[發(fā)明專利]用于菜豆種質(zhì)資源鑒定的SNP標(biāo)記及其篩選方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910093795.8
• 申請日: 2019-01-30
• 公開（公告）號: CN109762922A
• 公開（公告）日: 2019-05-17
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 顏廷進(jìn);丁漢鳳;蒲艷艷;李群;張文蘭;田茜;戴雙;鄧翠霞
• 申請（專利權(quán)）人: 山東省農(nóng)作物種質(zhì)資源中心
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11;G16B20/20;G16B30/00
• 代理公司: 濟(jì)南誠智商標(biāo)專利事務(wù)所有限公司 37105
• 代理人: 韓百翠

本發(fā)明公開了用于菜豆種質(zhì)資源鑒定的SNP標(biāo)記及其篩選方法，以200份菜豆種質(zhì)資源材料為研究對象，采用IIB?RAD技術(shù)，利用標(biāo)準(zhǔn)型5'?NNN?3'接頭與酶切標(biāo)簽連接，文庫質(zhì)控合格后在Illumina Hiseq Xten平臺進(jìn)行雙端測序，以期篩選出適合鑒別200份菜豆種質(zhì)資源所需最少的SNP位點組合，為菜豆種質(zhì)資源高通量鑒別技術(shù)體系的建立提供技術(shù)支撐。SNP標(biāo)記數(shù)量大基因組覆蓋率高，分型操作簡單準(zhǔn)確度高，在不同環(huán)境下可形成統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，SNP與SSR相比，其在品種真實性鑒定和數(shù)據(jù)庫構(gòu)建方面更有優(yōu)勢。SNP在基因組中密度更高更均勻，更容易實現(xiàn)數(shù)據(jù)整合比較，更高通量。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及用于菜豆種質(zhì)資源鑒定的SNP標(biāo)記及其篩選方法，涉及分子生物學(xué)和生物信 息學(xué)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

傳統(tǒng)的農(nóng)作物種質(zhì)資源鑒定技術(shù)主要以田間小區(qū)種植鑒定，依靠品種間的特征特性差異 區(qū)分不同的品種，該方法費時、費工，且易受人為因素、環(huán)境氣候條件的影響，無法保證檢 測結(jié)果的準(zhǔn)確性及時效性。九十年代興起的電泳技術(shù)主要以蛋白質(zhì)、同工酶為主，但同工酶 和蛋白質(zhì)是基因表達(dá)的產(chǎn)物，其遺傳方式并非全部表現(xiàn)為共顯性遺傳，多態(tài)性較少，對親緣 關(guān)系較近及遺傳基礎(chǔ)復(fù)雜的材料難以鑒別。近年來，以SSR為代表的分子標(biāo)記技術(shù)已廣泛應(yīng) 用于小麥、大麥、玉米、大豆、水稻、高粱、西瓜、甘藍(lán)、黃瓜、番茄等種質(zhì)資源的鑒定， 該技術(shù)具有多態(tài)性高且數(shù)量豐富、不受環(huán)境影響、檢測快速等優(yōu)點，具有廣闊的應(yīng)用前景。 單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作為最新發(fā)展期起來的第三代新興 分子標(biāo)記技術(shù)，具有檢測通量大、分布密度廣、多態(tài)性高、遺傳穩(wěn)定性強(qiáng)、速度快等特點， 分析系統(tǒng)自動化程度高，易于建立標(biāo)準(zhǔn)化操作，適合大規(guī)模SNP研究及基因分型。

目前，SNP技術(shù)主要用在小麥、玉米等大宗農(nóng)作物種質(zhì)資源鑒定，在小宗作物的種質(zhì)資 源鑒定方面研究較少。菜豆是一種可以食用的豆科植物，俗稱四季豆，其傳統(tǒng)的田間種植鑒 定費時費力成本高，受環(huán)境的影響也會產(chǎn)生很大偏差，現(xiàn)在也有使用SSR分子標(biāo)記來鑒別菜 豆品種，但SNP與SSR相比，其在品種真實性鑒定和數(shù)據(jù)庫構(gòu)建方面更有優(yōu)勢。SNP在基 因組中密度更高更均勻，更容易實現(xiàn)數(shù)據(jù)整合比較，更高通量。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明克服了上述現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供用于菜豆種質(zhì)資源鑒定的SNP標(biāo)記及其篩選方 法，旨在將SNP標(biāo)記技術(shù)應(yīng)用于菜豆種子的遺傳資源鑒別、品種知識產(chǎn)權(quán)保護(hù)、品種鑒定等 方面，以200份菜豆種質(zhì)資源材料為研究對象，采用IIB-RAD技術(shù)(基于IIB型限制性核酸 內(nèi)切酶簡化基因)，利用標(biāo)準(zhǔn)型5'-NNN-3'接頭與酶切標(biāo)簽連接，文庫質(zhì)控合格后在Illumina Hiseq Xten平臺進(jìn)行雙端測序，以期篩選出適合鑒別200份菜豆種質(zhì)資源所需最少的SNP位 點組合，為菜豆種質(zhì)資源高通量鑒別技術(shù)體系的建立提供技術(shù)支撐。

用于菜豆種質(zhì)資源鑒定的一組SNP位點，所述SNP位點如下：

SNP1位點為染色體NC_023749.1上第46683位脫氧核糖核苷酸；

SNP2位點為染色體NC_023749.1上第1017737位脫氧核糖核苷酸；

SNP3位點為染色體NC_023749.1上第1086014位脫氧核糖核苷酸；

SNP4位點為染色體NC_023749.1上第1254713位脫氧核糖核苷酸；

SNP5位點為染色體NC_023749.1上第1311225位脫氧核糖核苷酸；

SNP6位點為染色體NC_023749.1上第2131483位脫氧核糖核苷酸；

SNP7位點為染色體NC_023749.1上第3007865位脫氧核糖核苷酸；

SNP8位點為染色體NC_023749.1上第3135424位脫氧核糖核苷酸；