[發明專利]一種與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201910343278.1
• 申請日: 2019-04-26
• 公開（公告）號: CN109897905B
• 公開（公告）日: 2023-02-17
• 發明（設計）人: 張博;鮑寶龍;龔小玲;彭康康
• 申請（專利權）人: 上海海洋大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 上海伯瑞杰知識產權代理有限公司 31227
• 代理人: 周一新

本發明屬于水產養殖魚類輔助育種技術領域，具體涉及一種與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記及其應用，SNP分子標記如下：adc?2677?C/A，位于基因如SEQ ID NO：1所示堿基序列的2677bp位置，堿基A突變成C，蘇氨酸變成組氨酸，正常牙鲆基因型為68.75％AA、31.25％AC和0％CC，黑化牙鲆基因型為0％AA、37.5％AC和62.5％CC，白化牙鲆基因型為14.29％AA、64.29％AC和21.42％CC。本發明從基因角度出發，篩選到與體色異常相關的SNP位點，并將此位點運用在牙鲆育種工作中，從遺傳角度根本性解決牙鲆體色異常的問題。

技術領域

本發明屬于水產養殖魚類輔助育種技術領域，涉及SNP分子標記技術，具體涉及一種與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記及其應用。

背景技術

牙鲆等比目魚作為優質的經濟海水魚已在我國北方大量規模化養殖。但經常在比目魚類人工孵化群體中可以發現個體體色異常的現象，比例也比較高，這已經成為我國乃至世界人工養殖牙鲆面臨的一個重大問題，也是亟待解決的問題。

比目魚體色異常可劃分為白化(albinism)和黑化(hypermelanism)兩種主要類型，它們分別指的是有眼側出現白斑即色素細胞或色素減少；黑化指的是無眼側出現黑斑即色素細胞增加。因白化或黑化區域的不同，使比目魚類體色異常的類型呈現多樣化。其中，比目魚類的白化又可分為真白化(albino)和假白化(pseudo-albino)。真白化是因為酪氨酸酶基因發生突變所導致的黑色素不能合成所造成的，真白化個體的體表全白，眼睛也因為缺少黑色素顆粒而顯紅色；假白化是有眼側色素細胞發育和分化受到影響的結果，假白化個體身體或多或少保留部分體色。近年來有關體色異常的研究很多，比如牙鲆的養殖環境，如光照強度、水流速度，水深、水溫、養殖密度等，還有營養因素對牙鲆體色異常的影響，這些研究對于改善牙鲆體色異常現象有一定的效果，但很少有研究是從遺傳角度出發解決體色異常問題。

發明內容

本發明的目的在于提供一種與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記，SNP即單核苷酸多態性，與生物的很多性狀如生長速度、抗病性和抗逆性聯系密切，從遺傳因素出發，通過與牙鲆體色相關的SNP位點對繁育牙鲆進行育前分子篩查，從種質上降低牙鲆后代體色異常的發生率，解決現有技術中牙鲆體色異常的問題。

本發明的上述目的通過以下技術方案實現：

本發明的與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記，具體如下：adc-2677-C/A，位于基因adenylate cyclase type 6-like如SEQ ID NO：1所示堿基序列的2677bp位置，堿基A突變成C，蘇氨酸變成組氨酸，正常牙鲆基因型為68.75％AA、31.25％AC、0％CC，黑化牙鲆基因型為0％AA、37.5％AC、62.5％CC，白化牙鲆基因型為14.29％AA、64.29％AC、21.42％CC。

上述與牙鲆體色異常關聯的SNP分子標記的篩選方法，包括以下步驟：

(1)分別選擇正常牙鲆的正常皮膚、無眼側體色異常的牙鲆無眼側正常的白皮膚以及無眼側體色異常的無眼側黑皮膚進行基因雙向測序，再對測序數據進行SNP分析，初步檢測出SNP位點，分析得到在差異表達基因中顯著性富集的通路；

(2)在步驟(1)中與體色相關的通路中進行SNP分析，篩選出位于編碼區非同義突變的SNP位點；

(3)對牙鲆在步驟(2)得到的SNP位點進行分型；

(4)篩選與牙鲆體色異常關聯的SNP位點。

進一步，步驟(1)中，所述差異表達基因中顯著性富集的通路的分析方法包括基因注釋、差異基因表達分析、差異基因GO富集分析和差異基因KEGG富集分析。

進一步，步驟(3)中，所述SNP位點分型采用的引物如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。