引起的結構變異，這些位點即為候選TIP位點；

五、引物設計：選取部分由年輕反轉錄轉座子插入引起結構突變位點；根據候選TIP?位點兩側的側翼序列，設計常規PCR?檢測引物；使上游引物在候選TIP?位點的上游側翼區上，下游引物在候選TIP?位點下游的側翼區；GHR?基因中12?個候選TIP?位點檢測引物的引物名稱及序列如表1?中SEQ?ID?NO：1-24?所示；

六、TIP?分子標記驗證：1.池DNA?準備：選取巴馬香豬、五指山豬、從江香豬、江口蘿卜豬、藏豬、梅山豬、蘇姜豬、寧鄉豬、大圍子豬、杜洛克、大白、長白12?個品種，提取總DNA；PCR擴增；

七、結果分析：在12?個品種豬中進行多態性檢測；

八、結論：經過序列比對獲得3?個以上基因組中目標基因或待研究基因組片段的序列，然后進行轉座子注釋和多序列比對，從而找出由轉座子引起的結構變異位點，獲得候選TIP位點。