[發明專利]一種基于直腸癌轉錄組基因及甲基化聯合分析預測預后的方法及模型應用

有效

• 申請號: 201910114187.0
• 申請日: 2019-02-14
• 公開（公告）號: CN110004226B
• 公開（公告）日: 2023-06-20
• 發明（設計）人: 王哲;解夕黎
• 申請（專利權）人: 遼寧省腫瘤醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 沈陽亞泰專利商標代理有限公司 21107
• 代理人: 史力伏

本發明涉及基因技術和醫學領域，具體涉及一種基于直腸癌轉錄組基因及甲基化聯合分析預測預后的方法及模型應用。本發明提供一種差異表達基因、差異甲基化基因在直腸癌預后風險預測中的應用，所述的6個特殊差異表達基因TAMM41、AC022387.1、AP004609.1、GVQW3、AC245060.2、AC027644.1，所述的7個特殊差異甲基化基因為MIR7848、LRRC74B、MRPL13、SNRPD3、EMILIN2、NACAP1、C8or87。本發明為直腸癌的早期篩查提供更好的選擇，提高篩查的準確性，降低直腸癌患者的死亡率、局部復發率，并通過風險預測模型實現個體化精準治療，改善患者的預后。

技術領域

本發明涉及基因技術和醫學領域，具體涉及一種基于直腸癌轉錄組基因及甲基化聯合分析預測預后的方法及模型應用。

背景技術

結直腸癌（CRC）是世界上第三大診斷最常見的惡性腫瘤，也是繼肺癌，胃癌和肝癌之后第四大最常見的致死性腫瘤，且預后很差。在發達國家，約有三分之一的人死于這種疾病，美國直腸癌的五年存活率約為65％。直腸癌（RC）約占結直腸癌診斷的33％，并且具有較高的局部復發率。一般來說，治療干預越早，患者的預后越好。然而，目前臨床工作中缺乏高度敏感性和特異性的生物標志物，在一定程度上阻礙了早期直腸癌患者的檢測。

相關研究表明，表觀遺傳變化特別是異常的DNA甲基化變化，在直腸癌中非常常見，并在發病機制和病情進展中起重要作用，基因甲基化分析也被用于某些類型癌癥的早期篩查。但目前關于基因甲基化對預測癌癥患者預后的研究相對較少。近期研究表明，基因的異常甲基化在預測肝癌和前列腺癌等癌癥的預后方面具有一定的潛力，但這些甲基化標志物的臨床特異性和敏感性尚未得到改善。且由于單基因預測結果不佳，尋找基于異常甲基化的新標記對直腸癌的篩選和治療顯得尤為重要。

另外，基于使用Cox多元回歸分析癌癥基因轉錄組表達差異及甲基化表達差異，建立癌癥疾病預后預測模型是近期與癌癥預后標志物相關的熱門話題，被廣泛應用于多種癌癥，且效果顯著。

直腸癌是世界范圍內常見的癌癥，死亡率高、易復發、預后差。相關研究表明，早期癌癥篩查雖可有效降低直腸癌的死亡率。但目前現有技術的幾種篩查方法仍存在一定問題：（1）結腸鏡檢查具有侵入性；（2）單基因預測效果不佳；（3）現有甲基化標志物的臨床特異性和敏感性不高；（4）缺乏轉錄組數據和甲基化數據聯合分析的預測模型。

現有直腸癌檢查方法具有侵入性且操作繁瑣，一定程度上限制了參與篩查的人數。相比之下，基因檢測具有簡單易用精準的特點。也正是由于這種優點，越來越多的人致力于尋找新興非侵入性生物標志物。隨著研究DNA甲基化方法的靈敏度和分辨率大大增強，甲基化基因標記的研究在多種癌癥中展開并取得很大進展，但在結直腸癌方面仍缺乏類似研究。2014年，Gaedcke?J等人基于全基因組甲基化CpG島找到的差異甲基化區域（DMRs），在一定程度上解釋了異常甲基化基因的有效性，有助于區分晚期直腸癌患者的預后。但該研究中使用的區域化研究沒有詳細說明特定基因，因此當甲基化作為切入點時很難找到新的治療靶點。同時，常見的DNA甲基化標記通常缺乏特異性，它不僅僅在一種類型的腫瘤中發生變化。因此單個DNA甲基化的可行性尚待驗證，這也意味著甲基化標記的“組合”可能具有更好的預測準確性。

發明內容

鑒于現有技術存在的問題，本發明的目的在于提供一種基于異常甲基化的新標記，以及建立預測直腸癌預后的差異表達基因標記模型、差異甲基化基因模型。本發明為直腸癌的早期篩查提供更好的選擇，提高篩查的準確性，降低直腸癌患者的死亡率、局部復發率，并通過風險預測模型實現個體化精準治療，改善患者的預后。

為了實現上述目的，本發明采用以下技術方案。