[發明專利]用于判別維拉帕米個體化用藥型的引物組合物

在審

• 申請號: 201811342831.1
• 申請日: 2018-11-13
• 公開（公告）號: CN111172265A
• 公開（公告）日: 2020-05-19
• 發明（設計）人: 馬慶偉;鐘逾;張海燕
• 申請（專利權）人: 北京毅新博創生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11
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• 代理人: 暫無信息

本發明提供一種利用不同單核苷酸多態性(SNP)位點具有不同分子量的延伸引物，從而通過基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜(MALDI?TOF MS)同時檢測與降高血壓藥物維拉帕米代謝相關的多個位點，最終獲得用于判別維拉帕米個體化用藥型的引物組合物，其中制備方法包括：根據待測的8個目的SNP位點分別設計多重擴增引物和延伸引物；配制多重擴增引物反應體系和延伸引物反應體系；在反應體系中，用多套引物同時分別對8個目的SNP位點進行擴增和單堿基延伸反應；將單堿基延伸反應后的產物進行飛行時間質譜分析，根據質譜峰所代表的不同分子量延伸引物的產物，鑒定不同藥物代謝相關SNP的基因型，指導降高血壓藥物維拉帕米的用藥。本發明能同時檢測8個降高血壓藥物維拉帕米代謝相關的SNP位點，并具有成本低、無需合成探針、耗時短、結果分析簡單便捷、應用領域極其廣泛的優點。

技術領域

本發明屬于分子生物學檢測領域，涉及一種利用質譜特征峰圖檢測多重PCR單堿基延伸產物的方法及其產品，該方法可以在4個多重PCR反應中同時檢測多個PCR單堿基延伸擴增的寡核苷酸產物。更具體的說，該方法利用不同目的寡核苷酸片段在質譜分型過程中生成的不同的時間飛行質譜特征峰圖，針對多個目的SNP位點同時進行檢測，指導降高血壓藥物維拉帕米的用藥。

背景技術

人類的遺傳信息儲存在基因組中，2002年國際合作項目人類基因組計劃的最終完成，繪制出了人類基因組結構的精細圖，為相關研究提供了參考序列。人類基因組序列共由30億個堿基組成，大量研究表明，人群中1％的遺傳差異大約占基因組序列的0.1％左右，即大約300萬個堿基的差異，在人群中超過1％的變異頻率。這些差異極有可能是造成兩個人之間個體差異的遺傳因素。發現這些位點，可廣泛地應用于遺傳標記的研究、評估個體遺傳關系、評估物種進化等研究領域。

在人類基因組中，約90％的差異是以單個核苷酸的形式體現出來的，這樣的差異位點被稱作單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)。SNP具有兩個顯著的特點：一是數目眾多，據估計人類基因組中的SNP數目約在1100萬左右，目前NCBI dbSNP數據庫中已收錄來源于人類基因組的SNP達1083萬，其中經過確認的為644萬(截至2007年8月22日)，如此大量的SNP方便了選擇合適的位點進行疾病研究，也使得絕大多數基因組區域在SNP覆蓋范圍內；另外一個特點是SNP位點大多數為雙態，即在一個位點上僅有兩種表現形式(基因型)，這樣很容易就能設計出高通量自動化的檢測方法。正因為這兩個特點，使得SNP位點越來越受到研究者的青睞，被譽為是繼限制性片段長度多態性(RestrictionFragment Length Polymorphism，RFLP)和短串聯重復序列(short tandem repeat，STR)之后的第三代分子標記物。人類基因組計劃完成前后，基因組學研究的重點逐漸轉向SNP領域，因此，SNP在遺傳標記學、生物群體遺傳學、生物分類學、遺傳育種學、物種或人類進化學、法科學、藥物基因組學等領域都有重要的應用。

心血管疾病是全球人類健康的首要疾病負擔。我國心血管病患病率處于持續上升階段。高血壓是最常見的心血管疾病之一，也是心血管病的主要危險因素。推算我國心血管病現患人數2.9億，其中高血壓占2.7億。約70％的腦卒中和50％的心肌梗死的發生與血壓升高有關，至少一半的心血管病死亡與高血壓有關。根據歷次全國性大規模高血壓患病率調查，從1959年到2012年，大于等于18歲居民高血壓患病率已由5.1％上升到25.2％，上升趨勢明顯，已成為我國重要疾病負擔。因此，高血壓的防治已經成為預防心血管疾病、保障國民健康的重要需求。