[發明專利]測序深度的矯正方法及裝置在審
| 申請號： | 201811614856.2 | 申請日： | 2018-12-27 |
| 公開（公告）號： | CN109616154A | 公開（公告）日： | 2019-04-12 |
| 發明（設計）人： | 張靜波;柴景超;伍啟熹;王建偉;劉倩;劉珂弟;唐宇 | 申請（專利權）人： | 北京優迅醫學檢驗實驗室有限公司 |
| 主分類號： | G16B20/30 | 分類號： | G16B20/30 |
| 代理公司： | 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240 | 代理人： | 江舟;王曉婷 |
| 地址： | 100195 北京市海*** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 測序 位點 基因組 矯正 權重 相乘 處理模塊 劃分模塊 獲取模塊 深度確定 正整數 | ||
1.一種測序深度的矯正裝置，其特征在于，包括：
獲取模塊，用于獲取基因組上每個位點的GC含量，以及所述基因組的所有位點的測序深度；
劃分模塊，用于根據每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規則分成N個不同區間，其中，N為正整數；
確定模塊，用于根據每個區間內位點的區間平均深度和N個區間的平均深度確定所述每個區間內不同測序深度的權重；
處理模塊，用于針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度。
2.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述劃分模塊，用于將GC含量落在第一范圍內的位點化分在N個不同區間的兩端區間內；以及將GC含量落在第二范圍內的位點化分在中間區間內，其中，中間區間為所述N個不同區間中，除所述兩端區間的其他區間，所述第一范圍內的位點數目小于所述第二范圍內的位點數目。
3.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于根據以下公式確定所述每個區間內不同測序深度的權重：
W＝λall/λi，其中，λi為第i個區間的區間平均深度，W為所述權重，λall為所述N個區間的平均深度，i為正整數。
4.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于通過以下方式確定所述區間平均深度：將區間內所有位點的總深度除以該區間內位點的個數，得到所述區間平均深度。
5.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述確定模塊，還用于通過以下方式確定所述N個區間的平均深度：將所述基因組內所有位點的總深度除以所述基因組內位點的個數，得到所述N個區間的平均深度。
6.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述裝置還包括：
矯正模塊，用于根據矯正后的每個位點的測序深度和所述每個位點的GC含量矯正所述每個位點的GC偏好。
7.一種測序深度的矯正方法，其特征在于，包括：
獲取基因組上每個位點的GC含量，以及所述基因組的所有位點的測序深度；
根據每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規則分成N個不同區間，其中，N為正整數；
根據每個區間內位點的區間平均深度和N個區間的平均深度確定所述每個區間內不同測序深度的權重；
針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度。
8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，根據每個位點的GC含量將所述所有位點按照指定規則分成N個不同區間，包括：
將GC含量落在第一范圍內的位點化分在N個不同區間的兩端區間內；
將GC含量落在第二范圍內的位點化分在中間區間內，其中，中間區間為所述N個不同區間中，除所述兩端區間的其他區間，所述第一范圍內的位點數目小于所述第二范圍內的位點數目。
9.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，根據每個區間內位點的區間深度和N個區間的平均深度確定所述每個區間內不同測序深度的權重，包括：
根據以下公式確定所述每個區間內不同測序深度的權重：
W＝λall/λi，其中，λi為第i個區間的區間平均深度，W為所述權重，λall為所述N個區間的平均深度，i為正整數。
10.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，針對所述基因組的每個位點，分別將測序深度與每個測序深度對應的權重相乘，得到矯正后的每個位點的測序深度之后，所述方法還包括：
根據矯正后的每個位點的測序深度和所述每個位點的GC含量矯正所述每個位點的GC偏好。
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