[發(fā)明專利]通過檢測產(chǎn)品進(jìn)行質(zhì)譜法判別培哚普利個(gè)體化用藥的方法

在審

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• 申請日: 2018-10-25
• 公開（公告）號: CN111100915A
• 公開（公告）日: 2020-05-05
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 馬慶偉;鐘逾;劉昕超;張海燕
• 申請（專利權(quán)）人: 北京毅新博創(chuàng)生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
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1.一種通過檢測產(chǎn)品進(jìn)行質(zhì)譜法判別培哚普利個(gè)體化用藥的方法，其中所述檢測產(chǎn)品通過特定引物組合物所制備，該引物組合包括針對能判別個(gè)體化用藥型的3個(gè)SNP標(biāo)記的PCR引物對和延伸引物，其中，PCR引物序列對選自如SEQ ID NO:1a-3a所示的序列，延伸引物序列選自如SEQ ID NO:1b-3b所示的序列。

2.權(quán)利要求1所述的該引物組合物分為3個(gè)獨(dú)立進(jìn)行的多重PCR反應(yīng)引物組合物，并且所述序列如下所示：

。

3.權(quán)利要求2所述的多重PCR反應(yīng)引物組合物，其中各位點(diǎn)對應(yīng)的延伸引物及延伸產(chǎn)物分子量如下所示：

。

4.權(quán)利要求3所述的方法，其中上述PCR引物序列為核心序列，其在5'端可包括5-15個(gè)保護(hù)堿基序列，優(yōu)選為10bp的tag：ACGTTGGATG。

5.權(quán)利要求3所述的方法，其中延伸引物5'端可增加作為接頭的堿基序列，優(yōu)選接頭堿基序列為1-15個(gè)堿基，更優(yōu)選為1-3個(gè)堿基。

6.權(quán)利要求1-5任一所述的檢測方法，其中該檢測產(chǎn)品還包括：

(1)用于PCR的反應(yīng)試劑，包括：上述擴(kuò)增引物對，耐高溫的DNA聚合酶，dNTPs，PCR反應(yīng)緩沖液；

(2)用于PCR產(chǎn)物純化的試劑；

(3)用于單堿基延伸反應(yīng)的試劑，包括：上述延伸引物，耐高溫的單堿基延伸酶(SAP酶)，ddNTPs，延伸反應(yīng)緩沖液。

7.權(quán)利要求6所述的方法，其中還包括用于質(zhì)譜檢測且保護(hù)上述SNP組合的載體，優(yōu)選質(zhì)譜芯片和質(zhì)譜儀。

8.權(quán)利要求1-7任一所述的方法，其中包括以下步驟：

(1)多重PCR：使用上述PCR引物對，在兩個(gè)反應(yīng)體系中，對上述3個(gè)SNP位點(diǎn)所在DNA區(qū)域同時(shí)進(jìn)行擴(kuò)增，得到含3處多態(tài)位點(diǎn)所在DNA區(qū)域的PCR產(chǎn)物；

(2)PCR產(chǎn)物純化：對步驟(1)得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化，以減少對后續(xù)反應(yīng)的干擾；

(3)單堿基延伸：使用上述3條特異性的延伸引物，在兩個(gè)反應(yīng)體系中，對步驟(2)得到的純化后PCR產(chǎn)物進(jìn)行多重單堿基延伸，延伸引物在對應(yīng)的SNP位點(diǎn)處延伸一個(gè)核苷酸，該核苷酸與SNP位點(diǎn)處的基因型互補(bǔ)配對；

(4)延伸產(chǎn)物純化：對步驟(3)得到的延伸產(chǎn)物進(jìn)行純化，以獲得高純的延伸產(chǎn)物，避免鹽離子等雜質(zhì)對后續(xù)檢測的影響；

(5)質(zhì)譜儀檢測：將步驟(4)得到的純化產(chǎn)物點(diǎn)在含有基質(zhì)的靶片上，放入質(zhì)譜儀進(jìn)行檢測。

9.權(quán)利要求8的方法，其中步驟2的純化過程可以選自堿性磷酸酶消化、堿性磷酸酶和外切酶ExoI消化、切膠純化、PCR純化柱過柱。