[發明專利]分析乙型肝炎病毒突變的方法及其用途

在審

• 申請號: 201880079424.8
• 申請日: 2018-12-21
• 公開（公告）號: CN111465703A
• 公開（公告）日: 2020-07-28
• 發明（設計）人: W·G·H·阿爾伯特
• 申請（專利權）人: 新西蘭健康創新中心管理有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12Q1/6883;C12Q1/6886
• 代理公司: 北京世峰知識產權代理有限公司 11713
• 代理人: 康健;王思琪

1.一種方法，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的S ORF的HBV的受試者中確定HBV的肝臟炎癥狀態，或確定HBV的遺傳狀態，或鑒定對慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥的易感性或檢測其發生風險，所述方法包括

a)基于與所述受試者感染的所述HBV的所述S ORF的亞基因型相對應的S ORF參考序列，獲得存在于從所述受試者獲得的樣本中的所述HBV的所述S ORF區域的至少一部分的序列信息，以確定在所述S ORF區域中的兩個或多個密碼子中的每一個處的非同義突變的所述頻率；和

b)根據兩個或多個密碼子的非同義突變的所述頻率確定S ORF區域的非同義突變的所述頻率，以確定所述受試者的所述肝臟炎癥狀態或所述HBV的所述遺傳狀態，或根據S ORF區域的非同義突變的所述頻率確定所述受試者是否易患慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥，或是否有更高的風險發生慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥。

2.一種系統，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的S ORF的HBV的受試者中確定HBV的所述肝臟炎癥狀態，或確定HBV的所述遺傳狀態，或鑒定對慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥的易感性或檢測其發生風險，所述系統包括

a)測量工具，其分析關于存在于從所述受試者獲得的樣本中的HBV的所述S ORF區域的至少一部分的序列信息，以確定所述S ORF區域中的兩個或多個密碼子中的每一個處的非同義突變的所述頻率，

b)處理器，

c)計算機可讀介質，和

d)分析工具，其存儲在所述計算機可讀介質上，適配成在所述處理器上執行根據所述兩個或多個密碼子的非同義突變的所述頻率確定所述HBV的所述S ORF區域的非同義突變的所述頻率，以確定所述受試者的所述肝臟炎癥狀態或HBV的所述遺傳狀態，或根據所述SORF區域的非同義突變的所述頻率確定所述受試者是否易患慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥，或是否有更高的風險發生慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥；

步驟(a)的分析或步驟(d)的確定基于與受試者感染的HBV的S ORF的亞基因型相對應的S ORF參考序列。

3.一種方法，其在感染了包括HBV基因型A、B或C的S ORF的HBV的受試者中確定HBV的所述肝臟炎癥狀態，或確定HBV的所述遺傳狀態，或鑒定對慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥的易感性或檢測其發生風險，所述方法包括

通過包括以下的方法確定所述HBV的S ORF區域中的非同義突變的所述頻率

a)提供關于存在于從所述受試者獲得的樣本中的所述HBV的所述S ORF區域的至少一部分的序列信息，

b)選擇與所述受試者感染的所述HBV的所述S ORF的亞基因型相對應的S ORF參考序列，

c)將所述序列信息與所述S ORF參考序列進行比較以確定所述S ORF區域中的兩個或多個密碼子中的每一個處的非同義突變的所述頻率，和

d)根據所述兩個或多個密碼子的非同義突變的所述頻率確定所述S ORF區域的非同義突變的所述頻率，以確定所述受試者的所述肝臟炎癥狀態或所述HBV的所述遺傳狀態，或根據所述S ORF區域的非同義突變的所述頻率確定所述受試者是否易患慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥，或是否有更高的風險發生慢性HBV感染的肝臟炎癥或肝臟并發癥。