[發明專利]一種在全基因組水平上預測植物內源siRNA的方法有效
| 申請號： | 201910020480.0 | 申請日： | 2019-01-09 |
| 公開（公告）號： | CN109754844B | 公開（公告）日： | 2020-09-01 |
| 發明（設計）人： | 張德強;卜琛皞;宋躍朋 | 申請（專利權）人： | 北京林業大學 |
| 主分類號： | G16B30/00 | 分類號： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 北京高沃律師事務所 11569 | 代理人： | 劉奇 |
| 地址： | 100000 *** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基因組 水平 預測 植物 內源 sirna 方法 | ||
【權利要求書】：
1.一種在全基因組水平上預測植物內源siRNA的方法，包括以下步驟：
1)利用MITE-Hunter，從全基因組序列數據中篩選得到候選MITEs元件；
2)利用多序列比對方法對步驟1)所述候選MITEs元件進行分析，過濾假陽性結果，得到MITEs元件樣本；
3)從步驟2)所述MITEs元件樣本中抽取每個MITEs元件樣本兩端長度為40～60bp的序列，得到待分析序列；
4)對步驟3)所述待分析序列進行互補blast分析，篩選錯配為0、序列長度為24～100nt的序列，得到候選siRNA；
5)利用Pln24NT軟件，將步驟4)所述候選siRNA與數據庫中已有的siRNA進行比對，比對結果一致的siRNA為植物內源siRNA；
步驟1)中所述篩選的過程是通過鑒定TIR和TSD結構特征，得到帶有側翼序列的轉座子，過濾結構類似的假陽性結果，得到候選MITEs元件。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)中每個MITEs元件兩端抽取的序列的長度為50bp。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟1)中所述全基因組序列數據為基因片段數據，每個基因片段的長度為1.8～2.2kb。
4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在得到MITEs元件樣本后，還包括對所述MITEs元件樣本進行鑒定，歸類為不同的家族。
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