[發明專利]一種腫瘤突變負荷的檢測位點組合、檢測方法、檢測試劑盒及系統

有效

• 申請號: 201910338312.6
• 申請日: 2019-04-25
• 公開（公告）號: CN109880910B
• 公開（公告）日: 2020-07-17
• 發明（設計）人: 邵陽;張憲;王富鋒;那成龍;殷嘉妮;鄭佳
• 申請（專利權）人: 南京世和基因生物技術股份有限公司;南京世和醫療器械有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 南京正聯知識產權代理有限公司 32243
• 代理人: 鄧唯

本發明涉及一種基于Panel測序檢測腫瘤突變負荷(TMB)的位點組合、處理流程及計算方法，屬于生物醫學技術領域。本發明提供的腫瘤突變負荷的檢測方法，對目標檢測區域中的具體位點進行了優化：排除了中國人群中腫瘤發生發展相關高頻突變位點，納入了同義突變，使得基于Panel和全外顯子測序的TMB結果高度一致，并在真實世界中有比較理想的臨床預測效果。

技術領域

本發明涉及一種基于捕獲測序檢測腫瘤突變負荷(TMB)的位點組合、處理流程及計算方法，屬于生物醫學技術領域。

背景技術

免疫治療極大的改善了晚期腫瘤患者的生存。近兩年來，多個免疫藥物如Pembrolizumab等獲批用于腫瘤患者的一線治療。但是免疫治療整體響應率偏低，尋找一些合適的biomarker篩選出免疫治療的優勢人群迫在眉睫。

腫瘤PD-L1的表達是第一個獲批的免疫治療biomarker，但是部分晚期患者可能缺少足量的腫瘤樣本用于PD-L1的檢測，不同的檢測平臺一致性較差等問題可能限制了PD-L1的應用。

TMB作為潛在的預測免疫治療療效的biomarker，日益受到臨床醫生的關注。腫瘤突變負荷(Tumor Mutation Burden，TMB)被定義為一份腫瘤樣本中，所評估體細胞基因的外顯子編碼區每兆堿基中發生置換和插入/缺失突變的總數。體細胞的突變可轉錄/表達成RNA/蛋白水平，產生新的抗原、蛋白片段或多肽段等，這些新的蛋白被自身免疫系統識別為非自身抗原，激活T細胞，引起免疫反應。因此，腫瘤突變負荷越高，產生新抗原的概率越高，從而更能被免疫系統識別。當使用了免疫檢查點抑制劑(immune checkpoint inhibitor，ICI)來對抗免疫逃逸的腫瘤細胞，TMB水平越高的患者可能接受免疫治療效果越好。

腫瘤突變負荷的預測主要依賴于NGS檢測技術，其金標準為全外顯子（WES）檢測。然而，全外顯子檢測價格昂貴，檢測深度低，對于低覆蓋的位點可能漏檢；同時全外顯子檢測目前主要應用于科研，對于臨床患者的獲益有限。研究者們在積極探索基于捕獲測序(Panel)的方法檢測TMB，有效降低測序成本，并且通過一次檢測可以提示患者靶向治療，免疫治療，遺傳風險等其它多方面的獲益，但是基于panel的方法檢測腫瘤突變負荷的準確性和可靠性不乏挑戰。

發明內容

本發明的目的是：提供一種用于檢測腫瘤突變負荷的位點組合，通過對該組合中的突變進行檢測，可以達到與全外顯子測序的TMB檢測相等同的結果，并可以通過該位點組合達到對癌癥治療結果進行預測的目的。

本發明的第一個方面，提供了：

一種腫瘤突變負荷的檢測位點組合，所述的位點組合中包含腫瘤相關基因的同義突變。

在一個實施方式中，所述的腫瘤相關基因包括如下所示的基因：

在一個實施方式中，所述的位點組合中不包含高頻突變位點。

在一個實施方式中，所述的高頻突變位點包括如下所示的位點：

本發明的第二個方面，提供了：

一種非治療與診斷目的腫瘤突變負荷的檢測方法，包括如下步驟：

S1，對腫瘤樣本和對照樣本進行DNA提取，富集上述位點組合，并進行高通量測序；

S2，對高通量測序的下機數據進行處理，并將數據比對至參考基因組上，分析腫瘤樣本和對照樣本得出體細胞突變；