[發明專利]一種單細胞測序的數據分類方法

有效

• 申請號: 201811501781.7
• 申請日: 2018-12-10
• 公開（公告）號: CN109658981B
• 公開（公告）日: 2022-10-04
• 發明（設計）人: 謝尚潛;劉宇梟;林加論;邢劍鋒
• 申請（專利權）人: 海南大學
• 主分類號: G16B30/00
• 分類號: G16B30/00;G06K9/62
• 代理公司: 重慶市信立達專利代理事務所(普通合伙) 50230
• 代理人: 包曉靜

1.一種單細胞測序數據的分類系統，其特征在于，所述單細胞測序的數據分類系統包括：

第一條序列閱讀模塊和第二條序列閱讀模塊，作為實際測序數據的輸入；

所述第二條序列閱讀模塊用于實現：(1)采用K-mer方法，提供容錯機制，查找到特征序列的位置；

(2)從序列中提取出3輪的barcode：根據序列中特征序列的位置，向前偏移8位，提取出相對應的barcode條碼；

(3)提取出3輪barcode后，通過Barcode Table將barcode轉換為3組數字，共同作為唯一標識，確定數據來源；

(4)將UMI追加到標識之后；

所述第一條序列閱讀模塊用于實現：只有在第二條序列有效的情況下對第一條序列中對應的序列進行閱讀，具體包括：

(1)對primerList進行建表，產生primertable；

(2)將primerList中的整條長序列，每次對其取長度為k的片段，從起始處開始取片段，每次向后偏移1位，記錄子序列在整體中出現的位置；

(3)對每個fragment進行一次轉換，將其視為一個4進制數，得到堿基到數字的具體映射關系；

(4)將映射關系通過十進制轉換，獲得的數值作為數組的下標，得到最終的primertable結構；

條形碼列表信息模塊，用于存放3輪條碼序列信息，生成相應的表來加速查詢過程；

引物信息加載模塊，用于存放附件的引文序列信息，生成相應的表來加速查詢過程。

2.如權利要求1所述的單細胞測序數據的分類系統，其特征在于，所述第二條序列閱讀模塊2包括：UMI單元，3輪標簽單元和cDNA單元；

UMI單元，作為標識，對不同的細胞來源進行分類處理；

3輪標簽單元，標簽作為標識，對不同的細胞來源進行分類處理；

cDNA單元，最終要提取的序列信息。

3.一種運行權利要求1所述單細胞測序數據的分類系統的單細胞測序的數據分類方法，其特征在于，所述單細胞測序的數據分類方法包括：

步驟一，將實際測序數據輸入，包括第一測序數據和第二條測序數據；

步驟二，存放3輪條碼序列信息；生成相應的表來加速查詢過程；

步驟三，存放附件的引文序列信息；生成相應的表來加速查詢過程。

4.一種實現權利要求3所述單細胞測序的數據分類方法的信息數據處理終端。

5.一種計算機可讀存儲介質，包括指令，當其在計算機上運行時，使得計算機執行如權利要求3所述單細胞測序的數據分類方法。