[發(fā)明專利]測序深度的矯正方法及裝置在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201811614856.2 | 申請日： | 2018-12-27 |
| 公開（公告）號： | CN109616154A | 公開（公告）日： | 2019-04-12 |
| 發(fā)明（設計）人： | 張靜波;柴景超;伍啟熹;王建偉;劉倩;劉珂弟;唐宇 | 申請（專利權）人： | 北京優(yōu)迅醫(yī)學檢驗實驗室有限公司 |
| 主分類號： | G16B20/30 | 分類號： | G16B20/30 |
| 代理公司： | 北京康信知識產(chǎn)權代理有限責任公司 11240 | 代理人： | 江舟;王曉婷 |
| 地址： | 100195 北京市海*** | 國省代碼： | 北京;11 |
| 權利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 測序 位點 基因組 矯正 權重 相乘 處理模塊 劃分模塊 獲取模塊 深度確定 正整數(shù) | ||
1.一種測序深度的矯正裝置，其特征在于，包括：
獲取模塊，用于獲取基因組上每個位點的GC含量，以及所述基因組的所有位點的測序深度；
劃分模塊，用于根據(jù)每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規(guī)則分成N個不同區(qū)間，其中，N為正整數(shù)；
確定模塊，用于根據(jù)每個區(qū)間內(nèi)位點的區(qū)間平均深度和N個區(qū)間的平均深度確定所述每個區(qū)間內(nèi)不同測序深度的權重；
處理模塊，用于針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度。
2.根據(jù)權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述劃分模塊，用于將GC含量落在第一范圍內(nèi)的位點化分在N個不同區(qū)間的兩端區(qū)間內(nèi)；以及將GC含量落在第二范圍內(nèi)的位點化分在中間區(qū)間內(nèi)，其中，中間區(qū)間為所述N個不同區(qū)間中，除所述兩端區(qū)間的其他區(qū)間，所述第一范圍內(nèi)的位點數(shù)目小于所述第二范圍內(nèi)的位點數(shù)目。
3.根據(jù)權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于根據(jù)以下公式確定所述每個區(qū)間內(nèi)不同測序深度的權重：
W＝λall/λi，其中，λi為第i個區(qū)間的區(qū)間平均深度，W為所述權重，λall為所述N個區(qū)間的平均深度，i為正整數(shù)。
4.根據(jù)權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于通過以下方式確定所述區(qū)間平均深度：將區(qū)間內(nèi)所有位點的總深度除以該區(qū)間內(nèi)位點的個數(shù)，得到所述區(qū)間平均深度。
5.根據(jù)權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于通過以下方式確定所述N個區(qū)間的平均深度：將所述基因組內(nèi)所有位點的總深度除以所述基因組內(nèi)位點的個數(shù)，得到所述N個區(qū)間的平均深度。
6.根據(jù)權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述裝置還包括：
矯正模塊，用于根據(jù)矯正后的每個位點的測序深度和所述每個位點的GC含量矯正所述每個位點的GC偏好。
7.一種測序深度的矯正方法，其特征在于，包括：
獲取基因組上每個位點的GC含量，以及所述基因組的所有位點的測序深度；
根據(jù)每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規(guī)則分成N個不同區(qū)間，其中，N為正整數(shù)；
根據(jù)每個區(qū)間內(nèi)位點的區(qū)間平均深度和N個區(qū)間的平均深度確定所述每個區(qū)間內(nèi)不同測序深度的權重；
針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度。
8.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，根據(jù)每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規(guī)則分成N個不同區(qū)間，包括：
將GC含量落在第一范圍內(nèi)的位點化分在N個不同區(qū)間的兩端區(qū)間內(nèi)；
將GC含量落在第二范圍內(nèi)的位點化分在中間區(qū)間內(nèi)，其中，中間區(qū)間為所述N個不同區(qū)間中，除所述兩端區(qū)間的其他區(qū)間，所述第一范圍內(nèi)的位點數(shù)目小于所述第二范圍內(nèi)的位點數(shù)目。
9.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，根據(jù)每個區(qū)間內(nèi)位點的區(qū)間深度和N個區(qū)間的平均深度確定所述每個區(qū)間內(nèi)不同測序深度的權重，包括：
根據(jù)以下公式確定所述每個區(qū)間內(nèi)不同測序深度的權重：
W＝λall/λi，其中，λi為第i個區(qū)間的區(qū)間平均深度，W為所述權重，λall為所述N個區(qū)間的平均深度，i為正整數(shù)。
10.根據(jù)權利要求7所述的方法，其特征在于，針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度之后，所述方法還包括：
根據(jù)矯正后的每個位點的測序深度和所述每個位點的GC含量矯正所述每個位點的GC偏好。
該專利技術資料僅供研究查看技術是否侵權等信息，商用須獲得專利權人授權。該專利全部權利屬于北京優(yōu)迅醫(yī)學檢驗實驗室有限公司，未經(jīng)北京優(yōu)迅醫(yī)學檢驗實驗室有限公司許可，擅自商用是侵權行為。如果您想購買此專利、獲得商業(yè)授權和技術合作，請聯(lián)系【客服】
本文鏈接：http://www.szxzyx.cn/pat/books/201811614856.2/1.html，轉(zhuǎn)載請聲明來源鉆瓜專利網(wǎng)。
