[發明專利]一種在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法

在審

• 申請號: 201910288830.1
• 申請日: 2019-04-11
• 公開（公告）號: CN110029185A
• 公開（公告）日: 2019-07-19
• 發明（設計）人: 程琴;金剛;彭欣怡;譚秦亮;呂平;朱鵬錦;周全光;陳濤;盧業飛;王麗萍;歐克緯;李佳慧
• 申請（專利權）人: 廣西壯族自治區亞熱帶作物研究所（廣西亞熱帶農產品加工研究所）
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 重慶項乾光宇專利代理事務所(普通合伙) 50244
• 代理人: 高姜

1.在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于，包括以下步驟：

s1.培育劍麻參試材料，并進行劍麻葉RNA的提取及質量檢測；

s2.進行劍麻葉纖維的轉錄組測序；

s3.進行轉錄水平差異比較分析，篩選出差異表達基因；

s4.進行差異表達基因的GO功能顯著性富集分析和Pathway顯著性富集分析；

s5.從轉錄組數據中挑取兩種不同表達趨勢的4個基因在不同纖維發育時期進行實時熒光定量PCR試驗，并與RNA-Seq轉錄組數據中該基因的表達趨勢進行吻合性檢測，驗證RNA-Seq轉錄組數據的可靠性。

2.根據權利要求1所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：步驟s1中，培育狐尾龍舌蘭和劍麻H.11648為供試材料，采取定植后5年的壯齡劍麻葉片為材料，并設置3個生物學重復。

3.根據權利要求1所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：步驟s2中，按RNAprep pure植物總RNA提取試劑盒指示，分別提取兩個材料葉纖維總RNA，用1％瓊脂糖凝膠電泳檢測總RNA的純度及完整性。

4.根據權利要求1所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：步驟s2中，測序得到的數據采用Trinity軟件進行Devo從頭組裝得到Unigene，通過Blastx將Unigene序列與KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR數據庫比對，得到對應的功能注釋結果；再通過WEGO軟件做GO功能分類統計，用Path finder軟件并依據KEGG注釋分析Unigene的代謝通路。

5.根據權利要求3所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：步驟s4中，所述GO功能顯著性富集分析的步驟為：

s31.根據Unigene的NR注釋信息，利用Blast2GO軟件將差異表達基因向GO數據庫的各term映射，并計算每個term包含的Unigene數目，從而得到具有某個GO功能的基因列表及基因數目統計；

s32應用超幾何檢驗，找出與整個基因組背景相比，在差異表達基因中顯著富集的Goterm。

6.根據權利要求1所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：步驟s4中，所述Pathway顯著性富集分析以KEGG Pathway為單位，應用超幾何檢驗，找出與整個基因組背景相比，在差異表達基因中顯著性富集的Pathway。

7.根據權利要求1所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：對同一材料幼齡麻和壯齡麻基因的差異比較分析時，應進行差異表達基因的表達模式聚類分析和時空表達模式分析。

8.根據權利要求5所述的在轉錄組測序水平上進行劍麻葉纖維發育的研究方法，其特征在于：在對不同材料差異基因表達進行分析時，Unigene表達量的計算使用FPKM法，根據基因的表達量計算該基因在不同樣本問的差異表達倍數；定義差異表達基因為FDR小于或等于0.001且倍數差異在2倍以上的基因，得到所述差異表達基因之后，對差異表達基因做GO功能分析和KEGG Pathway分析。