[發明專利]基于檢測腫瘤細胞中RAD51焦點的方法

在審

• 申請號: 201880087243.X
• 申請日: 2018-12-21
• 公開（公告）號: CN111886499A
• 公開（公告）日: 2020-11-03
• 發明（設計）人: 比奧萊塔·塞拉埃利薩爾德;朱迪斯·博爾馬納赫爾皮;克里斯蒂娜·克魯斯桑布拉諾;阿爾瓦·洛普格瓦拉;瑪爾塔·卡斯特羅維霍貝爾梅霍;馬克·J·奧康納;杰馬·妮科爾·瓊斯
• 申請（專利權）人: 瓦爾希伯倫私人腫瘤研究基金會;阿斯利康（英國）有限公司;森特克股份有限公司
• 主分類號: G01N33/574
• 分類號: G01N33/574;A61K31/00
• 代理公司: 北京集佳知識產權代理有限公司 11227
• 代理人: 鄭斌;劉振佳

本發明提供了允許確定被診斷為患有癌癥的對象對抗癌治療是具有敏感性還是抗性的方法，其基于從所述對象中分離的包含腫瘤細胞的樣品中具有RAD51焦點之細胞的水平，其中所述對象在分離所述樣品之前24小時未接受選自AC、FEC、ECF和諾維本/表柔比星的化學治療，并且其中所述樣品在確定具有RAD51焦點之細胞的水平之前未用誘導DNA損傷的方法進行處理。

技術領域

本發明涉及用于預測和監測診斷為患有癌癥之對象對抗癌治療的響應、用于為對象選擇定制治療、用于將對象分類為患者組群、以及用于預測對象的腫瘤是否能夠通過同源重組修復(homologous recombination repair，HRR)途徑進行DNA修復的方法。所述方法基于包含來自對象之腫瘤細胞的樣品中RAD51焦點(RAD51 foci)的存在，而無需在分析樣品之前將樣品暴露于誘導DNA損傷的任何方法。其還涉及試劑盒(kit)在所述方法中的用途，以及用于所述方法中提及之治療中的藥物。

背景技術

細胞時常暴露于誘導DNA損傷的多種條件，包括來自細胞代謝和環境的遺傳毒性應激。如果不進行修復，可形成賦予毒性和誘變的大量的DNA損傷，例如DNA單鏈斷裂(single-strand break，SSB)和雙鏈斷裂(double-strand break，DSB)。為了維持基因組完整性，使用不同的DNA修復途徑對DNA進行修復。簡言之，其由將斷裂的DNA末端連接在一起以修復SSB，或者分別使用來自同源DNA鏈的模板重組以修復DSB組成。另外，DNA損傷應答(DNA damage response，DDR)網絡也賦予了DNA修復的替代或備用的機制手段，使得僅根據遺傳缺陷難以預測修復能力。

DNA修復基因的缺陷與對癌癥的高易感性相關。一種經充分研究的情況是BRCA蛋白的活性的缺陷。BRCA1和BRCA2(BRCA1/2)蛋白在通過HRR途徑修復DNA DSB中具有重要作用。BRCA1-PALB2-BRCA2蛋白復合體促進RAD51定位至DNA DSB，形成核RAD51聚集體(即焦點(foci))并且介導鏈侵入和同源修復。因此，腫瘤細胞中BRCA1和BRCA2的功能缺乏導致由已與遺傳繼承性乳腺癌相關的RAD51介導的DNA DSB的缺陷修復。

已經設計了特別地靶向具有這樣的DDR缺陷的腫瘤細胞的抗癌治療，例如基于PARP抑制劑(PARP inhibitor，PARPi)的那些。PARP蛋白通過檢測SSB并與SSB結合以啟動DNA修復而響應于DNA SSB來激活。然后，激活的PARP募集其他DNA修復蛋白以促進DNA修復。PARP抑制導致DNA中持久性SSB的提高，所述SSB轉換為DSB。HRR缺陷細胞例如缺乏BRCA1/2的細胞不能夠修復由PARP抑制引起的累積DSB，導致崩解的復制叉、染色體不穩定性和細胞死亡。因此，將BRCA1/2突變細胞鑒定為對PARP抑制劑尤其敏感。然而，并非所有患有以BRCA1/2突變為特征的癌癥的患者均響應于PARPi治療并且因此被認為是PARPi抗性的。已經研究了以所述抗性為基礎的機制以改善所述患者的治療并且用于在施用治療之前預測腫瘤響應。

例如，已顯示BRCA1/2回復突變或所謂的二級突變引起HRR功能的恢復和對PARP抑制的抗性。類似地，53BP1的缺失驅動BRCA1缺陷腫瘤中對PARPi的抗性。已提出鑒定具有缺陷HRR的腫瘤的方法。所述方法有(consists on)對化學治療后腫瘤活檢物或離體經輻射腫瘤樣品中RAD51核焦點的形成進行分析。

然而，在本領域中需要允許區分HRR正常腫瘤和HRR缺陷腫瘤以將患者分類為對抗癌治療(例如基于PARPi的治療)具有和不具有抗性的作為替代的和更簡單的方法。

發明概述

在第一方面中，本發明涉及用于預測被診斷為患有癌癥之對象對抗癌治療之響應的方法，其包括：