[發明專利]鼠傷寒沙門氏菌的分子分型方法和特異SNP位點組合

有效

• 申請號: 201811636884.4
• 申請日: 2018-12-29
• 公開（公告）號: CN109486975B
• 公開（公告）日: 2022-02-25
• 發明（設計）人: 李綺雯;林德春;李力強
• 申請（專利權）人: 深圳華大生命科學研究院
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/10;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;白艷

本發明公開了鼠傷寒沙門氏菌的分子分型方法和特異SNP位點組合。本發明提供了檢測待測鼠傷寒沙門氏菌的基因組中16個SNP位點核苷酸的物質在制備檢測或輔助檢測鼠傷寒沙門氏菌分子分型情況產品中的應用；或，檢測待測鼠傷寒沙門氏菌的基因組中16個SNP位點核苷酸的物質在對待測鼠傷寒沙門氏菌進行分子分型中的應用；本發明的實驗證明，本發明針對臨床常見的血清型鼠傷寒沙門氏菌，研發樣本量超過6000株，進行分子分型，得到用于分子分型的SNP位點集合，用該集合可以設計相應探針，在實驗上對鼠傷寒沙門氏菌進行快速分型，時間短，耗材低；另外，鼠傷寒沙門genotyping難度大于傷寒沙門氏菌，因此，研發出一套針對鼠傷寒沙門的分子分型技術極具價值。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，尤其涉及一種鼠傷寒沙門氏菌的分子分型方法和特異SNP位點組合。

背景技術

目前，病原菌分子分型技術有PFGE、變性凝膠電泳、質粒DNA圖譜分型技術、核糖體分型、擴增片段長度多態、Rep-PCR和DNA測序技術分型等，其中，基于測序技術的分型方法中，發展較快的有單一位點測序分型(SLST)和多位點測序分型(MLST)，最早用于腦膜炎奈瑟球菌的毒株分型，現已廣泛應用于金黃色葡萄球菌、腸球菌和肺炎鏈球菌等病原菌的分型。理論上使用全基因組測序技術進行分子分型的分辨率大大高于PFGE、Rep-PCR等技術的分辨率，但目前基于測序位點的分型方法比使用全基因組PFGE的分型技術比分辨率較低，需要找出基于全基因組SNP位點(wgSNP)進行快速、準確的分型，使分辨率大大提高。

wgSNP是在全基因組序列的水平上選擇一定數目的SNP，比較不同細菌基因組中SNP的信息，從而達到將同一個種內的不同菌株進行分型的目的。wgSNP基于基因組重測序的方法進行，可以根據參考序列進行比對搜索SNP，也可以不根據參考序列只在樣本之間進行兩兩或者多重比對搜索SNP，根據不同個體間的所有SNP或者經過一定條件篩選后的SNP(剔除疑似的重組)進行比對，從而實現分型。wgSNP已被用于多起傳染病暴發事件中分離菌株的分型和分子流行病學分析。

目前wgSNP運用于傷寒沙門氏菌分析，具體為將覆蓋六十多個國家的約兩千株菌株，基于系統發育和群體結構對傷寒沙門氏菌進行分組(16個clades和49個subclades)，各組隨機篩選1個特異SNP，達到68個精簡SNP區分65個分組，從而對傷寒沙門氏菌進行分型(圖1)。現有技術僅針對傷寒沙門氏菌，且使用菌株不到2000株，構建位點集所使用的數據量少，數據來源不齊全，沙門氏菌有2500個血清型，不同血清型的致病類型和機制，傳播分布均有很大差異，僅針對一個血清型---傷寒沙門氏菌，使用菌株不到2000株，且缺少中國的菌株數據；后續使用旅行后攜帶沙門氏菌的人群分離菌株進行驗證，且驗證通過率僅在71％(95％置信值)，敏度和特異度低；而且僅用組特異SNP進行識別各分組，無法解決由于變異引起的SNP不匹配導致無法分型。

發明內容

為了對鼠傷寒沙門氏菌進行分子分型，本發明篩選到了16個SNP位點作為檢測位點，用這16個SNP位點對鼠傷寒沙門氏菌分成15個分子分型型別。具體如下：

本發明一個目的是提供檢測待測鼠傷寒沙門氏菌的基因組中16個SNP位點核苷酸的物質的用途。

本發明提供了檢測待測鼠傷寒沙門氏菌的基因組中16個SNP位點核苷酸的物質在制備檢測或輔助檢測鼠傷寒沙門氏菌分子分型情況產品中的應用；

或，檢測待測鼠傷寒沙門氏菌的基因組中16個SNP位點核苷酸的物質在對待測鼠傷寒沙門氏菌進行分子分型中的應用；

所述16個SNP位點為如下：

76338位點，該位點為鼠傷寒沙門氏菌NC_016810.1染色體76338物理位置的SNP位點；該位點的多態形式為G/A；

114468位點，該位點為鼠傷寒沙門氏菌NC_016810.1染色體114468物理位置的SNP位點；該位點的多態形式為T/C；