[發(fā)明專(zhuān)利]用于檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的序列組合和其設(shè)計(jì)方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811303219.3
• 申請(qǐng)日: 2018-11-02
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109427412B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-02-15
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 易玉婷;管彥芳;田超;易鑫;楊玲
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 北京吉因加科技有限公司;蘇州吉因加生物醫(yī)學(xué)工程有限公司;北京吉因加醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): G16B20/00
• 分類(lèi)號(hào): G16B20/00;G16B25/00
• 代理公司: 北京匯知杰知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11587
• 代理人: 蔡倫;楊巍

1.一種用于檢測(cè)腫瘤突變負(fù)荷的序列組合的設(shè)計(jì)方法，所述方法包括：

a)確定需要設(shè)計(jì)探針的目標(biāo)區(qū)域，并獲得包含大樣本測(cè)定的腫瘤突變數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，所述目標(biāo)區(qū)域是基因編碼區(qū)；

b)對(duì)于每個(gè)目標(biāo)區(qū)域，以一個(gè)窗口長(zhǎng)度進(jìn)行滑動(dòng)獲得多個(gè)窗口，對(duì)所述每個(gè)窗口進(jìn)行打分，打分方式如下：

1)對(duì)于窗口的每個(gè)堿基位置根據(jù)式1.1得到所述腫瘤突變數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)的打分；

x是指該堿基位置在所述數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)生變異的次數(shù)；

2)對(duì)于每個(gè)目標(biāo)區(qū)域，按照式1.2計(jì)算該目標(biāo)區(qū)域中得分最高的窗口，從而得到該目標(biāo)區(qū)域的打分，將該目標(biāo)區(qū)域的每個(gè)窗口按照得分值降序排列，從而選擇最優(yōu)的窗口：

其中Score是指該目標(biāo)區(qū)域內(nèi)得分最高的窗口的分?jǐn)?shù)，max指取最大值，WTR(windowsof target region)表示該目標(biāo)區(qū)域的所有窗口，x表示每個(gè)窗口，xi表示窗口中第i個(gè)堿基；

c)對(duì)于每個(gè)目標(biāo)區(qū)域，得分最高的窗口是目標(biāo)探針區(qū)域。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述窗口長(zhǎng)度為120bp。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，所述滑動(dòng)是以1、2或5個(gè)堿基的步長(zhǎng)進(jìn)行滑動(dòng)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法，所述腫瘤突變數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)選自如下的一個(gè)或多個(gè)：COSMIC數(shù)據(jù)庫(kù)、TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)和吉因加數(shù)據(jù)庫(kù)(Geneplus database)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法，通過(guò)要檢測(cè)的基因集、突變位點(diǎn)或相關(guān)區(qū)域，確定探針的目標(biāo)區(qū)域。

6.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法，目標(biāo)區(qū)域?yàn)楸?中的288個(gè)基因檢測(cè)全部CDS區(qū)域、表2中的740個(gè)基因檢測(cè)部分CDS或特定區(qū)域。

7.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法，所述方法還包括，對(duì)于表3中的33個(gè)基因的非編碼區(qū)，這一部分主要是針對(duì)融合基因的檢測(cè)，融合斷點(diǎn)的相關(guān)區(qū)域?yàn)槟繕?biāo)區(qū)域；以及增加SEQ ID NO.1所示的探針。

8.利用權(quán)利要求1-7任一項(xiàng)所述的方法制備的探針集。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的探針集，所述探針集包括針對(duì)1033個(gè)腫瘤相關(guān)基因的探針，所述1033個(gè)腫瘤相關(guān)基因是表1中的288個(gè)基因檢測(cè)全部CDS區(qū)域、表2中的740個(gè)基因檢測(cè)部分CDS或特定區(qū)域以及表3中的33個(gè)基因的非編碼區(qū)；另外，還包括針對(duì)該突變的探針SEQID NO.1。

10.一種測(cè)定組織和血漿樣本TMB的方法，包括以下步驟：

a)提取所述組織或血液樣本的DNA樣本，

b)利用權(quán)利要求8或9所述的探針集捕獲所述DNA樣本，對(duì)探針集的捕獲序列進(jìn)行測(cè)序，并確定編碼區(qū)的體細(xì)胞突變，并進(jìn)而確定所述體細(xì)胞突變的突變數(shù)目，所述體細(xì)胞突變?yōu)镾NV和Indel，所述體細(xì)胞突變不包括同義突變；

對(duì)于組織樣本：檢出的突變豐度或者頻率≥1％；

對(duì)于血漿樣本：檢出的突變豐度或者頻率≥0.1％；

c)

單位:突變/Mb，其中突變數(shù)目是指所述體細(xì)胞突變的突變數(shù)目；CDS區(qū)大小是指對(duì)如下探針的編碼區(qū)大小，單位：M。

11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，對(duì)于組織樣本：檢出的突變豐度或者頻率≥5％。

12.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，對(duì)于血漿樣本：檢出的突變豐度或者頻率≥0.5％。

13.根據(jù)權(quán)利要求10-12任一項(xiàng)所述的方法，所述方法還包括對(duì)組織和血漿樣本TMB進(jìn)行質(zhì)控的步驟：

對(duì)于組織：首先進(jìn)行鏡檢，腫瘤細(xì)胞含量低于10％為不合格樣本，不進(jìn)行TMB計(jì)算；

對(duì)于血漿樣本：最高體細(xì)胞突變頻率或豐度小于1％，且無(wú)融合和拷貝數(shù)變異檢為不合格樣本，不進(jìn)行TMB計(jì)算。