[發明專利]用于小報春不同組織基因表達分析的內參基因及其引物

有效

• 申請號: 201910339337.8
• 申請日: 2019-04-25
• 公開（公告）號: CN110144420B
• 公開（公告）日: 2022-07-22
• 發明（設計）人: 賈茵;黃遠祥;李西;周鵬;劉思岑;江明艷
• 申請（專利權）人: 四川天藝優境環境科技有限公司;四川農業大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京智為時代知識產權代理事務所(普通合伙) 11498
• 代理人: 王加嶺;楊靜

本發明公開了用于小報春不同組織熒光定量PCR的內參基因，其為GAPDH和STPP，所述的GAPDH的序列如Seq ID No.1所示，所述的STPP的序列如Seq ID No.9所示。本發明以小報春不同花期花器官和不同組織為試驗材料，基于前期的轉錄組測序數據，從中選取10個內參基因進行試驗，并分別利用geNorm、NormFinder和Bestkeeper軟件對所得結果進行分析評估。不同組織條件下，GAPDH和STPP組合使用作內參可以得到更可靠的結果。

技術領域

本發明屬于植物分子生物學領域，具體涉及用于小報春不同組織基因表達分析的內參基因及其引物。

背景技術

實時熒光定量PCR(Quantative real-time PCR,qRT-PCR)是在PCR擴增過程中，添加熒光物質以便對PCR進程進行實時檢測。其定量的依據是在PCR擴增的指數時期，模板的Ct值和該模板的起始拷貝數存在線性關系，該技術克服了常規PCR的缺點，并且由于其操作簡便，靈敏度高，重復性好等優點迅速發展，現在已經應用到生命科學研究的各個領域。

利用qRT-PCR技術可以進行基因表達分析，然而，在分析過程中，RNA的質量和產量、反轉錄效率的差異以及其他阻礙因素等都會對目的基因表達結果的準確性產生影響。因此需要選擇合適的內參基因進行校正和標準化，從而減小檢測樣本之間的差異。

理想的內參基因應該在所有的細胞中和生理狀態下都能較穩定地表達，可以完全用于不同類型的樣品，但是在實際過程中，隨著試驗條件的變化，沒有任何一種內參基因的表達是始終穩定的，即在一種實驗條件下合適的內參基因并不一定適用于另一種實驗條件，或者不同物種間的內參基因也可能是不同的。未經驗證地使用一種基因作為內參，輕則可能難以發現基因表達的細小差別，重則可能出現完全相反的結果。使用不穩定表達的內參基因可能對靶基因表達量分析有極大影響，因此在具體實驗條件下選擇表達穩定的內參基因至關重要。

研究者通常使用看家基因作為內參，因為這些基因廣泛參與有機體的基本生化反應，這使得其在某些器官組織中可以穩定地表達。目前，常用的傳統內參有肌動蛋白基因、甘油醛-3-磷酸脫氫酶基因、組蛋白基因、微管蛋白基因、泛素結合酶基因和延伸因子等。迄今為止，關于報春花屬植物內參基因篩選的領域依舊是一片空白。

發明內容

為了解決上述問題，本發明提供一種用于小報春組織基因表達分析中穩定性更高的內參基因。

本發明提供的用于小報春不同花期熒光定量PCR的內參基因，其為GAPDH和STPP，所述的GAPDH的序列如Seq ID No.1所示，所述的STPP的序列如Seq ID No.9所示。

本發明還提供用于小報春不同組織基因表達分析的試劑，其包括：

1)檢測所述的GAPDH表達水平的物質；和

2)檢測所述的STPP表達水平的物質。

在本發明一個優選的實施方案中，所述檢測所述的GAPDH表達水平的物質為擴增所述基因或其片段的引物；所述檢測所述的STPP表達水平的物質為擴增所述基因或其片段的引物。

在本發明一個更為優選的實施方案中，所述的檢測所述的GAPDH表達水平的物質為序列如Seq ID No.17所示的單鏈DNA和序列如Seq ID No.18所示的單鏈DNA；所述的檢測所述的STPP表達水平的物質為序列如Seq ID No.25所示的單鏈DNA和序列如Seq ID No.26所示的單鏈DNA。

本發明還提供含有所述試劑的用于小報春不同組織基因表達分析的試劑盒。

在本發明的一個實施方案中，所述試劑盒還可含有分析基因表達所需的其他成分，如PCR所需要的其它試劑。