[發明專利]一種用于對肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型和/或預后預測的生物標記物組合及其應用

在審

• 申請號: 201910190625.1
• 申請日: 2019-03-13
• 公開（公告）號: CN109797221A
• 公開（公告）日: 2019-05-24
• 發明（設計）人: 畢德璽;蔚青
• 申請（專利權）人: 上海市第十人民醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B25/10
• 代理公司: 上海申新律師事務所 31272
• 代理人: 俞滌炯

本發明涉及一種用于對肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型和/或預后預測的生物標記物組合及其篩選方法和應用，所述生物標記物組合包括以下基因：FGF10、TP53INP1、DDR2、MYC、CDC73、IGF1、PLA2G1B、SKI、FN1、EGFR、PPARG、PDGFRA、PDGFD、GAS6、PDGFC、FNTB和CCNB1?；谠撋飿擞浳锝M合的轉錄數據的非負矩陣分解方法聚類分析，可將肌層浸潤性膀胱癌分成類，分別對應不同的表達特征譜。該分類分別對應顯著不同的總體生存狀況，因此可用于生存預后評估。本發明所采用的轉錄數據分析方法選用生物標記物集合個數少，分析步驟簡單，同時滿足大樣本分析需求，對計算能力要求低，適用于標準化后的轉錄數據，該轉錄數據可為轉錄組學數據亞集、亦可為單獨檢測的基因轉錄數據的集合。

技術領域

本發明屬于及生物醫藥技術領域，尤其涉及一種用于對肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型和/或預后預測的生物標記物組合及其篩選方法和應用。

背景技術

膀胱癌是泌尿系統最常見的惡性腫瘤。按照腫瘤的是否侵入肌層，膀胱癌分為非肌層浸潤性(Non-muscle-invasive bladder cancer，NMIBC)和肌層浸潤性膀胱癌(Muscle-invasivebladder cancer，MIBC)。肌層浸潤性膀胱癌在初發膀胱腫瘤中約占25％。此外，10％-20％的非肌層浸潤性膀胱癌會進展為肌層浸潤性膀胱癌。肌層浸潤性膀胱癌惡性程度高，預后差，5年總體生存率(overall survival)不及50％，若發生淋巴結轉移或遠端轉移，則預后更差。目前缺少簡單有效的預后預測生物標志物和相關方法。

膀胱癌是一種異質性疾病，轉錄組學的應用極大促進了對該疾病的分子特征及其與臨床表現相關性的理解?；谵D錄組學的分子分型為解釋該疾病生物學行為提供了基礎，并有望改善現有的病理診斷方法及治療方式。全轉錄組或多組學整合分析發現肌層浸潤性膀胱癌可分為管腔型和基底型，亦可細分為luminal-papillary型、luminal-infiltrated型、luminal型、basal-squamous型和neuronal型，分別對應不同臨床病理表型。這些分子分型方法有助于對疾病機制的理解，但由于過于復雜，臨床實施難度大，目前仍亟需簡單有效的分子分型標記物及組學分析方法。

發明內容

為了于克服現有技術中的缺陷，本發明提供一種用于對肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型和/或預后預測的生物標記物組合及其篩選方法(轉錄數據分析方法)，基于該生物標記物組合的轉錄數據可對大樣本肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型，進而評估生存預后。該轉錄數據分析方法選用基因個數少，步驟簡單，同時滿足大樣本分析需求，對計算能力要求低，適用于標準化后的轉錄數據。該轉錄數據可為轉錄組學數據亞集、亦可為單獨檢測的基因轉錄數據的集合。

為實現上述目的，本發明采用如下技術方案：

本發明的第一方面是提供一種用于對肌層浸潤性膀胱癌進行分子分型和/或預后預測的生物標記物組合，所述生物標記物組合包括FGF10、TP53INP1、DDR2、MYC、CDC73、IGF1、PLA2G1B、SKI、FN1、EGFR、PPARG、PDGFRA、PDGFD、GAS6、PDGFC、FNTB和CCNB1基因中的至少一種。

進一步地，所述生物標記物組合包括第1組：FGF10、IGF1、SKI、GAS6、PDGFC、DDR2、PDGFRA和FN1，或者包括第2組：EGFR、MYC、CDC73和CCNB1，或者包括第3組：PPARG和TP53INP1，或者包括第1組、第2組和第3組的任意組合。