[發明專利]水稻耐淹基因Sub1共顯性分子標記及應用

有效

• 申請號: 201811494329.2
• 申請日: 2018-12-07
• 公開（公告）號: CN109468315B
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發明（設計）人: 楊遠柱;鄧釗;丁文豪;王凱;石媛媛;秦鵬;符辰建;嚴天澤
• 申請（專利權）人: 袁隆平農業高科技股份有限公司;湖南隆平高科種業科學研究院有限公司;湖南亞華種業科學研究院
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6895
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 王文君;黃爽

1.水稻耐淹基因Sub1共顯性分子標記，其特征在于，其為SNP標記，所述標記位于水稻9號染色體基因Sub1A上；

所述SNP標記的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，其中第53位堿基為多態性位點，該處堿基為G或C。

2.水稻耐淹基因Sub1共顯性分子標記，其特征在于，所述標記位于水稻9號染色體基因Sub1C上，若Sub1C在SEQ ID NO:6所示序列的第8-15位堿基為5’-GCCGTCG-3’，則為耐淹等位，若此處堿基為5’-CA-3’，則為不耐淹等位。

3.水稻耐淹基因Sub1共顯性分子標記組合，其特征在于，由權利要求1和2所述分子標記組成。

4.用于檢測權利要求1所述分子標記的ARMS-PCR引物，其特征在于，包括Sub1A-F和Sub1A-R，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2-3所示。

5.用于檢測權利要求2所述分子標記的ARMS-PCR引物，其特征在于，包括Sub1C-F和Sub1C-R，其核苷酸序列如SEQ ID NO:4-5所示。

6.含有權利要求4和/或5所述引物的檢測試劑或試劑盒。

7.權利要求1或2所述分子標記、權利要求3所述分子標記組合、權利要求4或5所述引物或權利要求6所述檢測試劑或試劑盒的以下任一應用：

1）在水稻耐淹基因Sub1的基因型鑒定中的應用；

2）在鑒定水稻耐淹性狀中的應用；

3）在鑒定及篩選耐淹水稻種質資源中的應用；

4）在水稻耐淹品種分子標記輔助育種中的應用。

8.水稻耐淹基因Sub1的基因分型方法，其特征在于，包括如下步驟：

（1）提取待測水稻的基因組DNA；

（2）以步驟（1）獲得的基因組DNA為模板，利用權利要求4和5所述引物進行PCR擴增；

（3）分析擴增產物。

9.根據權利要求8所述的方法，其特征在于，采用瓊脂糖凝膠電泳分析擴增產物。

10.根據權利要求8或9所述的方法，其特征在于，步驟（3）具體為：如果擴增產物出現586bp的特征條帶，則判定待測水稻為Sub1耐淹等位基因純合型；如果擴增產物出現304bp的特征條帶，則判定待測水稻為Sub1不耐淹等位基因純合型或Sub1基因缺失；如果擴增產物出現586bp和304bp兩種帶型，則判定待測水稻為雜合基因型。