[發(fā)明專利]河南斗雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811298609.6
• 申請(qǐng)日: 2018-11-01
• 公開（公告）號(hào): CN109207610B
• 公開（公告）日: 2022-05-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 殷建玫;朱云芬;韓威;李國輝;張會(huì)永;朱靜;蘇一軍;盛中偉;沈海玉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 江蘇省家禽科學(xué)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京超凡志成知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11371
• 代理人: 李丙林

本發(fā)明涉及遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體而言，提供了一種河南斗雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用。該篩選方法通過高通量測(cè)序檢測(cè)，計(jì)算遺傳統(tǒng)計(jì)量，分析河南斗雞與其他雞種群體的遺傳差異，篩選出河南斗雞SNP分子標(biāo)記。該篩選方法緩解了目前河南斗雞遺傳分化鑒定中缺少高效的分子生物學(xué)方法和遺傳標(biāo)記導(dǎo)致的遺傳分化研究成本高、精確度低的技術(shù)問題，達(dá)到了高效快速篩選出河南斗雞分子標(biāo)記的技術(shù)效果，篩選得到河南斗雞的受選擇基因作為鑒定河南斗雞種質(zhì)的分子標(biāo)記，成本低，數(shù)據(jù)量豐富，檢測(cè)精度高。上述鑒定河南斗雞基因組SNP分子標(biāo)記的應(yīng)用，緩解了河南斗雞的遺傳分化研究中缺少高效的分子生物學(xué)標(biāo)記的技術(shù)問題。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體而言，涉及一種河南斗雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

河南斗雞(Henan Game Chicken)，又稱中原斗雞，原產(chǎn)地及中心產(chǎn)區(qū)為河南省開封市；1989年被《中國家禽品種志》收錄，2000年被列入國家級(jí)畜禽品種資源保護(hù)名錄。河南斗雞飼養(yǎng)歷史悠久，在長期的選擇和馴化過程中形成了與其它地方雞品種截然不同的的外貌特征，具有較強(qiáng)的斗性和抗擊打能力，是我國家禽庫極其寶貴的遺傳資源。

單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失和插入，形成的遺傳標(biāo)記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富，從理論上來看每一個(gè)SNP位點(diǎn)都可以有4種不同的變異形式，但實(shí)際上發(fā)生的只有兩種，即轉(zhuǎn)換和顛換，二者之比為2:1。SNP是基因組中最常見的多態(tài)形式，具有很高的遺傳穩(wěn)定性。

限制性酶切位點(diǎn)關(guān)聯(lián)DNA測(cè)序技術(shù)(restriction-site-associated DNAsequencing，RAD-seq)是在二代測(cè)序技術(shù)基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種簡化基因組技術(shù)。簡化基因組測(cè)序(reduced-representation sequencing)是在新一代測(cè)序基礎(chǔ)上發(fā)展起來的一種新型測(cè)序方法，該方法利用限制性內(nèi)切酶對(duì)基因組進(jìn)行酶切，只選取基因組特定區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，從而降低了基因組的復(fù)雜程度。RAD測(cè)序文庫構(gòu)建是對(duì)基因組DNA片段進(jìn)行酶切和隨機(jī)打斷，選取一端帶有酶切位點(diǎn)，另一端為隨機(jī)打斷點(diǎn)的片段進(jìn)行建庫測(cè)序。RAD-seq能夠降低基因組的復(fù)雜度，操作簡便，同時(shí)不受參考基因組的限制，可快速鑒定出高密度的SNP。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide association analysis，GWAS)是當(dāng)前用于功能基因發(fā)掘的最常用手段，然而，其僅針對(duì)單個(gè)性狀，且需要建立分離群體，并不適于品種特性的全面評(píng)價(jià)。自然選擇和人工選擇作用會(huì)在動(dòng)物基因組上留下選擇信號(hào)(selectionsignal)，對(duì)這些選擇信號(hào)進(jìn)行分析是發(fā)掘品種特性功能基因的最有效技術(shù)手段，通過多種不同類型品種基因組的比較，可在全基因組水平上對(duì)單個(gè)品種資源的特性有充分、全面的認(rèn)識(shí)。

品種資源的保護(hù)目標(biāo)是盡可能地保持品種的特征、特性不丟失，因此開展品種資源保護(hù)的前提是充分認(rèn)識(shí)品種的特征特性。目前，微衛(wèi)星標(biāo)記及線粒體DNA序列變異已被廣泛應(yīng)用于地方雞種(包括斗雞)的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)及起源分析，然而這些DNA標(biāo)記在整個(gè)雞基因組中的覆蓋范圍是極其微小的，如雞微衛(wèi)星標(biāo)記僅有約30個(gè)，雞線粒體DNA的D-loop區(qū)域全長也僅約1200bp，其所代表的基因組遺傳變異信息量非常有限。現(xiàn)階段，斗雞保種效果的評(píng)價(jià)主要依賴于常規(guī)表型性狀記錄、系譜記錄和低密度DNA分子標(biāo)記信息，通量低，精確度差，不能客觀的評(píng)價(jià)斗雞保種效果如何；也限制了斗雞品種資源的開發(fā)利用。因此，快速高效低成本的篩選出能夠評(píng)價(jià)河南斗雞遺傳多樣性的分子標(biāo)記是目前有待解決的問題。

有鑒于此，特提出本發(fā)明。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供了河南斗雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法，緩解了目前現(xiàn)有技術(shù)中由于缺少能夠評(píng)價(jià)河南斗雞遺傳多樣性的分子標(biāo)記導(dǎo)致的對(duì)河南斗雞遺傳分化研究成本高、精確度低的技術(shù)問題。