[發明專利]一種雙臍螺SNP分子標記及其在溯源中的應用

在審

• 申請號: 201811534873.5
• 申請日: 2018-12-14
• 公開（公告）號: CN109337993A
• 公開（公告）日: 2019-02-15
• 發明（設計）人: 呂志躍;胡玥;鄭羽茜;黃萍;周洪利;馬玉斌;周昱旻
• 申請（專利權）人: 中山大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣州粵高專利商標代理有限公司 44102
• 代理人: 陳衛

本發明公開了一種雙臍螺SNP分子標記及其在溯源中的應用。所述SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，共358bp，其第220位堿基處有一個堿基突變220C→220A，由Fnu4HI限制性內切酶特異識別。在來源于3個不同地點的93個雙臍螺試驗群體中，發現該SNP分子標記在不同地點的樣本等位基因頻率接近，多態性豐富，等位基因頻率分布差異小，且雜合度大于0.3，初步判定該SNP分子標記可用作雙臍螺的DNA溯源。

技術領域

本發明屬于分子檢測技術領域。更具體地，涉及一種雙臍螺SNP分子標記及其在溯源中的應用。

背景技術

雙臍螺隸屬軟體動物門、肺螺亞綱、扁蜷螺科，在已知30余種雙臍螺中，光滑雙臍螺、藁桿雙臍螺、淺灘雙臍螺、浦氏雙臍螺及亞氏雙臍螺等18種均可作為曼氏血吸蟲的中間宿主傳播血吸蟲病，給全球尤其是非洲、南美洲、亞洲等地區造成嚴重的疾病負擔，嚴重阻礙社會和經濟的發展。其中藁桿雙臍螺主要分布于加勒比海的圣盧西和巴西的沿海東北部地區的淡水水域內，對曼氏血吸蟲有較高的易感性，是當地曼氏血吸蟲病傳播的重要媒介。在其同類物種中，藁桿雙臍螺由于干燥忍受能力強、繁殖力高而具有較強的遠距離擴散能力和定殖能力。我國原無雙臍螺孳生，后在香港、深圳、東莞均發現此螺；且調查顯示，深圳市河流水體雙臍螺呈現廣泛高密度分布狀態，其作為外來物種，已在當地形成淡水螺類優勢種群，因此曼氏血吸蟲病具有在當地傳播和流行的風險，已引起中國疾病預防和控制部門的高度重視。為達到控制病媒、監測疫情、減少曼氏血吸蟲病的發生及傳播的目的，待解決的關鍵問題之一是了解雙臍螺入侵我國后的遺傳變異情況及其種群遺傳結構，并尋找其地理特異性分子標記，為科學防控人畜共患寄生蟲病提供理論依據。

近年來，基于DNA多態性的分子標記技術的出現，為溯源研究提供了有效的檢測手段，主要包括AFLP（擴增片段長度多態性）標記、RFLP（限制性內切酶片段長度多態性）、RAPD（隨機擴增多態性DNA）標記、SSR（微衛星）標記和SNP（單核苷酸多態性）標記等。

AFLP標記是第一代分子標記法，多態性豐富、遺傳穩定性強且可靠性高，但其對DNA模板的質量和純度及操作人員的水平要求較高，統計的時候難度也較大，成本相對較高；SSR標記是第二代分子標記法，具有高度多態性、突變率低且所需模板量較少的優點，但是標記的帶型較為復雜，過程繁瑣，不適于自動化分型；而SNP作為第三代分子標記，是指基因組同一位點上單個核苷酸的變異，具有分布廣、密度高、代表性強、遺傳穩定性好等優點，對模板的質量要求不高，一般表現為二等位基因，呈現出非此即彼的特性，易于判型，并且適合高通量自動化檢測分型，是目前用于溯源分子標記最為有效的方法。

然而，用于溯源的SNP分子標記不同于一般的SNP分子標記，它必須至少具有以下特征：（1）變異度高，等位基因頻率接近；（2）種群間等位基因分布頻率差異小；（3）雜合度大于0.3。關于溯源的SNP分子標記，專利CN201710607015.8公開了一種用于肉牛個體及肉品溯源鑒定的SNP標記組合及其應用，專利CN201510785854.X、CN201510785895.9及CN201510783449.4均公開了一種豬6號染色體上用于溯源的SNP分子標記及其應用；專利CN201210529628.1公開了一組地理特異性的間日瘧原蟲分子標記及其在蟲株溯源中的應用；目前還未見有用于雙臍螺溯源的SNP位點的相關報道。

發明內容

本發明要解決的技術問題是克服上述現有技術的缺陷和不足，提供一種雙臍螺SNP分子標記，該SNP分子標記可用于鑒定來自不同地點的雙臍螺。

本發明的第一個目的是提供一種雙臍螺SNP分子標記。

本發明的第二目的是提供所述雙臍螺SNP分子標記在溯源中的應用。

本發明的上述目的是通過以下技術方案給予實現的：

一種雙臍螺SNP分子標記，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，共358bp，在第220位堿基處有一個堿基替換，為220C或220A，在SEQ ID NO.1序列中用n表示該位點。