[發明專利]一種病原體感染損傷機理解析方法及裝置

有效

• 申請號: 201811521645.4
• 申請日: 2018-12-12
• 公開（公告）號: CN109671467B
• 公開（公告）日: 2023-03-24
• 發明（設計）人: 伯曉晨;何松;文昱琦;宋欣雨;劉禎;楊曉曦
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: G16B25/10
• 分類號: G16B25/10
• 代理公司: 北京超凡志成知識產權代理事務所(普通合伙) 11371
• 代理人: 王術蘭

本發明實施例提供的一種病原體感染損傷機理解析方法及裝置，屬于基因數據處理領域。該方法包括：獲取多個基因沉默后的全基因組表達數據；獲取所述全基因組表達數據所對應的基因表達秩序列；獲取多種不同病原體感染后的全基因組表達譜數據；基于所述全基因組表達譜數據構建所述病原體感染的印記基因集；獲取所述基因表達秩序列與所述印記基因集的富集分數；根據所述富集分數確定所述病原體感染的損傷機理，從而融合了海量各類跨平臺的轉錄組大數據，無需從頭培養病原體并感染細胞，做大規模的實驗，進而降低了研發低成本、縮短了檢測周期。并且減少了實驗誤差，使得對病原體感染的損傷機理的分析更加精確。

技術領域

本發明涉及基因數據處理領域，具體而言，涉及一種病原體感染損傷機理解析方法及裝置。

背景技術

目前現有的差異表達基因分析通過分析未知病原體感染造成的基因表達差異，然后針對差異表達倍數變化最大的基因來解析未知病原體感染的損傷機理，然而需要從頭培養病原體并感染細胞，做大規模的實驗，費時費力，并且單個基因的分析可能會遺漏一些重要的通路，或者是不同的研究機構關于相同的生物系統得出的差異表達基因只有很少的重復。

發明內容

本發明實施例提供的一種病原體感染損傷機理解析方法及裝置，可以解決現有技術中存在的解析未知病原體感染的損傷機理時需要費時費力的技術問題。

為了實現上述目的，本發明實施例采用的技術方案如下：

第一方面，本發明實施例提供的一種病原體感染損傷機理解析方法，包括：獲取多個基因沉默后的全基因組表達數據；獲取所述全基因組表達數據所對應的基因表達秩序列；獲取多種不同病原體感染后的全基因組表達譜數據；基于所述全基因組表達譜數據構建所述病原體感染的印記基因集；獲取所述基因表達秩序列與所述印記基因集的富集分數；根據所述富集分數確定所述病原體感染的損傷機理。該方法融合了海量各類跨平臺的轉錄組大數據，使得無需從頭培養病原體并感染細胞，做大規模的實驗，來分析病原體感染的損傷機理，進而降低了研發低成本、縮短了檢測周期。并且減少了實驗誤差，使得對病原體感染的損傷機理的分析更加精確。

結合第一方面，本發明實施例提供了第一方面的第一種可能的實施方式，所述獲取多個基因沉默后的全基因組表達數據，包括：從LINCS數據庫獲取多個基因沉默后的全基因組表達數據。

結合第一方面，本發明實施例提供了第一方面的第二種可能的實施方式，所述基于所述全基因組表達譜數據構建所述病原體感染的印記基因集，包括：獲取所述全基因組表達譜數據所對應的差異表達量；按照所述差異表達量從高到低將所述全基因組表達譜數據所對應的基因從上到下排列，得到秩序列；從所述秩序列頂部與底部獲取多個基因；將所述多個基因作為所述病原體感染的印記基因集。

結合第一方面，本發明實施例提供了第一方面的第三種可能的實施方式，所述根據所述富集分數確定所述病原體感染的損傷機理，包括：確定所述富集分數是否為正數；若是，根據所述富集分數確定所述基因沉默的細胞反應和所述病原體感染損傷的細胞反應一致。

結合第一方面的第三種可能的實施方式，本發明實施例提供了第一方面的第四種可能的實施方式，所述確定所述富集分數是否為正數，包括：確定所述印記基因集中的目標基因子集合是否位于所述基因沉默下的所述基因表達秩序列的對應位置；若是，則確定所述富集分數為正數。

結合第一方面，本發明實施例提供了第一方面的第五種可能的實施方式，所述根據所述富集分數確定所述病原體感染的損傷機理，包括：以所述富集分數為權重構建所述基因沉默所使用的基因和所述病原體感染所使用的病原體之間的關聯網絡；獲取所述關聯網絡中所有所述富集分數最高的關聯關系，所述關聯關系用于表征所述基因和所述病原體感染所使用的病原體之間的關系；根據所述關聯關系確定所述病原體感染的損傷機理。