[發(fā)明專利]一種與綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記及其檢測試劑盒和應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811353677.8
• 申請日: 2018-11-14
• 公開（公告）號: CN109234442B
• 公開（公告）日: 2022-02-08
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 狄冉;儲明星;李春艷;劉秋月;胡文萍;王翔宇
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京高沃律師事務(wù)所 11569
• 代理人: 劉奇

本發(fā)明提供了一種與綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記及其檢測試劑盒和應(yīng)用，屬于綿羊SNP分子標記技術(shù)領(lǐng)域，所述SNP位點位于綿羊第7號染色體上第69738971bp位點(NM_001174113.1，基于綿羊基因組序列信息版本號Oar_v3.1)，所述SNP位點上存在G/T堿基突變，與綿羊多羔性狀具有顯著的相關(guān)性。通過對所述SNP位點進行分型即可預(yù)測待測綿羊多羔性狀。本發(fā)明提供的檢測綿羊所述SNP位點基因型的方法，靈敏度，準確性更高，性價比更高，可對所述SNP位點實現(xiàn)自動化檢測，在綿羊育種過程中，可將具有多羔性狀的TT純合個體選留下來，對綿羊大規(guī)模分子育種具有潛在的應(yīng)用價值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于綿羊SNP分子標記技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種與綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記及其檢測試劑盒和應(yīng)用。

背景技術(shù)

大多數(shù)綿羊品種具有季節(jié)性繁殖特征，加上其本身具有低遺傳力的產(chǎn)羔數(shù)性狀，導(dǎo)致自然狀態(tài)下羊只出欄數(shù)量較低。近年來，隨著我國肉羊市場需求量加大，人們逐漸采用各種方法來提升肉羊生產(chǎn)效益，其中分子技術(shù)可以有效地提高綿羊遺傳進展。因此，篩選與綿羊多羔數(shù)有關(guān)的主效基因或分子遺傳標記已成為現(xiàn)代分子育種的熱點。

SIX1基因位于綿羊7號染色體上，包含2個外顯子，編碼區(qū)總長1068bp，編碼蛋白含355個氨基酸，該基因在人、牛、小鼠、豬、羊之間具有較高的同源性。組織差異性表達分析表明，SIX1基因在脊椎動物眼部表達并參與調(diào)控視網(wǎng)膜發(fā)育；此外，該基因表達于耳、腎、骨骼肌等組織中，在促進細胞增殖與分化、抑制凋亡等方面發(fā)揮相應(yīng)作用。

目前關(guān)于SIX1基因序列多態(tài)性在國內(nèi)外綿羊繁殖過程中的具體作用未見報道，尚未發(fā)現(xiàn)SIX1基因中存在與綿羊多羔形狀相關(guān)的SNP位點。

發(fā)明內(nèi)容

有鑒于此，本發(fā)明的目的在于提供一種與綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記及其檢測試劑盒和應(yīng)用。

為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明提供了一種與綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記，所述SNP位點位于綿羊第7號染色體上第69738971bp位點(NM_001174113.1)，所述位點位于綿羊SIX1基因內(nèi)，所述位點上存在G/T堿基突變，與綿羊多羔性狀具有顯著的相關(guān)性，具有TT基因型的個體產(chǎn)羔數(shù)顯著高于GG基因型的個體；所述SNP位點信息基于的綿羊基因組序列信息版本號為Oar_v3.1。

本發(fā)明提供了檢測所述SNP位點的引物組，包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.2所示；

所述延伸引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本發(fā)明提供了檢測所述SNP位點的試劑盒，包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、MgCl₂、標準陽性模板DNA、PCR反應(yīng)緩沖液和SAP酶，其特征在于，還包括所述的引物組。

優(yōu)選的，所述引物組中上游引物和下游引物的使用濃度獨立為0.45～0.55μmol/L；所述引物組中的延伸引物的濃度為0.6～1.3μmol/L。

本發(fā)明還提供了檢測與所述綿羊多羔性狀相關(guān)的SNP分子標記的方法，包括以下步驟：

1)提取待測綿羊的基因組DNA；

2)以待測綿羊的基因組DNA為模板，利用所述引物組中的上游引物和下游引物進行PCR擴增反應(yīng)獲得PCR擴增產(chǎn)物；

3)用SAP酶對步驟2)中獲得的PCR擴增產(chǎn)物進行消化獲得消化后的產(chǎn)物；

4)以消化后的產(chǎn)物為模板，利用所述引物組中的延伸引物進行延伸反應(yīng)獲得延伸產(chǎn)物；

5)利用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時間質(zhì)譜技術(shù)分析延伸產(chǎn)物，確定所述SNP位點的基因型。