[發明專利]一種與暗紋東方鲀肥滿度相關的SNP分子標記及其應用

有效

• 申請號: 201910261312.0
• 申請日: 2019-04-02
• 公開（公告）號: CN109852703B
• 公開（公告）日: 2022-02-11
• 發明（設計）人: 尹紹武;張鑫宇;武兆文;王宏玉;王濤;文鑫
• 申請（專利權）人: 南京師范大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 南京蘇高專利商標事務所(普通合伙) 32204
• 代理人: 柏尚春

本發明公開了一種與暗紋東方鲀肥滿度相關的SNP分子標記及其應用。所述的SNP分子標記來源暗紋東方鲀血清素受體4(HTR4)基因序列如SEQ ID NO：1所示，在該序列的第100位存在SNP位點，堿基為C或G。本發明公開的SNP位點與暗紋東方鲀肥滿度顯著相關，可以有效應用于暗紋東方鲀的分子標記輔助育種，從而可以節省該魚良種選育時間。該方法操作準確、簡單實用。

技術領域

本發明涉及一種與暗紋東方鲀肥滿度相關的SNP分子標記及其應用，屬于水產動物遺傳及分子標記輔助選擇育種技術領域。

背景技術

暗紋東方鲀(Takifugu fasciatus)，俗稱河鲀魚，屬硬骨魚綱，輻鰭魚亞綱，鲀形目，東方鲀屬，是一種味道鮮美的名貴經濟魚類，與刀魚、鰣魚合稱為“長江三鮮”，主要分布在中國、朝鮮半島和日本等國家的沿海地區和內陸河流。直到1954年，長江下游野生河豚的產量可達到每年1000噸，但半世紀以來隨著捕撈技術的迅速發展，無節制的捕撈使得暗紋東方鲀種群數量迅速下跌，致野生暗紋東方鲀的漁汛已經基本消失。所以，通過人工繁育來緩解市場對暗紋東方鲀的供求矛盾，不僅是一種必要的措施，也是減緩野生資源壓力的方法。目前中國有江蘇、廣東、上海、福建、海南、浙江、四川、河南、湖北、安徽等省市開展了暗紋東方鲀的養殖，年產量約2萬噸，產值可達數十億。

但是，在暗紋東方鲀的實際生產的過程中，商品魚生長速度依然較慢，抵抗力也較差，時常出現病害增加、肉質下降等種質退化現象。良種繁育已成為突破暗紋東方鲀產業瓶頸的要素之一。在實際暗紋東方鲀生產中，一些體重大的個體可能出現體型瘦長、肉質少且口感松散的發育特征，所以在該球形體型的魚良種選育時僅僅對單一體長或者體重進行評價，可能會使得結論不太精確，不能全面而準確地反映其生長狀況。而肥滿度K(K＝(W/L³)×100％)是魚體重量(W)與魚體體長(L)立方數的比值，是反映魚類肥瘦程度和生長情況的綜合指標。因此以肥滿度為參考指標，培育出體形渾圓、肉質飽滿、生長快速的優良新品種是提升暗紋東方鲀產業養殖效率的有效方法。

分子育種，即分子標記輔助育種，是指利用DNA分子標記對育種目標進行標記選擇，從而達到選育、改良特定遺傳性狀的目的，是一種傳統遺傳技術與現代分子生物學技術有機結合的新育種策略。隨著分子生物技術的發展，分子標記輔助育種在魚類育種工作中越來越重要，并開始展現出獨特的優越、精確性和可靠性。單核苷酸多態性(Singlenucleotide polymorphisms,SNPs)標記是第三代分子標記，具有多態性高、遺傳穩定和檢測方便等優點，已被廣泛應用于各種分子育種的研究領域。迄今為止已有研究證實血清素受體4(HTR4)會顯著影響動物胃排空和攝食能力，在人類和小鼠胃動力研究中都有報道，而在在虹鱒和齊口裂腹魚中也有血清素拮抗劑的研究，但尚未見到有關暗紋東方鲀HTR4相關的SNPs應用報道。

發明內容

發明目的：為解決上述技術問題，本發明目的是：

a)提供一種與暗紋東方鲀肥滿度相關的SNP分子標記，即利用暗紋東方鲀HTR4基因上與肥滿度顯著相關的一個SNP位點進行分子標記輔助育種；

b)提供用于檢測上述SNP分子標記的一對引物；

c)提供上述SNP分子標記的應用。

技術方案：為達到上述發明目的，本發明采用以下技術方案：

一種與暗紋東方鲀肥滿度相關的SNP分子標記，所述的SNP分子標記來源基因(HTR4)的部分基因組序列如SEQ ID NO：1所示，自5’端起，該序列的第100位存在SNP：g.100CG SNP位點，核苷酸為G或C。該位點呈現CC型的個體肥滿度顯著高于GG型個體；

SEQ ID NO：1：219bp，DNA，HTR4(5-Hydroxytryptamine Receptor 4)