[發明專利]一種基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法及利用其進行育種的應用

在審

• 申請號: 201910355843.6
• 申請日: 2019-04-29
• 公開（公告）號: CN110029187A
• 公開（公告）日: 2019-07-19
• 發明（設計）人: 郭濤;陳志強;王慧;劉永柱;王加峰;肖武名;黃明;楊瑰麗;黃翠紅;周丹華;陳淳;孫凱
• 申請（專利權）人: 華南農業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 北京科億知識產權代理事務所(普通合伙) 11350
• 代理人: 李興林

1.一種基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法，其特征在于，包含如下步驟：

S1.對530份來自國內外的水稻種質材料進行全基因組測序，分析530份材料在全基因組范圍內的SNP；

S2.從上述全基因組SNP中挑選出565個與育種實踐緊密相關的SNP位點；

S3.根據SNP位點物理位置，繪制出565個SNP位點的基因組圖譜；

S4.基于競爭性等位PCR對繪制的565個SNP位點的基因組圖譜分別進行分子標記，即構建了水稻分子標記圖譜。

2.根據權利要求1所述基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法，其特征在于，S3中所述的基因組圖譜是利用作圖網站Map Gene 2 Chromosome v2進行繪制的。

3.根據權利要求1所述基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法，其特征在于，所述S4中每個位點的分子標記需要設計三條引物序列，針對每個標記，設計兩條等位基因特異性正向引物序列和一條反向引物序列；PCR反應時分別加入DNA模板，標記對應的三條引物，并加入與正向引物尾部14-15個堿基分別互補的2個分別攜帶紅色、藍色熒光基團的熒光標記。

4.根據權利要求3所述的基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法，其特征在于，所述等位基因特異性正向引物序列末端14-15個堿基是通用的，其中一條等位基因特異性正向引物序列末端互補紅色熒光標記的連接序列，另外一條等位基因特異性正向引物序列末端互補藍色熒光標記連接序列。

5.根據權利要求4所述的基于競爭性等位PCR構建水稻分子標記圖譜的方法，其特征在于，所述其中一條等位基因特異性正向引物序列末端互補紅色熒光標記的連接序列為AGTCGGATTACGAAT，另外一條等位基因特異性正向引物序列末端互補藍色熒光標記連接序列為CTTAGGATACTAGG。

6.一種利用權利要求1構建的水稻分子標記圖譜進行育種的應用，其特征在于，利用該圖譜可以對不同來源的水稻材料進行品質、抗病基因的鑒定。

7.一種利用權利要求1構建的水稻分子標記圖譜進行育種的應用，其特征在于，利用該圖譜可以獲得不同水稻材料間的遺傳距離。