[發明專利]一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法

在審

• 申請號: 201910206502.2
• 申請日: 2019-03-19
• 公開（公告）號: CN109810973A
• 公開（公告）日: 2019-05-28
• 發明（設計）人: 徐飛岳;李彌顯;楊波;李小花;王俊
• 申請（專利權）人: 深圳因合生物科技有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12N13/00
• 代理公司: 北京中南長風知識產權代理事務所(普通合伙) 11674
• 代理人: 鄭海

本發明公開了一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法，涉及基因技術領域，主要解決傳統的超聲波打斷gDNA效果不好的問題；該方法采用梯度超聲波對gDNA進行打斷，能夠提高打斷效果。

技術領域

本發明涉及基因技術領域，具體是一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法。

背景技術

基因由人體細胞核內的DNA(脫氧核糖核酸)組成，變幻莫測的基因排序決定了人類的遺傳變異特性。人類基因組研究是一項生命科學的基礎性研究。有科學家把基因組圖譜看成是指路圖，或化學中的元素周期表；也有科學家把基因組圖譜比作字典。但不論是從哪個角度去闡釋，破解人類自身基因密碼，以促進人類健康、預防疾病、延長壽命，其應用前景都是極其美好的。人類10萬個基因的信息以及相應的染色體位置被破譯后，將成為醫學和生物制藥產業知識和技術創新的源泉。

目前在NGS領域中，對cfDNA的研究很多，但因其較難獲得，故需要通過對易得的gDNA 處理來模擬cfDNA進而開展研究。目前常規處理gDNA的方法是通過酶切的方法，但因酶的價格高，打斷的效果不均一，尤其是在甲基化建庫中，類似kapa一樣好的的甲基化建庫試劑盒，不適合用酶切方法，而covaris推薦的打斷功率在170p，經實驗驗證打斷效果不好。

發明內容

本發明的目的在于提供一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法，以解決上述背景技術中提出的問題。

為實現上述目的，本發明提供如下技術方案：

一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法，所用的超聲波為梯度超聲波，包括以下步驟：

1)準備基因組DNA；

2)使用ddH20或者三羥甲基氨基甲烷-乙二胺四乙酸將基因組DNA分別調配成濃度為 1.5ng/ul，3.0ng/ul，4.5ng/ul，5.3ng/ul，6ng/ul，12ng/ul的初始溶液，然后置于核酸打斷管中，振蕩混勻，制得溶液；

3)預設超聲波儀器的運行條件，分階段對溶液進行處理：第一階段：峰值功率：375W，負載比：10％，單次脈沖循環次數：200，處理時間430s；第二階段：峰值功率：175W，負載比：10％，單次脈沖循環次數：200，處理時間430s。

作為本發明進一步的方案：超聲波儀器為Covaris S220。

與現有技術相比，本發明的有益效果是：

本發明采用梯度超聲波對gDNA進行打斷處理從而模擬cfDNA，打斷效果好，利用研究的展開。

附圖說明

圖1為一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法的實施例1的實驗數據圖；

圖2為一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法的實施例2的實驗數據圖；

圖3為一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法的實施例3的實驗數據圖；

圖4為一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法的實施例4的實驗數據圖。

具體實施方式

下面結合具體實施方式對本專利的技術方案作進一步詳細地說明。

一種使用超聲波打斷gDNA模擬cfDNA的方法，包括以下步驟：

1)準備基因組DNA；

2)使用ddH₂O或者三羥甲基氨基甲烷-乙二胺四乙酸將基因組DNA分別調配成濃度為1.5ng/ul，3.0ng/ul，4.5ng/ul，5.3ng/ul，6ng/ul，12ng/ul的初始溶液，然后置于核酸打斷管中，振蕩混勻，制得溶液；