[發(fā)明專利]一種與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記及其應用

有效

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• 申請日: 2019-04-26
• 公開（公告）號: CN109880921B
• 公開（公告）日: 2023-02-14
• 發(fā)明（設計）人: 彭康康;鮑寶龍;龔小玲;張博
• 申請（專利權）人: 上海海洋大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 上海伯瑞杰知識產權代理有限公司 31227
• 代理人: 周一新

本發(fā)明屬于水產養(yǎng)殖魚類輔助育種技術領域，具體涉及一種與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記及其應用，SNP分子標記如下：(a)itpr2?7032?C/T，位于基因如SEQ ID NO：1所示堿基序列的7032bp位置，堿基T突變成C，異亮氨酸變成纈氨酸，和(b)itpr2?554?T/C，位于基因如SEQ ID NO：2所示堿基序列的554bp位置，位于非編碼區(qū)。本發(fā)明從基因角度出發(fā)，篩選到與體色異常相關的SNP位點，并將此位點運用在牙鲆育種工作中，從遺傳角度根本性解決牙鲆體色異常的問題。

技術領域

本發(fā)明屬于水產養(yǎng)殖魚類輔助育種技術領域，涉及SNP分子標記技術，具體涉及一種與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記及其應用。

背景技術

自90年代初，鲆鰈類引入我國，隨后迅速實現了初級工廠化的普及。鲆鰈類養(yǎng)殖不僅掀起了我國海水養(yǎng)殖第四次發(fā)展浪潮。2009年，鲆鰈類魚種成為我國海水魚類養(yǎng)殖中產量位居第二位的代表性品種，鲆鰈類養(yǎng)殖創(chuàng)造了巨大的社會財富的同時，為提高人們生活品質作出貢獻。牙鲆等比目魚幼魚也在孵化場成功地以工業(yè)規(guī)模生產，但孵化場飼養(yǎng)的牙鲆經常在眼睛側和盲側出現體色異常，這個問題降低牙鲆的成活率和市場價格，如何避免牙鲆出現體色異常現象是牙鲆養(yǎng)殖業(yè)面臨的重大問題。牙鲆的體色異常主要分為白化和黑化兩種主要類型，近年來針對牙鲆體色異常的研究很多，也取得了一定進展，但是效果有限，都無法從根本上解決牙鲆體色異常現象，比如，通過早期飼喂富含DHA、維生素A、磷脂的輪蟲等浮游動物可以有效的減少牙鲆白化的發(fā)生率，但是過量的維生素A會增加無眼側黑化率；還有研究表明養(yǎng)殖池底沙可以有效減少牙鲆黑化率，很多研究證實營養(yǎng)和養(yǎng)殖環(huán)境(背景顏色、密度、光強度、水深、水溫)對牙鲆的體色異常影響很大，通過改善養(yǎng)殖環(huán)境、營養(yǎng)等因素可以在一定程度上減少牙鲆體色異常率，但都是治標不治本，無法從根本上解決人工養(yǎng)殖牙鲆的體色異常現象。

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的在于提供一種與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記，SNP即單核苷酸多態(tài)性，與生物的很多性狀如生長速度、抗病性和抗逆性聯(lián)系密切，從遺傳因素出發(fā)，通過與牙鲆體色相關的SNP位點對牙鲆親本的育前排查，建立體色正常的牙鲆家系，從種質上降低牙鲆后代體色異常的發(fā)生率，解決現有技術中牙鲆體色異常的問題。

本發(fā)明的上述目的通過以下技術方案實現：

本發(fā)明的與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記，具體如下：

(a)itpr2-7032-C/T，位于基因inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type2-like如SEQ IDNO：1所示堿基序列的7032bp位置，堿基T突變成C，異亮氨酸變成纈氨酸，正常牙鲆基因型為67.65％TT、14.71％CT和17.63％CC，黑化牙鲆基因型為19.35％CT和80.65％CC，白化牙鲆基因型為12.5％CT和87.5％CC；和

(b)itpr2-554-T/C，位于基因inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type2-like如SEQ IDNO：2所示堿基序列的554bp位置，位于非編碼區(qū)，正常牙鲆基因型為67.65％TT、14.71％CT和17.63％CC，黑化牙鲆基因型為19.35％CT和80.65％CC，白化牙鲆基因型全部為CC。

上述與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP分子標記的篩選方法，包括以下步驟：

(ⅰ)分別選擇正常牙鲆的正常皮膚、無眼側體色異常的牙鲆無眼側正常的白皮膚以及無眼側體色異常無眼側的黑皮膚進行基因雙向測序，再對測序數據進行SNP分析，初步檢測出SNP位點，分析得到在差異表達基因中顯著性富集的通路；

(ⅱ)在步驟(ⅰ)中與體色相關的通路中進行SNP分析，篩選出位于編碼區(qū)非同義突變的SNP位點；

(ⅲ)對牙鲆在步驟(ⅱ)得到的SNP位點進行分型；

(ⅳ)篩選與牙鲆黑化和白化關聯(lián)的SNP位點。