[發明專利]檢測IL-28B基因單核苷酸多態性的熒光原位雜交測序方法

在審

• 申請號: 201811230805.X
• 申請日: 2018-10-22
• 公開（公告）號: CN109295190A
• 公開（公告）日: 2019-02-01
• 發明（設計）人: 王鶴堯;孫美娜
• 申請（專利權）人: 北京華夏時代生物工程有限公司
• 主分類號: C12Q1/6874
• 分類號: C12Q1/6874;C12N15/11
• 代理公司: 北京市眾天律師事務所 11478
• 代理人: 李新軍

本發明公開了一種檢測IL?28B基因單核苷酸多態性的熒光原位雜交測序方法，所述方法包括提取待測樣本的DNA，并以DNA為模板進行單鏈化衍生，然后同時加入不同熒光標記的第一測序探針和第二測序探針與單鏈化衍生物進行雜交，最后對雜交結果進行判讀。該方法精準性高，穩定性好，快速，安全，易自動化操作。所述方法可在一個單鏈化衍生和雜交反應循環中完成對單核苷酸多態性的精準分型，從而了解受試者的基因型，達到對危險因素引起疾病的預防及臨床上個體化用藥的指導。

技術領域

本發明公開了一種單核苷酸多態性的檢測方法，屬于分子遺傳學領域。

背景技術

隨著醫藥科學發展的不斷進步，全世界每年有很多的藥物出現，因不良反應太大而在藥物研究中被淘汰。雖然藥物的效果和不良反應與人種及個體差異有關，但人與人之間基因組序列的遺傳差異是藥物療效和不良反應的重要原因。單核苷酸多態性(SingleNucleotide Polymorphisms；SNP)就是人與人之間1個堿基之間的差異，基因組序列差異有好幾種，SNP僅是最常見最普通的一種，在臨床上意義重大。

SNP是由單個堿基改變而引起的DNA序列的多態性。包括單堿基的轉換，顛倒以及單堿基的插入或者缺失等。SNP在人基因組中的發生頻率比較高，大約平均每1000個堿基中就有一個多態性位點，是繼微衛星之后的第三代遺傳標記，有些SNP位點還會影響基因的功能，從而導致生物性狀改變甚至致病。SNP是人類可遺傳的變異種最常見的一種，占所有已知多態性的90％以上，目前dbSNP已經收錄了約500萬個已驗證的人類SNP數據。

在遺傳學分析中,SNP作為一類遺傳標記得以廣泛應用,主要源于這幾個特點:

(1)密度高SNP在人類基因組的平均密度估計為1/1000bp,在整個基因組的分布達3×10⁶個,遺傳距離為2～3cM,密度比微衛星標記更高,可以在任何一個待研究基因的內部或附近提供一系列標記；

(2)富有代表性某些位于基因內部的SNP有可能直接影響蛋白質結構或表達水平,因此,它們可能代表疾病遺傳機理中的某些作用因素；

(3)遺傳穩定性與微衛星等重復序列多態性標記相比,SNP具有更高的遺傳穩定性。

(4)易實現分析的自動化SNP標記在人群中只有兩種等位型(allele)。這樣在檢測時只需一個“+\-”或“全\無”的方式，而無須像檢測限制性片段長度多態性，微衛星那樣對片段的長度做出測量，這使得基于SNP的檢測分析方法易實現自動化。

SNP不僅可以為藥物研發的源頭上提供重要的靶標信息，也能夠為治療終端的個體化給藥方案提供指導意見，以最大限度提供藥物療效和降低藥物應用中產生的毒副反應，其重要意義體現于：

(1)提高新藥篩選的準確性：最近研究表明，通過測定不同人群組之間的SNP，可有效地尋找新藥的目標分子。由于患者間的SNP差異，SNP的研究結果可以用于降低已知藥物和臨床試驗藥物的不良反應，并提高其療效。也可以挽救因不良反應大而被淘汰的優良藥物，只要找出與其相關聯的SNP就可以作為有效藥物用于臨床。因為藥物之間相互影響或改變各自的代謝途徑，從而產生協同作用而提高藥效，也可根據SNP選擇患者進行臨床試驗，提高臨床研究質量，增強新藥成功率，而且從疾患基因的SNP出發，研究開發目標藥物是很理想的。

(2)藥物的應答性與SNP：當給患有同種疾病的患者服用相同的藥物時，不同的患者會有不同的反應，分為顯著有效者，有效者，無效者。在臨床治療中，通常醫師無法根據患者的癥狀來決定患者對什么藥物最有效，只能依賴臨床研究數據的平均統計結果和個人經驗來選擇。但是這種癥狀或疾病的患者，即使應用相同的藥物也會產生不同的治療結果，這種差異可通過檢測SNP來預測。如果SNP正好位于表達的基因上，則產生的表達產物-蛋白的氨基酸序列有可能不同，由此就可能是藥物作用的靶位發生改變，對藥物的親和力下降或者消失。所以對患者進行SNP分析可達到正確的診斷和有效的治療目的。