[發明專利]用于生物樣本評定處理的應用程序開發環境

在審

• 申請號: 201880078133.7
• 申請日: 2018-10-04
• 公開（公告）號: CN111512316A
• 公開（公告）日: 2020-08-07
• 發明（設計）人: M·A·布拉施;C·M·高斯內爾;T·M·威爾斯;R·R·馬塞爾波爾;B·紐溫胡伊斯;T·M·范德爾卡普;M·博伊斯
• 申請（專利權）人: 貝克頓·迪金森公司
• 主分類號: G06K9/00
• 分類號: G06K9/00
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 王永偉

一種用于開發用于經處理生物樣本的自動化評定和分析的應用程序(App)的系統和方法。獲得此類樣本，將其與營養培養基相結合并進行孵育。對經孵育樣本進行成像且根據預定準則對圖像信息進行分類。接著根據從數據庫中的經分類歷史圖像信息得出的應用程序評估經分類圖像信息。將經分類歷史圖像信息與經分類圖像信息進行比較以經由為處理而定制的應用程序提供關于生物樣本的進一步處理的指導，根據分配給圖像信息的分類提供所定制的樣本處理指導。

相關申請的交叉引用

本申請要求2017年10月5日提交的美國臨時專利申請第62/568,579號的申請日的權益，所述美國臨時專利申請的公開內容特此以引用的方式并入本文中。

背景技術

培養板的數字成像越來越受關注，例如用于微生物生長檢測、菌落計數和/或識別。用于對板進行成像以用于檢測微生物的系統和技術描述于PCT公開案第WO2015/114121號、第WO 2016/172527號和第WO 2016/172532號中，所述PCT公開案的全文以引用的方式并入本文中。使用此類技術(在本文中也被稱為Kiestra系統)，不再需要實驗室工作人員通過直接目視檢查讀取板。轉變實驗室工作流程和決策以分析培養板的數字圖像也可改進效率。

盡管關于成像技術已經取得了重大發展，但仍然試圖擴展此類成像技術以支持自動化工作流程和/或自動化診斷過程。在這點上，需要開發可使培養板圖像的解譯(例如，生長識別、物種識別、敏感性測試、抗生素敏感性分析等)自動化并確定基于自動化解譯執行隨后步驟的技術。然而，在標本類型和有機體分類群的多樣性的情況下，用于診斷指示的自動化圖像處理邏輯(例如，軟件)的開發可能很耗時。

發明內容

本文中公開了一種用于評估生物標本是否存在病原體、那些病原體的身份和進行其它相關分析和評估的系統。系統的目標為分析的速度、分析的準確性和過程自動化。此類系統通常獲得安置于營養培養基上且經孵育以辨別微生物生長證據的標本的數字圖像，此生長提供生物樣本中存在病原體的指示。此類系統在本文中描述為Kiestra系統且包含例如相機和照明系統等用以獲得經孵育標本的一個或更多個圖像的設備、用于標本容器(例如含有經接種涂鋪培養基的皮氏培養皿)的條形碼讀取器等。

此類系統與一個或更多個以客戶為中心的成像應用程序(成像相關App或App)通信并受所述成像應用程序控制。此類成像應用程序可為軟件，其利用從一系列歷史標本圖像得出的數據來分析新標本圖像，以便自動化識別和/或診斷疾病狀態。所述應用程序可為快速標本表征和結果報告提供臨床工具。所述應用程序將臨床標本(來自臨床站點)鏈接到有關標本的非患者識別事實(例如，非患者識別標本來源信息，如人口統計)、處理條件(例如，孵育時間和溫度)、處理材料或環境(例如，營養培養基)和/或標本的非患者識別測試結果(無病原體生長、病原體生長或病原體的其它陽性識別、經識別的病原體的列舉)。所述事實和條件在本文中統稱為分析信息。以此方式分類此分析信息確保僅將最相關的歷史處理信息用于開發應用程序。因此，每個開發出的應用程序都是出于狹義的目標而創建且僅在標本分類器對應于應用程序分類器時使用。如果數據并未鏈接到將識別患者的信息(即，患者去標識)，則為有利的。在一個實施方式中，系統自動地將標本信息和響應于某些條件的信息去標識。去標識包含提供鏈接到非患者識別分類信息的元數據(例如，獲取標本的地理區域、標本類型等)，實際上，允許數據用于無法使患者信息保持保密的系統和方法。所述系統可包含提供圖像的時間序列處理、經分類/訓練和測試的診斷/評估算法和/或專家系統的應用程序。所述應用程序可包含一模塊，其中所述模塊可理解為出于特定目標使用例如圖像元數據(元數據充當本文中所描述的分類)和規則的一個或更多個過程或算法。在一些情況下，多個模塊可實施為一個包。在一些實施方式中，數據可存儲于可用于開發應用程序、訓練應用程序、認證應用程序、測試應用程序等的數據庫中。

所述系統可提供可結合最佳實踐、解決相關標本類型和自動化選取的圖像分析過程。

為了顯著縮短有價值的成像應用程序的上市時間，可采用多重或模塊化系統。此多重系統可包含例如以下模塊：