[發(fā)明專利]甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型、方法及系統(tǒng)

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910260012.0
• 申請(qǐng)日: 2019-04-02
• 公開（公告）號(hào): CN109979532B
• 公開（公告）日: 2020-10-16
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 蘭霞斌;葛明華;葛欣陽(yáng);曹君;朱栩杭;黃煜慶;張啟弘;劉凱華;邵陽(yáng)
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 浙江省腫瘤醫(yī)院
• 主分類號(hào): G16B20/20
• 分類號(hào): G16B20/20;G16B50/00
• 代理公司: 寧波鄞州全方專利商標(biāo)事務(wù)所(普通合伙) 33242
• 代理人: 樓瑜舟;劉永斌

本發(fā)明提供了一種提供了甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型、預(yù)測(cè)模型方法及預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)。本發(fā)明甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性高、已報(bào)道模型的準(zhǔn)確性普遍低于本發(fā)明的預(yù)測(cè)模型，且具有高靈敏度，特異度。而本發(fā)明的研究發(fā)現(xiàn)TERT啟動(dòng)子突變與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移無(wú)明顯相關(guān)性，而chr22q缺失、基因融合與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)，本發(fā)明的樣本均來(lái)自中國(guó)人，而國(guó)外的研究樣本來(lái)自西方人群，因此本發(fā)明的研究結(jié)果針對(duì)中國(guó)人具有更高的應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物醫(yī)學(xué)，特別涉及腫瘤檢測(cè)模型。

背景技術(shù)

甲狀腺癌是內(nèi)分泌系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤，同時(shí)也是近年來(lái)發(fā)病率增長(zhǎng)最快的惡性腫瘤，不僅威脅著人們(尤其是女性)的健康，而且大大增加了政府、社會(huì)和家庭的負(fù)擔(dān)，進(jìn)行積極有效的甲狀腺癌防控研究是當(dāng)前我國(guó)面臨的重大民生課題。甲狀腺乳頭狀癌是甲狀腺癌的最主要病理類型，占80-90％以上。甲狀腺乳頭狀癌預(yù)后差異較大，部分患者，如無(wú)危險(xiǎn)因素的甲狀腺微小乳頭狀癌預(yù)后優(yōu)異，目前可能存在過(guò)度治療，浪費(fèi)醫(yī)療資源；而部分甲狀腺乳頭狀癌患者，如發(fā)生遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移，是影響甲狀腺癌預(yù)后的最主要原因，這些患者往往需要更激進(jìn)的手術(shù)處理及術(shù)后進(jìn)一步的輔助治療，如放射碘治療。因此，如果能夠早期鑒別、早期區(qū)分遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移高、低?；颊?，避免對(duì)低?；颊哌^(guò)度治療及浪費(fèi)醫(yī)療資源，而對(duì)高?；颊咴缙诟深A(yù)，改善其預(yù)后，具有重要意義。

22號(hào)染色體是第二小的人類染色體，擁有大約4900萬(wàn)個(gè)堿基對(duì)，占細(xì)胞中DNA數(shù)量的1.5％到2％,此染色體大約含有500到800個(gè)基因。

甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子機(jī)制研究甚少，已有文獻(xiàn)報(bào)道和TCGA數(shù)據(jù)絕大部分為無(wú)轉(zhuǎn)移或淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移患者的數(shù)據(jù)。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的不足，本發(fā)明提供了甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型、預(yù)測(cè)模型方法及預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)。本發(fā)明甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性高、已報(bào)道模型的準(zhǔn)確性普遍低于本發(fā)明的預(yù)測(cè)模型，且具有高靈敏度，特異度。而本發(fā)明的研究發(fā)現(xiàn)TERT啟動(dòng)子突變與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移無(wú)明顯相關(guān)性，而chr22q缺失，基因融合與遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移顯著相關(guān)，本發(fā)明的樣本均來(lái)自中國(guó)人，而國(guó)外的研究樣本來(lái)自西方人群，因此本發(fā)明的研究結(jié)果針對(duì)中國(guó)人具有更高的應(yīng)用價(jià)值。本發(fā)明的模型可以應(yīng)用于但不限于藥物研發(fā)中效果驗(yàn)證，可用于甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估(非診斷性質(zhì)的)，實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)，根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)高低采取不同的措施。

特別說(shuō)明本發(fā)明權(quán)利要求要求保護(hù)的范圍不包含疾病的診斷方法，本發(fā)明不限制醫(yī)生使用本發(fā)明預(yù)測(cè)模型用于疾病診斷這一可能用途。

本發(fā)明提供的預(yù)測(cè)模型方法可以應(yīng)用甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型的建立，考慮并驗(yàn)證了多種分子標(biāo)記的相關(guān)性，用以提供高靈敏度、高特異度的轉(zhuǎn)移預(yù)測(cè)模型。

本發(fā)明提供了甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型系統(tǒng)，本發(fā)明的系統(tǒng)結(jié)合現(xiàn)有計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，使用本發(fā)明的甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型，可以更準(zhǔn)確的預(yù)測(cè)甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移情況。

本發(fā)明的模型包含兩個(gè)nomogram預(yù)測(cè)模型，一個(gè)預(yù)測(cè)模型納入侵襲、腫瘤病灶大小、融合Group和22q loss作為預(yù)測(cè)因素，適用于術(shù)后評(píng)估；另一個(gè)預(yù)測(cè)模型納入腫瘤病灶大小、融合Group和22q loss作為預(yù)測(cè)因素，無(wú)需侵襲情況，適用于手術(shù)之前評(píng)估，因?yàn)槟[瘤大小、融合Group和22q loss等因素可通過(guò)術(shù)前超聲及穿刺病理檢測(cè)獲取相關(guān)信息，而侵襲情況更多時(shí)是通過(guò)手術(shù)當(dāng)中評(píng)估才能獲取相關(guān)信息。

本發(fā)明提供了一種甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型，模型的檢測(cè)的分子標(biāo)記包括RET,ALK或NTRK1中任意一種或多種基因融合和22q loss，模型使用Logistic回歸模型圖形化繪制Nomogram圖預(yù)測(cè)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)。

本發(fā)明還提供了一種甲狀腺乳頭狀癌遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移分子突變預(yù)測(cè)模型，預(yù)測(cè)模型納入侵襲、腫瘤病灶大小、基因融合事件分組和22q loss作為預(yù)測(cè)因素。