[發明專利]表征與微生物相關聯的女性生殖系統有關狀況的方法和系統

在審

• 申請號: 201880070585.0
• 申請日: 2018-08-28
• 公開（公告）號: CN111278995A
• 公開（公告）日: 2020-06-12
• 發明（設計）人: 扎迦利·阿普特;伊麗莎白·比克;薩拉·W·伯德;路易斯·里昂;帕梅拉·A·涅托;維克多·阿里格利亞-梅拉;克瑞斯頓·布拉沃;胡安·P·卡德納斯;保羅·科瓦魯比阿斯;薩拉·L·古普塔;基拉·哈曼;胡安·吉梅內斯;費利佩·梅利斯-阿科斯;卡米拉·F·納瓦斯;哈羅德·努尼茲;愛德華多·奧利瓦雷斯;尼古拉斯·奧爾登-愛妮珊絲;弗朗西斯科·J·歐薩頓;伊格納西奧·瓦拉斯;帕特里夏·維拉-沃夫;唐娜·瑪麗·B·漢高;勞倫斯·克拉爾;納撒尼爾·A·沃爾頓;阿曼達·莫頓;胡安·P·布斯塔曼特;夸西·阿達;格雷厄姆·蓋斯
• 申請（專利權）人: 普梭梅根公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/70;C12Q1/6883;C12Q1/6886;G16B30/00
• 代理公司: 北京中博世達專利商標代理有限公司 11274
• 代理人: 申健

1.一種用于表征與微生物相關聯的至少一種女性生殖系統有關狀況的方法，所述方法包括：

基于來自與受試者集合相關聯的樣品的微生物核酸，確定與所述受試者集合相關聯的微生物序列數據集，其中所述樣品包括與所述至少一種女性生殖系統有關狀況相關聯的至少一種樣品；

針對所述受試者集合收集與所述至少一種女性生殖系統有關狀況相關聯的補充數據；

基于所述微生物序列數據集確定微生物組組成特征集合；

基于所述補充數據和所述微生物組組成特征集合，生成女性生殖系統有關表征模型，其中所述女性生殖系統有關表征模型與所述至少一種女性生殖系統有關狀況相關聯；

基于所述女性生殖系統有關表征模型，針對所述至少一種女性生殖系統有關狀況為用戶確定女性生殖系統有關表征；和

基于所述女性生殖系統有關表征，向所述用戶提供療法，以促進所述至少一種女性生殖系統有關狀況的改進。

2.根據權利要求1所述的方法，

其中，所述至少一種女性生殖系統有關狀況包括HPV感染；以及細菌性陰道病、宮頸炎、盆腔炎性疾病、特發性不孕癥、有氧性陰道炎和不孕癥中的至少一種，

其中所述微生物組組成特征集合包括與細菌靶標集合相關聯的微生物組組成特征的第一子集、和與HPV靶標集合相關聯的微生物組特征的第二子集，

其中所述細菌靶標集合包括以下至少一種：氣球菌屬(屬)、克里斯滕森氣球菌(種)、阿托波菌屬(屬)、陰道阿托波菌(種)、沙眼衣原體(種)、微需氧戴阿利斯特菌(種)、梭桿菌屬(屬)、具核梭桿菌(種)、加德納菌屬(屬)、陰道加德納菌(種)、孿生球菌屬(屬)、乳桿菌屬(屬)、惰性乳桿菌(種)、詹森氏乳桿菌(種)、巨球菌屬(屬)、動彎桿菌屬(屬)、克氏動彎桿菌(種)、羞怯動彎桿菌(種)、生殖支原體(種)、淋病奈瑟菌(種)、乳頭狀桿菌屬(屬)、微單胞菌屬(屬)、嗜胨菌屬(屬)、消化鏈球菌屬(屬)、卟啉單胞菌屬(屬)、普雷沃菌屬(屬)、阿門氏普雷沃菌(種)、蒂莫寧普雷沃菌(種)、斯尼西亞菌屬(屬)、金黃色葡萄球菌(種)、無乳鏈球菌(種)和蒼白密螺旋體(種)，并且

其中，所述HPV靶標集合包括以下至少一種：HPV類型6、11、42、43、44、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和68。

3.根據權利要求1所述的方法，

其中所述補充數據針對來自所述受試者集合的受試者子集、指示缺少所述至少一種女性生殖系統有關狀況，

其中確定所述微生物組特征集合包括基于所述微生物序列數據集，確定與所述受試者子集相關聯的健康參考微生物組參數范圍，并且

其中生成所述女性生殖系統有關表征模型包括，基于所述補充數據和所述健康參考微生物組參數范圍，來生成所述女性生殖系統有關表征模型。