[發明專利]基于單樣本的二代測序腫瘤體細胞變異檢測裝置

有效

• 申請號: 201910348736.0
• 申請日: 2019-04-28
• 公開（公告）號: CN110060733B
• 公開（公告）日: 2020-01-07
• 發明（設計）人: 袁衛蘭;肖雨;高軍暉;王麗君;侯群星;趙偉;林靈
• 申請（專利權）人: 上海寶藤生物醫藥科技股份有限公司;上海寶藤醫學檢驗所有限公司;上海張江醫學創新研究院
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B40/00
• 代理公司: 11332 北京品源專利代理有限公司
• 代理人: 孟金喆

1.一種基于單樣本的二代測序腫瘤體細胞變異檢測裝置，其特征在于，包括：

數據獲取模塊，用于獲取測序數據，其中，所述測序數據中包括至少同種腫瘤的兩個血液樣本和至少一個腫瘤組織樣本；

數據比對模塊，用于將所述測序數據與預設的參考基因組進行比對，得到比對后的數據；

變異檢測模塊，用于對所述比對后的數據進行變異檢測，確定所述腫瘤組織樣本體細胞變異的位點和核苷酸堿基變化；

其中，所述變異檢測模塊包括：

去重和標定單元，用于對所述比對后的數據進行排序去重，得到去重后的數據，其中腫瘤樣本數據標定為腫瘤數據，血液樣本數據標定為正常數據；

矯正單元，用于對所述去重后的數據進行位點矯正，得到矯正后的數據，所述矯正后的數據包括至少一個腫瘤數據和至少兩個正常數據；

第一變異檢測單元，用于對所述至少兩個正常數據進行變異檢測，確定所述至少兩個正常數據變異的位點和堿基變化，合并得到初始變異背景庫，并在所述初始變異背景庫中篩選變異頻率大于5％且變異位置上的reads總數大于預設的測序深度的變異，得到優化變異背景庫；其中，所述變異頻率＝變異支持的reads數/變異所在位置上的reads總數；

第二變異檢測單元，用于基于所述至少一個腫瘤數據進行變異檢測，并基于所述優化變異背景庫過濾生殖變異，確定腫瘤組織樣本體細胞變異集合，并在所述腫瘤組織樣本體細胞變異集合中篩選變異頻率大于5％且變異所在位置上的reads總數大于預設的測序深度的變異，得到有效的體細胞變異集合。

2.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，還包括：

數據過濾模塊，用于在將所述測序數據與預設的參考基因組進行比對之前，基于二代測序技術對所述測序數據進行過濾處理得到過濾后的測序數據，以去除所述測序數據的首尾序列及質量小于預設質量閾值的測序序列；

所述數據比對模塊，用于將所述過濾后的測序數據與預設的參考基因組進行比對，得到比對后的數據。

3.根據權利要求1或2所述的裝置，其特征在于，還包括：

特征信息獲取模塊，用于在得到比對后的數據之后，獲取所述比對后的數據的特征信息，其中，所述特征信息包括所述測序數據比對到所述參考基因組的比例、所述比對后的數據的深度、平均比對質量及覆蓋度；

所述變異檢測模塊，用于當所述特征信息滿足預設條件時，對所述比對后的數據進行變異檢測，確定所述腫瘤組織樣本變異的位點和核苷酸堿基變化。

4.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，還包括：

注釋模塊，用于在確定所述腫瘤組織樣本變異的位點和核苷酸堿基變化之后，對所述腫瘤組織樣本的變異類型進行注釋。

5.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，還包括:

有效變異負荷計算模塊，用于統計體細胞變異中非同義變異和移碼變異總個數，并計算有效腫瘤變異負荷；其中，有效腫瘤變異負荷＝非同義變異和移碼變異總個數/測序目標外顯子區域長度。