[發(fā)明專利]用于基于核酸實(shí)時(shí)確定疾病狀態(tài)的方法和裝置在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201880047711.0 | 申請日： | 2018-07-18 |
| 公開（公告）號： | CN110914451A | 公開（公告）日： | 2020-03-24 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 菲利普·史蒂文斯 | 申請（專利權(quán)）人： | 知識股份有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6869 | 分類號： | C12Q1/6869;C12Q1/04 |
| 代理公司： | 北京集佳知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11227 | 代理人： | 鄭斌;尹玉峰 |
| 地址： | 德國杜*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 基于 核酸 實(shí)時(shí) 確定 疾病 狀態(tài) 方法 裝置 | ||
1.用于在對象中確定微生物的存在的方法，其包括：
(a)對從所述對象獲得的生物樣品中存在的核酸進(jìn)行測序以獲得多個(gè)核酸序列讀取；
(b)將步驟(a)中獲得的序列讀取與一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較以確定所比較的序列讀取是否映射至所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫中包含的物種，所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫包含來自同一物種的對照對象的遺傳信息和來自多種微生物的遺傳信息；以及
(c)隨時(shí)間推移確定映射至特定微生物的所比較的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的所比較的序列讀取的數(shù)目。
2.用于在對象中確定微生物的存在的方法，其包括：
(a)將序列讀取與一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較以確定所比較的序列讀取是否映射至所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫中包含的物種，所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫包含來自同一物種的對照對象的遺傳信息和來自多種微生物的遺傳信息，其中所述序列讀取是通過對從所述對象獲得的生物樣品中存在的核酸進(jìn)行測序而獲得的；以及
(b)隨時(shí)間推移確定映射至特定微生物的所比較的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的所比較的序列讀取的數(shù)目。
3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述方法還包括基于映射至所述特定微生物的所比較的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的所比較的序列讀取的數(shù)目，計(jì)算在所述對象中發(fā)現(xiàn)映射至所述特定微生物的所比較的序列讀取的概率的顯著性評分。
4.用于在對象中確定微生物的存在的方法，其包括以下步驟：
基于映射至特定微生物的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的序列讀取的數(shù)目，隨時(shí)間推移計(jì)算在所述對象中發(fā)現(xiàn)映射至所述特定微生物的序列讀取的概率的顯著性評分，
其中所述映射至所述特定微生物的序列讀取和所述映射至物種的序列讀取是通過以下獲得的：將序列讀取與一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較以確定所比較的序列讀取是否映射至所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫中包含的物種，所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫包含來自同一物種的對照對象的遺傳信息和來自多種微生物的遺傳信息，并且其中所述序列讀取是通過對從所述對象獲得的生物樣品中存在的核酸進(jìn)行測序而產(chǎn)生的。
5.用于在對象中確定微生物的存在的方法，其包括：
(a)隨時(shí)間推移確定映射至特定微生物的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的序列讀取的數(shù)目的步驟，其中所述序列讀取是通過以下獲得的：將序列讀取與一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較以確定序列讀取是否映射至所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫中包含的物種，所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫包含來自同一物種的對照對象的遺傳信息和來自多種微生物的遺傳信息，并且其中所述序列讀取是通過對從所述對象獲得的生物樣品中存在的核酸進(jìn)行測序而產(chǎn)生的；以及
(b)基于映射至所述特定微生物的序列讀取的數(shù)目和映射至物種的序列讀取的數(shù)目，計(jì)算在所述對象中發(fā)現(xiàn)映射至所述特定微生物的序列讀取的概率的顯著性評分。
6.根據(jù)權(quán)利要求3至5中任一項(xiàng)所述的方法，其中當(dāng)針對所述特定微生物的所述顯著性評分達(dá)到或超過閾值時(shí)，確定所述特定微生物存在于所述對象中。
7.根據(jù)權(quán)利要求3至5中任一項(xiàng)所述的方法，其中當(dāng)針對所述特定微生物的所述顯著性評分達(dá)到或超過閾值時(shí)，確定所述特定微生物與在所述對象中引起疾病相關(guān)。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中當(dāng)針對所述特定微生物的顯著性評分在少數(shù)序列讀取就超過閾值時(shí)，由于所述微生物的存在而引起的疾病被認(rèn)為是嚴(yán)重的。
9.用于在對象中確定疾病狀態(tài)的存在的方法，其包括：
(a)對從所述對象獲得的生物樣品中存在的核酸進(jìn)行測序以獲得多個(gè)核酸序列讀取；
(b)將步驟(a)中獲得的序列讀取與一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較以確定所比較的序列讀取是否映射至對照對象，所述一個(gè)或更多個(gè)數(shù)據(jù)庫包含來自同一物種的所述對照對象的遺傳信息；以及
(c)隨時(shí)間推移確定映射至和未映射至所述對照對象的所比較的序列讀取的數(shù)目。
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