[發(fā)明專利]東鄉(xiāng)綠殼蛋雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201811298608.1
• 申請日: 2018-11-01
• 公開（公告）號: CN109295238A
• 公開（公告）日: 2019-02-01
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 韓威;李國輝;殷建玫;張會(huì)永;蘇一軍;朱云芬;朱靜;盛中偉;沈海玉
• 申請（專利權(quán)）人: 江蘇省家禽科學(xué)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京超凡志成知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11371
• 代理人: 李丙林

本發(fā)明涉及遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體而言，提供了一種東鄉(xiāng)綠殼蛋雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用。該篩選方法包括：通過高通量測序檢測，然后計(jì)算遺傳統(tǒng)計(jì)量，再分析東鄉(xiāng)綠殼蛋雞與其他雞種群體的遺傳差異，最后篩選出東鄉(xiāng)綠殼蛋雞SNP分子標(biāo)記。該篩選方法具有高效快速篩選出東鄉(xiāng)綠殼蛋雞分子標(biāo)記的技術(shù)效果，篩選得到東鄉(xiāng)綠殼蛋雞的受選擇基因作為鑒定東鄉(xiāng)綠殼蛋雞種質(zhì)的分子標(biāo)記，成本低，數(shù)據(jù)量豐富，檢測精度高，緩解了目前東鄉(xiāng)綠殼蛋雞遺傳分化鑒定中缺少高效的分子生物學(xué)方法和遺傳標(biāo)記導(dǎo)致的遺傳分化研究成本高精確度低的技術(shù)問題，其應(yīng)用緩解了東鄉(xiāng)綠殼蛋雞的遺傳分化研究中缺少高效的分子生物學(xué)標(biāo)記的技術(shù)問題。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體而言，涉及一種東鄉(xiāng)綠殼蛋雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

東鄉(xiāng)綠殼蛋雞(Dongxiang Blue-Eggshell Chicken)，屬蛋用型品種，2001年被《江西畜禽品種志》收錄，2004年被列入中國畜禽遺傳資源名錄，2014年被列入國家級畜禽遺傳資源名錄。東鄉(xiāng)綠殼蛋雞飼養(yǎng)歷史悠久，在長期的選擇和馴化過程中形成了與其它地方雞品種截然不同的的蛋殼顏色特征，蛋品質(zhì)量好，具有較強(qiáng)的抗逆性，是我國家禽庫極其寶貴的遺傳資源，也是目前市場上開發(fā)利用較好的地方雞種資源。

單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)，主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失和插入形成的遺傳標(biāo)記，具有數(shù)量大、多態(tài)性豐富和遺傳穩(wěn)定的優(yōu)點(diǎn)。雖然從理論上來看SNP位點(diǎn)可以有4種不同的變異形式，但實(shí)際上發(fā)生的只有兩種，即轉(zhuǎn)換和顛換，二者之比為2:1。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide association analysis，GWAS)是指在全基因組范圍內(nèi)，利用高通量測序技術(shù)，找出存在的序列變異，即SNP進(jìn)行分型，并利用生物信息學(xué)的方法，從中篩選出與復(fù)雜疾病或者可測形狀的SNP位點(diǎn)的方法，是當(dāng)前用于功能基因發(fā)掘的最常用手段，然而，其僅針對單個(gè)性狀，且需要建立分離群體，并不適于品種特性的全面評價(jià)。

自然選擇和人工選擇作用會(huì)在動(dòng)物基因組上留下選擇信號(selection signal)，對這些選擇信號進(jìn)行分析是發(fā)掘品種特性功能基因的最有效技術(shù)手段，通過多種不同類型品種基因組的比較，可在全基因組水平上對單個(gè)品種資源的特性有充分、全面的認(rèn)識(shí)。

品種資源的保護(hù)目標(biāo)是盡可能地保持品種的特征、特性不丟失，因此開展品種資源保護(hù)的前提是充分認(rèn)識(shí)品種的特征特性。目前，微衛(wèi)星標(biāo)記及線粒體DNA序列變異已被廣泛應(yīng)用于地方雞種(包括東鄉(xiāng)綠殼蛋雞)的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)及起源分析，然而這些DNA標(biāo)記在整個(gè)雞基因組中的覆蓋范圍是極其微小的，如雞微衛(wèi)星標(biāo)記僅有約30個(gè)，雞線粒體DNA的D-loop區(qū)域全長也僅約1200bp，其所代表的基因組遺傳變異信息量非常有限。現(xiàn)階段，東鄉(xiāng)綠殼蛋雞保種效果的評價(jià)主要依賴于常規(guī)表型性狀記錄、系譜記錄和低密度DNA分子標(biāo)記信息，通量低，精確度差，不能客觀的評價(jià)東鄉(xiāng)綠殼蛋雞保種效果如何；也限制了東鄉(xiāng)綠殼蛋雞品種資源的開發(fā)利用。因此，快速高效低成本的篩選出能夠評價(jià)東鄉(xiāng)綠殼蛋雞遺傳多樣性的分子標(biāo)記是目前有待解決的問題。

有鑒于此，特提出本發(fā)明。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的第一目的在于提供了一種東鄉(xiāng)綠殼蛋雞基因組SNP分子標(biāo)記的篩選方法，緩解了現(xiàn)有技術(shù)中由于缺少能夠評價(jià)東鄉(xiāng)綠殼蛋雞遺傳多樣性的分子標(biāo)記導(dǎo)致的對東鄉(xiāng)綠殼蛋雞遺傳分化研究成本高精確度低的技術(shù)問題。

本發(fā)明的第二目的在于提供了東鄉(xiāng)綠殼蛋雞基因組SNP分子標(biāo)記的應(yīng)用，緩解了現(xiàn)有技術(shù)中存在的東鄉(xiāng)綠殼蛋雞的遺傳分化研究缺少分子生物學(xué)標(biāo)記的技術(shù)問題。

為了實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的上述目的，特采用以下技術(shù)方案：