[發(fā)明專利]腫瘤中HLA等位基因的分析及其用途

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201880047010.7
• 申請日: 2018-07-13
• 公開（公告）號: CN110913896A
• 公開（公告）日: 2020-03-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: C.斯萬頓;N.麥克格拉納漢;R.羅森塔爾
• 申請（專利權(quán)）人: 弗朗西斯.克里克研究所;倫敦大學(xué);癌癥研究技術(shù)有限公司
• 主分類號: A61K39/00
• 分類號: A61K39/00;C12Q1/6869;C12Q1/6886;G01N33/50;C12Q1/6881
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務(wù)所 11105
• 代理人: 張曉飛

1.用于測定HLA等位基因是否在受試者的腫瘤中喪失的方法，其中所述方法包括測定所述腫瘤中所述HLA等位基因的特異性拷貝數(shù)的步驟。

2.根據(jù)權(quán)利要求1的方法，其中所述方法是基于序列的方法。

3.權(quán)利要求1或權(quán)利要求2的方法，其中對來自受試者的腫瘤樣品的序列信息進(jìn)行所述方法。

4.權(quán)利要求3的方法，其中對來自受試者的腫瘤樣品的HLA序列信息進(jìn)行所述方法。

5.根據(jù)權(quán)利要求1的方法，其中所述方法包括以下步驟中的一個(gè)或多個(gè)：

(i)將來自受試者的腫瘤樣品的HLA等位基因序列信息與基于所述受試者的HLA類型的HLA等位基因參考序列進(jìn)行比對；

(ii)測定同源HLA等位基因中的錯(cuò)配位置，并測定每個(gè)HLA等位基因的錯(cuò)配覆蓋；

(iii)基于步驟(ii)中測定的錯(cuò)配和覆蓋測定每個(gè)HLA等位基因的比率和等位基因頻率；

(iv)基于步驟(iii)中測定的比率和等位基因頻率測定所述腫瘤樣品中每個(gè)HLA等位基因的拷貝數(shù)。

6.根據(jù)權(quán)利要求5的方法，其中所述方法包括步驟(i)至(iv)的全部。

7.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)的方法，其中通過使用由下一代測序(NGS)獲得的信息來進(jìn)行步驟(i)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至8中任一項(xiàng)的方法，其中使用Smith-Waterman算法或Biostrings R包來進(jìn)行步驟(ii)。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一項(xiàng)的方法，其中使用SAMtools進(jìn)行步驟(iii)。

10.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)的方法，其中使用ASCAT或FACET進(jìn)行步驟(iv)。

11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)的方法，其中所述HLA序列信息是RNA序列信息或DNA序列信息。

12.治療或預(yù)防受試者中的癌癥的方法，其包括靶向新抗原(neoantigen)，所述新抗原預(yù)測由HLA等位基因編碼的HLA分子呈遞，所述HLA等位基因已經(jīng)測定為在腫瘤中尚未喪失，其中測定所述HLA等位基因是否已經(jīng)喪失包括測定所述腫瘤中所述HLA等位基因的特異性拷貝數(shù)的步驟。

13.根據(jù)權(quán)利要求12的方法，其中通過基于序列的方法來進(jìn)行測定所述HLA等位基因是否已經(jīng)喪失。

14.根據(jù)權(quán)利要求13的方法，其中對來自受試者的腫瘤樣品的HLA序列信息進(jìn)行所述方法。

15.根據(jù)權(quán)利要求12至14中任一項(xiàng)的方法，其中所述新抗原是克隆新抗原。

16.根據(jù)權(quán)利要求12至15中任一項(xiàng)的方法，其包括對所述受試者施用：

(i)新抗原，所述新抗原預(yù)測由HLA等位基因編碼的HLA分子呈遞，所述HLA等位基因已經(jīng)測定為在腫瘤中尚未喪失；

(ii)識別新抗原的免疫細(xì)胞，所述新抗原預(yù)測由HLA等位基因編碼的HLA分子呈遞，所述HLA等位基因已經(jīng)測定為在腫瘤中尚未喪失；或

(iii)識別新抗原的抗體，所述新抗原預(yù)測由HLA等位基因編碼的HLA分子呈遞，所述HLA等位基因已經(jīng)測定為在腫瘤中尚未喪失。

17.根據(jù)權(quán)利要求16的方法，其中所述免疫細(xì)胞是T細(xì)胞、B細(xì)胞或樹突細(xì)胞。

18.根據(jù)權(quán)利要求17的方法，其中所述免疫細(xì)胞是T細(xì)胞。