[發明專利]一種識別和消除核酸變異檢測中假陽性的方法和裝置

有效

• 申請號: 201811592826.6
• 申請日: 2018-12-20
• 公開（公告）號: CN109658983B
• 公開（公告）日: 2019-11-19
• 發明（設計）人: 周衍慶;汪周陽;方文;張實唯
• 申請（專利權）人: 深圳市海普洛斯生物科技有限公司
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G16B20/50
• 代理公司: 44281 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司
• 代理人: 李小焦<國際申請>=<國際公布>=<進入

1.一種識別和消除核酸變異檢測中假陽性的方法，其特征在于：包括以下步驟，

變異信息讀取步驟，包括讀取變異檢測軟件生成的待測樣品的結果文件，所述結果文件包括變異位置信息、參考基因組上該變異位置的堿基類型、待測樣品中該變異位置的變異堿基類型；

基因片段過濾步驟，包括讀取待測樣品的下機序列比對到人類參考基因上生成的去重后比對文件，篩選獲得每一個變異位點覆蓋的read pair比對結果，然后過濾去除與參考基因組比對錯配超過2個的read pair，過濾去除突變堿基質量值均小于25的read pair，過濾去除在突變位置堿基不一致的read pair；

變異位點判斷步驟，包括判斷變異位點是否位于DNA分子read pair overlap區域，統計變異位點位于DNA分子overlap區域的read pair數、位于非overlap區域的read pair數、位于非overlap區域的single map read數；

變異位點信息統計步驟，包括統計支持變異的拷貝數大于或等于2的分子數、拷貝數小于2的分子數、多比對的read數、突變位于末端的read數、UMI去重后的個數、read平均比對質量值和DNA分子的平均插入片段長度；

變異位點過濾步驟，包括基于所述變異位點判斷步驟和所述變異位點信息統計步驟的特征值對變異位點進行過濾，去除假陽性位點。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述變異位點過濾步驟，具體包括篩選符合以下條件的陽性位點，

1）2個支持突變DNA分子位于read pair overlap，且單端支持與overlap支持的分子數比值小于5；

2）支持突變的read中，多比對read比例小于等于20%，且數目不超過4條；

3）支持突變的read中，末端突變read比例不超過50%；

4）UMI建庫的測序數據，去重后，UMI標簽數量大于等于2；

5）支持突變的read平均比對質量值大于等于30；

6）血漿游離DNA測序樣本中，支持突變的分子插入片段長度均值小于200；

7）過濾去除在人類參考基因組重復區域的Indel，以及該Indel上下游10bp的SNV；

8）支持突變的read數與支持突變的分子數之間比值小于3。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述變異檢測軟件為輸出文件格式為VCF的變異檢測軟件。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于：所述變異檢測軟件為VarScan、Mutect、Lancet或GATK。

5.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述比對文件為BWA比對軟件生成的去重后BAM文件。