[發明專利]癌癥特異的共調網絡建立方法及裝置

有效

• 申請號: 201811492500.6
• 申請日: 2018-12-06
• 公開（公告）號: CN109616152B
• 公開（公告）日: 2020-01-03
• 發明（設計）人: 李睿江;陳河兵;盧一鳴;李昊;江帥;洪浩;李宛瑩;黃昕;趙誠輝;張卓;伯曉晨
• 申請（專利權）人: 中國人民解放軍軍事科學院軍事醫學研究院
• 主分類號: G16B5/00
• 分類號: G16B5/00;G16B25/10
• 代理公司: 11371 北京超凡志成知識產權代理事務所(普通合伙)
• 代理人: 王文紅

1.一種癌癥特異的共調網絡建立方法，其特征在于，包括：

根據公開數據庫獲得TF和miRNA對靶基因的TF調控信息和miRNA調控信息；

根據TF調控信息和miRNA調控信息建立三元調控網絡；

識別所述三元調控網絡中的FFLs，獲得FFLs識別結果；

根據FFLs識別結果和癌癥基因組表達量信息，篩選得到癌癥特異的miRNA-TF共調網絡；

所述FFLs是miRNA和TF共同調控靶基因的形式，包括TF-FFLs、miRNA-FFLs和復合FFLs三種類型；

所述TF-FFLs中，TF是主要調控者；

所述miRNA-FFLs中，miRNA是主要調控者；

所述復合FFLs中，miRNA和TF相互調節，所述復合FFLs由所述TF-FFLs和miRNA-FFLs結合形成；

所述識別所述三元調控網絡中的FFLs，獲得FFLs識別結果，具體包括：

根據網絡模體挖掘算法在所述三元調控網絡中識別FFLs，獲得FFLs識別結果；

所述根據FFLs識別結果和癌癥基因組表達量信息，篩選得到癌癥特異的miRNA-TF共調網絡，具體包括：

根據FFLs識別結果和癌癥基因組表達量信息，利用統計檢驗、網絡推理算法或基因富集分析得到miRNA和TF對癌癥基因組靶基因的共調關系，并根據所述共調關系建立癌癥特異的miRNA-TF共調網絡。

2.根據權利要求1所述方法，其特征在于，所述TF調控信息包括TF-miRNA調控信息和TF-mRNA調控信息。

3.根據權利要求1所述方法，其特征在于，所述miRNA調控信息包括miRNA-TF調控信息和miRNA-mRNA調控信息。

4.根據權利要求1所述方法，其特征在于，所述癌癥基因組表達信息包括mRNA表達量信息和miRNA表達量信息。

5.一種癌癥特異的共調網絡建立裝置，其特征在于，包括：

獲得模塊，用于根據公開數據庫獲得TF和miRNA對靶基因的TF調控信息和miRNA調控信息；

建立模塊，用于用戶根據TF調控信息和miRNA調控信息建立三元調控網絡；

識別模塊，用于識別所述三元調控網絡中的FFLs，獲得FFLs識別結果；所述FFLs是miRNA和TF共同調控靶基因的形式，包括TF-FFLs、miRNA-FFLs和復合FFLs三種類型；所述TF-FFLs中，TF是主要調控者；所述miRNA-FFLs中，miRNA是主要調控者；所述復合FFLs中，miRNA和TF相互調節，所述復合FFLs由所述TF-FFLs和miRNA-FFLs結合形成；利用網絡模體挖掘算法在三元調控網絡中識別FFLs，獲得FFLs識別結果；

篩選模塊，用于根據FFLs識別結果和癌癥基因組表達量信息，篩選得到癌癥特異的miRNA-TF共調網絡；根據FFLs識別結果和癌癥基因組表達量信息，利用統計檢驗、網絡推理算法或基因富集分析得到miRNA和TF對癌癥基因組靶基因的共調關系，并根據共調關系建立癌癥特異的miRNA-TF共調網絡。

6.一種電子設備，包括存儲器、處理器，所述存儲器中存儲有可在所述處理器上運行的計算機程序，其特征在于，所述處理器執行所述計算機程序時實現上述權利要求1至4任一項所述的方法的步驟。

7.一種具有處理器可執行的非易失的程序代碼的計算機可讀介質，其特征在于，所述程序代碼使所述處理器執行所述權利要求1至4任一所述方法。