[發(fā)明專(zhuān)利]用于選擇母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811372406.7
• 申請(qǐng)日: 2018-11-16
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111197089B
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-09-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李世軍;阮鴻基;盛哲雅;周鑫;賽義德.阿里.阿自木;朱桂玉;莫長(zhǎng)歡
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 武漢宇晨專(zhuān)利事務(wù)所(普通合伙) 42001
• 代理人: 江麗麗;王敏鋒

本發(fā)明提供了一種用于選擇母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋能力的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，通過(guò)限制性內(nèi)切酶長(zhǎng)度多態(tài)性（PCR?RFLP）技術(shù)方法與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的關(guān)聯(lián)分析，首次在母雞基因組第18號(hào)染色體長(zhǎng)鏈非編碼RNA 8138.1基因上篩選到1個(gè)與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率顯著關(guān)聯(lián)的SNP分子標(biāo)記，該染色體第4937159（Galgal 4.0）位堿基呈現(xiàn)多態(tài)性，其堿基為A或G，所述的SNP分子標(biāo)記用于選擇和改良母雞的產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于家畜繁殖性狀的分子標(biāo)記選擇技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及1個(gè)與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

母雞的產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率是指母雞淘汰前2個(gè)月產(chǎn)蛋總個(gè)數(shù)占產(chǎn)蛋總天數(shù)的百分率。從整個(gè)產(chǎn)蛋群體的產(chǎn)蛋率來(lái)看，產(chǎn)蛋高峰期過(guò)后，產(chǎn)蛋率以大約每周1％的速度下降，下降的原因有2種：一是整個(gè)群體的所有母雞個(gè)體產(chǎn)蛋率均勻下降，導(dǎo)致整體產(chǎn)蛋率下降；二是群體中每個(gè)個(gè)體產(chǎn)蛋率下降速度各不相同，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率維持不變，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率緩慢下降，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率迅速下降，使整個(gè)群體的產(chǎn)蛋率下降。申請(qǐng)人通過(guò)對(duì)2個(gè)群體(群體1:858只，群體2:1042只有效個(gè)體)，共1900只的淘汰前2個(gè)月的個(gè)體產(chǎn)蛋記錄的分析，發(fā)現(xiàn)群體產(chǎn)蛋率下降屬于第二種情況，即：群體中每個(gè)個(gè)體產(chǎn)蛋率下降速度各不相同，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率維持不變，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率緩慢下降，有些個(gè)體產(chǎn)蛋率迅速下降，使整個(gè)群體的產(chǎn)蛋率下降，我們發(fā)現(xiàn)部分母雞到淘汰時(shí)仍然有95-100％的產(chǎn)蛋率。在生產(chǎn)中如果能夠?qū)Ξa(chǎn)蛋率高的母雞進(jìn)行選擇，可延長(zhǎng)母雞高峰期的時(shí)長(zhǎng)，降低飼養(yǎng)成本增加生產(chǎn)效益。該項(xiàng)研究工作在國(guó)家基金(項(xiàng)目編號(hào)：31372301)、自主創(chuàng)新基金重大培育項(xiàng)目(2662018PY088)、西藏自治區(qū)重點(diǎn)研發(fā)及轉(zhuǎn)化計(jì)劃(CGZH2017000237)資助下完成。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種用于選擇母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用，通過(guò)限制性內(nèi)切酶長(zhǎng)度多態(tài)性(PCR-RFLP)分析發(fā)現(xiàn)18號(hào)染色體長(zhǎng)鏈非編碼RNA 8138.1基因多態(tài)性與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率相關(guān)聯(lián)。

為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明通過(guò)以下技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)：

用于選擇母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的SNP分子標(biāo)記，位于18號(hào)染色體長(zhǎng)鏈非編碼RNA8138.1基因，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位堿基為A或G，GG基因型是母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的有利標(biāo)記。

上述SNP分子標(biāo)記通過(guò)下述方法篩選獲得：

1)實(shí)驗(yàn)樣品采集：采集試驗(yàn)雞血樣用于DNA提取；

2)母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的測(cè)定：淘汰日齡前2個(gè)月，母雞單籠飼養(yǎng)，記錄母雞每天的產(chǎn)蛋情況，統(tǒng)計(jì)60天內(nèi)母雞的產(chǎn)蛋個(gè)數(shù)，產(chǎn)蛋總個(gè)數(shù)與總天數(shù)的比值百分?jǐn)?shù)，作為產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率；

3)雞基因組DNA的提取與檢測(cè)：從試驗(yàn)雞血樣中提取雞基因組DNA，制備母雞全基因組DNA樣品；

4)基因型判定及基因型與雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的關(guān)聯(lián)分析：在研究母雞貯精能力的過(guò)程中，發(fā)現(xiàn)Long non-coding RNA 8138.1(lncRNA8183.1)在高低貯精能力母雞陰道子宮結(jié)合部貯精管中的表達(dá)存在差異，該基因可能與母雞產(chǎn)蛋率相關(guān)，測(cè)序發(fā)現(xiàn)在該lncRNA的基因組序列中有一個(gè)SNP分子標(biāo)記，所述分子標(biāo)記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其中第15位堿基為A或G，導(dǎo)致了HindIII酶切位點(diǎn)的改變，進(jìn)一步利用PCR-RFLP技術(shù)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)的SNP位點(diǎn)在母雞群體中的分布，以驗(yàn)證該SNP位點(diǎn)的多態(tài)性與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的相關(guān)性。

對(duì)1900只母雞進(jìn)行了產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的測(cè)定和PCR-RFLP分析，證實(shí)了這個(gè)SNP位點(diǎn)的多態(tài)性與母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率極顯著關(guān)聯(lián)(P0.0001)，SNP位點(diǎn)的等位基因均為G，則是母雞產(chǎn)蛋率的有利標(biāo)記，可以用于母雞產(chǎn)蛋后期產(chǎn)蛋率的選擇及改良。

與現(xiàn)有技術(shù)相比，本發(fā)明具有以下優(yōu)點(diǎn)及有益效果：