[發明專利]用于對生物分子進行測序的方法

在審

• 申請號: 201880059968.8
• 申請日: 2018-08-13
• 公開（公告）號: CN111094591A
• 公開（公告）日: 2020-05-01
• 發明（設計）人: 張貽謙;N·迪米特羅娃;B·S·桑塔納姆
• 申請（專利權）人: 皇家飛利浦有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B20/00;G16B30/10;G16B40/00
• 代理公司: 永新專利商標代理有限公司 72002
• 代理人: 劉兆君

1.一種用于對生物分子進行測序以進行測試樣本與正常樣本的差異分析的方法，所述方法包括：

提供試驗測試樣本和試驗正常樣本中的每個的映射的序列文件，其中，每個序列文件具有試驗讀取數量；

由處理器根據所述試驗測試樣本和所述試驗正常樣本的所述序列文件來計算第一測試-正常基因組比較試驗視圖，其中，所述第一試驗視圖基于至少一個基因組參數將試驗測試樣本數據與試驗正常樣本數據區分開；

由所述處理器針對每個序列文件計算具有減少的試驗讀取數量的下采樣的序列文件；

由所述處理器根據所述試驗測試樣本和所述試驗正常樣本的所述下采樣的序列文件來計算第二測試-正常基因組比較試驗視圖，其中，所述第二試驗視圖基于所述至少一個基因組參數將所述試驗測試樣本數據與所述試驗正常樣本數據區分開；

重復所述下采樣的步驟以確定用于計算測試-正常基因組比較視圖所需的最少試驗讀取數量，所述測試-正常基因組比較視圖基于所述至少一個基因組參數將所述試驗測試樣本數據與所述試驗正常樣本數據區分開；

使用等于所述最少試驗讀取數量的讀取數量對所述測試樣本和所述正常樣本的生物分子進行測序；并且

由所述處理器基于所述至少一個基因組參數來計算用于顯示所述差異分析的測試-正常基因組比較視圖。

2.根據權利要求1所述的方法，其中，所述映射的序列文件是BAM文件或SAM文件。

3.根據權利要求1所述的方法，其中，所述生物分子是多核苷酸或多肽。

4.根據權利要求1所述的方法，其中，所述生物分子是DNA、RNA或蛋白質。

5.根據權利要求1所述的方法，其中，所述差異分析將疾病測試樣本與正常樣本區分開。

6.根據權利要求1所述的方法，其中，所述差異分析將腫瘤測試樣本與正常樣本區分開。

7.根據權利要求1所述的方法，其中，所述試驗讀取數量被減少到500萬。

8.根據權利要求1所述的方法，其中，所述試驗讀取數量被減少到100萬。

9.根據權利要求1所述的方法，其中，等于所述最少試驗讀取數量的讀取數量為500萬。

10.根據權利要求1所述的方法，其中，等于所述最少試驗讀取數量的讀取數量為100萬。

11.根據權利要求1所述的方法，其中，映射的BAM文件由下一代測序來供應。

12.根據權利要求1所述的方法，其中，對所述生物分子的所述測序是通過對樣本進行多路復用來執行的。

13.根據權利要求1所述的方法，其中，所述測試-正常基因組比較視圖顯示相對基因表達水平。

14.根據權利要求1所述的方法，其中，等于所述最少試驗讀取數量的讀取數量足以將測試樣本的表達水平與正常樣本的表達水平區分開。

15.根據權利要求1所述的方法，其中，等于所述最少試驗讀取數量的讀取數量足以針對寬動態范圍內的所有基因確定測試樣本的表達水平與正常樣本的表達水平，而沒有靈敏度的損失。

16.根據權利要求1所述的方法，其中，所述測試-正常基因組比較視圖顯示轉錄組聚類。

17.根據權利要求1所述的方法，其中，所述測試-正常基因組比較視圖顯示通過斯皮爾曼相關系數、皮爾遜相關系數或肯德爾相關系數區分開的轉錄組聚類。

18.根據權利要求1所述的方法，其中，所述測試樣本是疾病細胞或疾病組織樣本。