[發明專利]用于構建BRCA1/2基因變異檢測文庫的自動化試劑盒

有效

• 申請號: 201910366839.X
• 申請日: 2019-04-30
• 公開（公告）號: CN110029103B
• 公開（公告）日: 2022-12-27
• 發明（設計）人: 陳俊;李夏靜;陳才夫;李福根;許青;熊磊
• 申請（專利權）人: 上海思路迪生物醫學科技有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6806;C40B50/06
• 代理公司: 中科專利商標代理有限責任公司 11021
• 代理人: 張瑩

本發明涉及用于構建BRCA1/2基因變異檢測文庫的自動化試劑盒。本發明提供一種用于BRCA1/2基因的擴增子文庫構建試劑盒，所述試劑盒包含：1)用于進行第一輪PCR擴增的第一引物，2)用于進行第二輪PCR擴增的第二引物，3)第三引物和第四引物，其用于以第二輪PCR擴增產物為模板進行第三輪PCR擴增，構建目的基因的擴增子文庫，其中第一引物和第二引物為BRCA1/2基因的特異性引物，其中上述1)、2)和3)分別置于分開的容器中。本發明的試劑盒自動化構建擴增子文庫，顯著降低了操作的繁瑣程度和對檢測樣本的需求量，提高了測序數據的整體質量。

技術領域

本發明涉及用于基因檢測文庫構建的自動化試劑盒。具體而言，本發明涉及用于構建BRCA1/2基因變異檢測文庫的自動化試劑盒。

背景技術

耗資30億美元歷時10余年完成的人類基因組計劃(Human Genome Project，HGP)給基因組學研究帶來了天翻地覆的變化，通過測定人類基因組DNA的序列，探尋基因在染色體上的位置，明確基因的結構和功能，解讀人類的全部遺傳信息，人類第一次在分子水平上全面認識自我。新一代測序技術催生了豐富多彩的基因組圖譜。

新一代測序技術又稱大規模平行測序(massively parallel sequencing，MPS)，是指采用“邊合成邊測序”的原理、對于幾十萬到幾百萬DNA分子同時進行平行的測序反應，然后通過生物信息學分析所得到的原始圖像數據或電化學信號、最終得到待測樣品的核酸序列或拷貝數等信息的測序技術，又稱為高通量測序、深度測序等。

然而，有些研究并不需要對全基因組進行測序，而只需對特定的基因組區域進行研究。擴增子測序就是通過設計感興趣的基因組區域的引物，通過PCR擴增，將目標區域DNA富集后進行高通量測序的研究策略。

擴增子測序技術通常會使用大量的引物，為了避免大量引物二聚體的生成，常見的方法是將反應體系從一管拆分至多管，從而降低每管反應中引物的數量，減少引物二聚體的生成。但是該方法，大大增加了操作的繁瑣程度及檢測樣本的需求量。同時，目前主要的擴增子建庫技術，對目標區域進行擴增時，通常會使用多循環PCR程序，由于不同引物之前擴增效率不同，通過雙向引物指數型PCR擴增，經過多循環PCR程序后，擴增區域的均一性會出現顯著的差別，最終可能導致測序數據質量整體變差。

對于BRCA1/2基因變異檢測文庫，當前方法均需手工添加各種試劑，構建時間較長，且不易確保實驗操作的一致性。另外，如上所述，現有構建方法中需要將反應體系從一管拆分至多管，減少引物二聚體的生成，并且還需考慮不同引物擴增效率的不同導致的擴增區域均一性的顯著差別而對PCR過程進行人工干預，難以實現整個構建過程的全自動化。

發明內容

發明人對當前新一代測序過程使用的擴增子測序技術存在的不足進行針對性研究，提出了新的BRCA1/2基因變異檢測文庫構建方法，大大縮短了變異檢測時整個文庫構建流程所需的工作量，同時降低了對樣本量的需求。在新的BRCA1/2基因變異檢測文庫構建方法的基礎上，發明人進一步設計適合本發明方法的整套全自動BRCA1/2基因變異檢測文庫構建試劑盒，從而實現整個構建實驗過程不需要人工干預的真正的全自動文庫構建。