[發(fā)明專利]一種基于DNA變異計(jì)數(shù)的胎兒染色體檢測系統(tǒng)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811312407.2
• 申請日: 2018-11-06
• 公開（公告）號(hào): CN109402247B
• 公開（公告）日: 2020-04-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐元華
• 申請（專利權(quán)）人: 蘇州首度基因科技有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京精金石知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11470
• 代理人: 張黎

1.一種基于DNA變異計(jì)數(shù)的胎兒染色體檢測方法的系統(tǒng)，其特征在于：包括一個(gè)或多個(gè)處理器，所述系統(tǒng)被用于實(shí)施胎兒染色體檢測方法，該方法包括以下步驟：

(1)獲取待測孕婦外周血樣本，分離樣本中的血漿游離DNA；

(2)使用第二代高通量測序技術(shù)對步驟(1)得到的DNA進(jìn)行測序，得到孕婦血漿游離DNA的短序列數(shù)據(jù)；

(3)將步驟(2)所得的短序列定位到人類基因組24條染色體長序列上相似度最高的位置上；

(4)統(tǒng)計(jì)短序列和長序列上相應(yīng)位置有差異的字符和字符串，記錄支持各個(gè)差異的短序列數(shù)、在長序列上的位置；

(5)對步驟(4)得到的差異進(jìn)行篩選，篩除錯(cuò)誤信息；

(6)基于步驟(5)得到的數(shù)據(jù)，對與人類基因組24條染色體長序列相應(yīng)位置上的序列有差異的字符和字符串進(jìn)行計(jì)數(shù)，記為短序列變異數(shù)；

(7)基于步驟(6)得到的數(shù)據(jù)，統(tǒng)計(jì)各個(gè)染色體區(qū)域上的短序列變異數(shù)之和，記為染色體區(qū)域變異數(shù)，形成向量A；

(8)將100個(gè)胎兒染色體無異常的孕婦外周血按照步驟(1)-(7)的方法進(jìn)行處理形成標(biāo)準(zhǔn)樣本，統(tǒng)計(jì)不同標(biāo)準(zhǔn)樣本中相同染色體區(qū)域上的染色體區(qū)域變異數(shù)的平均值，形成向量B；

(9)使用如下方法得到向量C＝(Ci)，其中Ai是向量A的第i個(gè)元素,Bi是向量B的第i個(gè)元素，Ci是向量C的第i個(gè)元素：

Ci＝Ai/Bi

對向量C使用隱馬爾科夫鏈模型計(jì)算出其中狀態(tài)不等于1的元素，相鄰的狀態(tài)不等于1的元素對應(yīng)的染色體上的區(qū)域即為染色體異常區(qū)域；

步驟(1)中利用得到的血漿游離DNA構(gòu)建DNA樣本文庫，并用于步驟(2)中的測序；步驟(1)中對分離得到的血漿游離DNA進(jìn)行篩選，篩選出全部外顯子、部分外顯子或高頻變異位點(diǎn)，將篩選出的DNA序列用于步驟(2)進(jìn)行測序；

所述步驟(5)篩除來自相同DNA模板的DNA短序列上相同位置上不一致的字符或字符串；所述步驟(6)中采用如下方法計(jì)數(shù)，定位到人類基因組24條染色體長序列某一位置上的n個(gè)DNA短序列中，如果有m個(gè)短序列存在變異，則短序列變異數(shù)計(jì)為1，其中n和m均是大于等于1的正整數(shù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種基于DNA變異計(jì)數(shù)的胎兒染色體檢測方法的系統(tǒng)，其特征在于：所述步驟(3)中人類基因組24條染色體是指22條常染色體、X染色體和Y染色體。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的系統(tǒng)，其特征在于：是一種包括模塊的系統(tǒng)，所述模塊被配置用于實(shí)施權(quán)利要求1-2任一項(xiàng)所述的胎兒染色體檢測方法。