[發明專利]一種鑒定有效腫瘤新抗原的方法

有效

• 申請號: 201910153650.2
• 申請日: 2019-02-28
• 公開（公告）號: CN111621564B
• 公開（公告）日: 2022-03-25
• 發明（設計）人: 殷雷;白鵬;李永征
• 申請（專利權）人: 武漢大學
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6827
• 代理公司: 湖北武漢永嘉專利代理有限公司 42102
• 代理人: 唐萬榮;徐曉琴

1.一種鑒定有效腫瘤新抗原的方法，其特征在于，包括如下步驟：

（1）取腫瘤組織與正常組織樣本，分別進行全基因組或外顯子組測序，對比計算得到腫瘤組織的突變位置，截取以突變位置為中心的多肽片段，輸入至人類MHC I 類的結合預測算法中，預測出各多肽片段與 MHC 亞型的親和力，選出與MHC 亞型親和能力高、包含腫瘤組織突變位置的多肽片段；所述截取以突變位置為中心的多肽片段為以突變位置為中心左右各 12 個殘基的多肽片段；所述MHC I 類的結合預測算法為基于神經網絡的 MHC-多肽親和力預測；所述選出與MHC 亞型的預測親和力為大于 0、小于等于 500 nM，包含腫瘤組織突變位置的多肽片段；

（2）將步驟（1）選出的多肽片段按照突變位置的功能分為三類：錨定位點突變類、非錨定位點 MHC 接觸類和 TCR 接觸類；

（3）進一步基于錨定位點突變類多肽的野生型氨基酸和突變型氨基酸進行分類，具體分為：非傾向性氨基酸突變為傾向性氨基酸類、非傾向性氨基酸突變為非傾向性氨基酸類、傾向性氨基酸突變為傾向性氨基酸類、和傾向性氨基酸突變為非傾向性氨基酸；所述分類的依據是多肽突變位置的 MHC 傾向性變化；

（4）挑選出所述多肽片段中 TCR 接觸類、非錨定位點 MHC 接觸類和錨定位點突變類中的非傾向性氨基酸突變為傾向性氨基酸作為新多肽群，所述新多肽群即為具有免疫原性潛力的腫瘤靶標。