[發明專利]一種大黃魚哈維氏弧菌病關聯的SNP標記及其引物和應用

有效

• 申請號: 201811217434.1
• 申請日: 2018-10-18
• 公開（公告）號: CN109182545B
• 公開（公告）日: 2021-12-17
• 發明（設計）人: 沈斌;郭少于;魏可
• 申請（專利權）人: 浙江海洋大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 杭州杭誠專利事務所有限公司 33109
• 代理人: 尉偉敏

本發明涉及魚類分子鑒定技術領域，尤其涉及一種大黃魚哈維氏弧菌病關聯的SNP標記及其引物和應用，所述SNP標記核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，序列自5’端起第342位堿基位G或T。本發明克服了現有技術中沒有能夠用于大黃魚抗病相關性狀選育的SNP標記的問題，在本發明所述SNP位點處，基因型為GT的大黃魚感染哈維氏弧菌的概率顯著高于純合GG基因型個體。因此，通過檢測大黃魚上述SNP，能夠有效地確定其是否易感染哈維氏弧菌病。在親本選育中淘汰GT基因型個體有利于提高后代抗哈維氏弧菌病感染的能力，利用本發明標記進行輔助育種，進而加快大黃魚抗病品種培養進程。

技術領域

本發明涉及魚類分子鑒定技術領域，尤其涉及一種大黃魚哈維氏弧菌病關聯的SNP標記及其引物和應用。

背景技術

大黃魚(Larimichthys crocea)是我國近海的重要經濟魚類之一。隨著大黃魚人工養殖規模的迅速擴大以及集約化程度的不斷提高，由細菌、寄生蟲、病毒等引起的大黃魚養殖疾病不斷出現且日趨嚴重。其中，弧菌病發病時間長、發病和死亡率高，成為大黃魚養殖產業化的重要制約因素，由哈維氏弧菌(Vibrio harveyi)引起的哈維氏弧菌病是養殖大黃魚最常見的傳染性弧菌疾病之一。為控制哈維氏弧菌病害，養殖者往往大量使用抗生素等藥物。不僅導致水產品藥物殘留等食品安全問題，還造成了病原微生物耐藥性增加、水體污染、養殖環境惡化等一系列問題。因此，篩選與抗病性狀相關聯的分子標記，利用標記輔助育種，培育大黃魚抗病優良品種成為控制病害發生的有效途徑之一。

分子標記輔助育種(marker assisted selection，MAS)是利用與目標基因緊密連鎖的分子標記，鑒定不同個體的基因型，從而進行輔助選擇育種的一項新型分子育種技術手段。分子標記輔助育種能有效結合基因型與表型鑒定，避免選種的盲目性和不可預測性，從而顯著提高選擇的準確性和育種效率，從而加快育種進程縮短育種周期。

SNP標記是繼微衛星之后最為高效的標記，由于其是雙等位型標記，具有在全基因組多態性高、含量豐富、遺傳穩定、分析簡單等優點，廣泛用于多種動物及少數魚類選擇育種中。然而，大黃魚抗病相關SNP未見報道，能有效用于大黃魚抗病相關性狀選育的SNP標記有待挖掘。

發明內容

本發明是為了克服現有技術中沒有能夠用于大黃魚抗病相關性狀選育的SNP標記的問題，提供了一種能夠有效的用于大黃魚抗病性狀的選育，快速檢測大黃魚對哈維氏弧菌病的抗病能力的一種大黃魚哈維氏弧菌病關聯的SNP標記及其引物和應用。

為實現上述發明目的，本發明通過以下技術方案實現：

一種大黃魚哈維氏弧菌病關聯的SNP標記，所述SNP標記核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示，序列自5’端起第342位堿基位G或T。

一種用于檢測上述SNP標記的引物對，所述的SNP標記的引物對核苷酸序列如SEQID NO.2-3所示。

一種用于檢測上述SNP標記的試劑盒，包含上述的引物對。

一種檢測大黃魚對哈維氏弧菌病易感性的方法，通過對待測大黃魚進行上述SNP標記的檢測，確定所述待測大黃魚對哈維氏弧菌病是否易感。

作為優選，所述的檢測方法包括以下步驟：

(1)提取待測大黃魚的基因組DNA；

(2)利用檢測SNP標記的引物對，將步驟(1)獲取的DNA進行PCR擴增，以獲得PCR擴增產物；

(3)對步驟(2)獲得的PCR擴增產物進行測序，獲得測序結果后根據結果確定待測大黃魚的SNP標記的基因型；

(4)根據步驟(3)確定的SNP標記的基因型確定待測大黃魚對哈維氏弧菌病是否易感。